TkA01G020370 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G020370

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 5229677-5233626 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2317 bp · TkA01G020370|TK1151|cDNA

TCTACACACATTCGGAACACTTTTCCTTTTTGTTCATTTTTATATAGTTAAATAATTTTTTAGCCATTGGTATAAGCTTCAAACCATCATCCCGTAATACTGTTTCTTTCAGTGAAGAAACAACAAGACTACATCACAAACCATTCATTCACTCATTCACATTTACAAAATCAATACCCCATCTTTCACTTTTCTGATACATTCCGTCCTCTCTCTCAACCATTCGTTGCTTTCTTGGTTTTTAACTTTGGTGTTAGTGC...

CDS

下载 CDS FASTA

1665 bp · TkA01G020370|TK1151|CDS

ATGCAAAGAGATTCAATTGTGAAGAACGTGCTTTATGATCTTTGTTGCTCTTATGGATGGTGTTATGGTGTTTTTTGGAGCTTTGACCGGTCAAATTCTTTATTCTTAACTATGCAAGATGCGTATTATGAGGAAAAACTGGAAGGTTTAATCGAAAATATACGTATACAAATACCTATGCTTGGAGGAGGGATAATTGGACAAGCTGCTTTCACCAAGAAGCATCAATGGAAGTCGATAGAAAACCCTAACAGAATGCA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

554 aa · TkA01G020370|TK1151|PROTEIN

MQRDSIVKNVLYDLCCSYGWCYGVFWSFDRSNSLFLTMQDAYYEEKLEGLIENIRIQIPMLGGGIIGQAAFTKKHQWKSIENPNRMHYSSKFISDMFMDDSEFDYQFASGIKTIAAIPVDSQGVVQFGSTEKITETGEFVYHTQKMFQEIVNAPCSSSNSQSCPPDQFACLISSNDHGCFSNFTGGDHNSAQSSFFSSNSQPMVFPNDPESRTLEPWNPIPSQFNSSLPLTNNHHDSFDSFPDFGILQTTDFDISQWIPT...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G020370`
TK1151 ID	TkA01G020370
OH-1004 ID	LXL04_026273
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	52.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 99.097 / OH-1004 96.423 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G020370

位置 Chr01:5229677-5233626 (+)

描述 Similar to BHLH157: Transcription factor bHLH157

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g64625`	可能调控根系发育的转录因子。	暂无已核实直接文献
`At2g27230`	转录激活因子，调节根的发育；促进根中韧皮部细胞的生成。	暂无已核实直接文献
`At1g06150`	可能调控根系发育的转录因子。	暂无已核实直接文献
`At2g31280`	可能调控根系发育的转录因子。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_026273 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0007140 male meiotic nuclear division 生物过程

GO:0010078 maintenance of root meristem identity 生物过程

GO:0010089 xylem development 生物过程

GO:0010479 stele development 生物过程

GO:0045893 positive regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0048316 seed development 生物过程

GO:0048364 root development 生物过程

GO:0051321 meiotic cell cycle 生物过程

GO:0071365 cellular response to auxin stimulus 生物过程

GO:0090058 metaxylem development 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G06150

ath:AT1G64625

ath:AT2G27230

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.951

排名 1 · TkA01G020370 · TK1151

细胞质0.125

排名 2 · TkA01G020370 · TK1151

细胞膜0.028

排名 3 · TkA01G020370 · TK1151

内质网0.018

排名 4 · TkA01G020370 · TK1151

质体0.015

排名 5 · TkA01G020370 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF14215bHLH-MYC_N8-45 aa

PF24914ACR10_N13-34 aa

PF14215bHLH-MYC_N60-147 aa

PF23176bHLH_LHW363-421 aa

PF24914ACR10_N469-510 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G020370	`PF14215`	bHLH-MYC_N	8	45	4.1e-22	80.0
TkA01G020370	`PF24914`	ACR10_N	13	34	0.36	11.0
TkA01G020370	`PF14215`	bHLH-MYC_N	60	147	4.1e-22	80.0
TkA01G020370	`PF23176`	bHLH_LHW	363	421	1e-25	90.2
TkA01G020370	`PF24914`	ACR10_N	469	510	0.36	11.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q7XJU0`	拟南芥	sp\|Q7XJU0\|LHWL2_ARATH Transcription factor bHLH157	34.900%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9XIN0`	拟南芥	sp\|Q9XIN0\|LHW_ARATH Transcription factor LHW	55.700%	Swiss-Prot	低置信
`P0C7P8`	拟南芥	sp\|P0C7P8\|LHWL1_ARATH Transcription factor EMB1444	45.900%	Swiss-Prot	低置信
`Q58G01`	拟南芥	sp\|Q58G01\|LHWL3_ARATH Transcription factor bHLH155	46.900%	Swiss-Prot	低置信

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