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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA01G010130
当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 2757724-2760218 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1479 bp · TkA01G010130|TK1151|cDNA

AAATTGACAAAATATTAATCATCTTGATCTATGTTTACCGTTACAATAACAAAATCTATCACAGATTACCAGGTCACCAAACATAAAGTAGACAGACAAGCAACCGCATATCTCCACCGTTTTCTTTGATTCCCGGCGACTATATTGGTAGCAACACCGCTTTCCCTCTCCATACATCCCTTCCAAGTTACTTCCCAAATAAACCCTACATATACACATACACCCACCTATCCCACATCGATTCGAAGAAAAGAAATCGC...

CDS

下载 CDS FASTA

1008 bp · TkA01G010130|TK1151|CDS

ATGGGTAACAGAGATCTAGAGAGCAGAGGAAGCTCGAAGAACAGAGGTGCACCACCGGCGCCGCCGCCGCACTCCAATTATTACACATCGTCTTCACCGTACTACGCAGAATCATTGGAGAAACAATGGACTTCTTGGCTTGTTCCTATGATTGTTGTTGCGAATGTGGCTATGTTTATTGTCATCATGATTGTTAACGATTGCCCTAAGAACCACAATTCGAGTCTCGAGGGGAAGTGCGTTGCTAGGTTTTTAGGTAG...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

335 aa · TkA01G010130|TK1151|PROTEIN

MGNRDLESRGSSKNRGAPPAPPPHSNYYTSSSPYYAESLEKQWTSWLVPMIVVANVAMFIVIMIVNDCPKNHNSSLEGKCVARFLGRLSFQPLKENPLFGPSSSTLEKLGALEWKKVVNNNQAWRLVSCIWLHAGVIHVLANMLSLIFIGIRLEQQFGFARVGVIYMLSGIGGSILSTLFIKSNISVGASGALFGLLGAMLSELLTNWTIYANKAAALITLVIIILINLAVGILPHVDNFAHIGGFLTGFLLGFILLVRP...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA01G010130
TK1151 IDTkA01G010130
OH-1004 IDLXL04_005878
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)98.500
蛋白覆盖度 (%)TK1151 99.104 / OH-1004 95.402
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA01G010130
位置Chr01:2757724-2760218 (+)
描述Similar to RBL3: RHOMBOID-like protein 3
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g07250 可能的菱形型丝氨酸蛋白酶，催化膜内蛋白水解。 暂无已核实直接文献
At1g63120 菱形蛋白酶型丝氨酸蛋白酶，催化膜内蛋白水解。
An Arabidopsis Rhomboid homolog is an intramembrane protease in plants.2005 · DOI: 10.1016/j.febslet.2005.09.049
At2g29050 可能的菱形型丝氨酸蛋白酶，催化膜内蛋白水解。 暂无已核实直接文献
At1g12750 可能的菱形型丝氨酸蛋白酶，催化膜内蛋白水解。 暂无已核实直接文献
At3g53780 可能的菱形型丝氨酸蛋白酶，催化膜内蛋白水解。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_005878 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006508 proteolysis 生物过程
GO:0000139 Golgi membrane 细胞组分
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分
GO:0009506 plasmodesma 细胞组分
GO:0016020 membrane 细胞组分
GO:0031966 mitochondrial membrane 细胞组分
GO:0004252 serine-type endopeptidase activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G12750
ath:AT1G63120
ath:AT2G29050
ath:AT3G53780
ath:AT5G07250
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

溶酶体／液泡0.347
排名 1 · TkA01G010130 · TK1151
高尔基体0.346
排名 2 · TkA01G010130 · TK1151
细胞质0.257
排名 3 · TkA01G010130 · TK1151
细胞膜0.152
排名 4 · TkA01G010130 · TK1151
内质网0.135
排名 5 · TkA01G010130 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF16101PRIMA117-68 aa
PF22812CR_prot_dom_plant18-68 aa
PF03918CcmH41-67 aa
PF01694Rhomboid42-63 aa
PF27171YxeC53-67 aa
PF01694Rhomboid121-257 aa
PF27171YxeC122-171 aa
PF16101PRIMA1214-227 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA01G010130PF16101PRIMA117680.2511.8
TkA01G010130PF22812CR_prot_dom_plant18680.006317.6
TkA01G010130PF03918CcmH41670.1312.3
TkA01G010130PF01694Rhomboid42633.8e-43147.8
TkA01G010130PF27171YxeC53670.4111.3
TkA01G010130PF01694Rhomboid1212573.8e-43147.8
TkA01G010130PF27171YxeC1221710.4111.3
TkA01G010130PF16101PRIMA12142270.2511.8
TkA01G010130PF22812CR_prot_dom_plant2172280.006317.6
TkA01G010130PF03918CcmH2793090.1312.3
TkA01G010130PF27171YxeC2902930.4111.3
TkA01G010130PF01694Rhomboid2963043.8e-43147.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9LYP1拟南芥sp|Q9LYP1|RBL3_ARATH RHOMBOID-like protein 364.600%Swiss-Prot高置信
Q9CAN1拟南芥sp|Q9CAN1|RBL2_ARATH RHOMBOID-like protein 265.700%Swiss-Prot高置信
Q0WQX7拟南芥sp|Q0WQX7|RBL1_ARATH RHOMBOID-like protein 165.400%Swiss-Prot高置信
Q8VZ48拟南芥sp|Q8VZ48|RBL6_ARATH RHOMBOID-like protein 6, mitochondrial62.600%Swiss-Prot高置信
F4JBM4拟南芥sp|F4JBM4|RBL4_ARATH RHOMBOID-like protein 458.400%Swiss-Prot高置信

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