TkA01G003450 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G003450

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 930587-932723 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

831 bp · TkA01G003450|TK1151|cDNA

GTTTTAACCACTACTTTCCCCTTTTCTTTTTCTTTTCTTTGAGTAAACTCCAAGCTCTTTTTTCATTCTATGTTATATTTCTCTTCATATAAAAACCAAATATCCAAACACCGAATAAACCTTTTTACATGGAAAATCAACACCAAACCAGAATCATTTCTCATGGTTTGGTCACCACCATCGTCATCTTCCTTGCCGTCGCTTCTTTTGCTTTATGCATCATTTGTGAGTTCAAGAAATTAAAGAAAGAGGAGATTCGA...

CDS

下载 CDS FASTA

531 bp · TkA01G003450|TK1151|CDS

ATGGAAAATCAACACCAAACCAGAATCATTTCTCATGGTTTGGTCACCACCATCGTCATCTTCCTTGCCGTCGCTTCTTTTGCTTTATGCATCATTTGTGAGTTCAAGAAATTAAAGAAAGAGGAGATTCGAGTTGATGGAAATCTATGCTATTTACCTCAAAGTCGGTCATTTGGTTATGGAATTGCAGCTTTGATATGTTCCTTCATTGCCCAAATTATAAGTACCGGGTTCTTTGTTTTCTGTAGAAGATCAGGAGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

176 aa · TkA01G003450|TK1151|PROTEIN

MENQHQTRIISHGLVTTIVIFLAVASFALCIICEFKKLKKEEIRVDGNLCYLPQSRSFGYGIAALICSFIAQIISTGFFVFCRRSGDFKSSNTSVASLLLCFSWTSFLIAVILMGTATSMSRKQMYGEGWVGGKCYLVKNGVYAASGMLFLVSVMSTLLLCYLILNMSRAVHALVK

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G003450`
TK1151 ID	TkA01G003450
OH-1004 ID	LXL04_011777
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	31.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 84.659 / OH-1004 75.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G003450

位置 Chr01:930587-932723 (-)

描述 Similar to MWL1: Protein MODIFYING WALL LIGNIN-1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g31720`	与 MWL2 一起，有助于次生细胞壁生物学，特别是木质素生物合成。	The Arabidopsis Domain of Unknown Function 1218 (DUF1218) Containing Proteins, MODIFYING WALL LIGNIN-1 and 2 (At1g31720/MWL-1 and At4g19370/MWL-2) Function Redundantly to Alter Secondary Cell Wall Lignin Content.2016 · DOI: 10.1371/journal.pone.0150254
`At4g19370`	与MWL1共同参与次生细胞壁生物学，特别是木质素生物合成。	The Arabidopsis Domain of Unknown Function 1218 (DUF1218) Containing Proteins, MODIFYING WALL LIGNIN-1 and 2 (At1g31720/MWL-1 and At4g19370/MWL-2) Function Redundantly to Alter Secondary Cell Wall Lignin Content.2016 · DOI: 10.1371/journal.pone.0150254

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_011777 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009808 lignin metabolic process 生物过程

GO:0009809 lignin biosynthetic process 生物过程

GO:0009855 determination of bilateral symmetry 生物过程

GO:0010087 phloem or xylem histogenesis 生物过程

GO:0010305 leaf vascular tissue pattern formation 生物过程

GO:0010588 cotyledon vascular tissue pattern formation 生物过程

GO:0048366 leaf development 生物过程

GO:0048825 cotyledon development 生物过程

GO:0140964 intracellular auxin homeostasis 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005789 endoplasmic reticulum membrane 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G31720

ath:AT2G32280

ath:AT4G19370

ath:AT4G21310

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.644

排名 1 · TkA01G003450 · TK1151

内质网0.170

排名 2 · TkA01G003450 · TK1151

溶酶体／液泡0.127

排名 3 · TkA01G003450 · TK1151

细胞质0.078

排名 4 · TkA01G003450 · TK1151

细胞核0.044

排名 5 · TkA01G003450 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF15681LAX3-43 aa

PF03631Virul_fac_BrkB7-27 aa

PF06749DUF121814-61 aa

PF29364TED619-41 aa

PF29007C5orf5831-40 aa

PF03631Virul_fac_BrkB62-125 aa

PF06749DUF121864-154 aa

PF29007C5orf5896-101 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G003450	`PF15681`	LAX	3	43	0.51	9.8
TkA01G003450	`PF03631`	Virul_fac_BrkB	7	27	0.031	14.4
TkA01G003450	`PF06749`	DUF1218	14	61	2.2e-16	60.8
TkA01G003450	`PF29364`	TED6	19	41	0.46	11.1
TkA01G003450	`PF29007`	C5orf58	31	40	0.54	10.7
TkA01G003450	`PF03631`	Virul_fac_BrkB	62	125	0.031	14.4
TkA01G003450	`PF06749`	DUF1218	64	154	2.2e-16	60.8
TkA01G003450	`PF29007`	C5orf58	96	101	0.54	10.7
TkA01G003450	`PF03631`	Virul_fac_BrkB	145	163	0.031	14.4
TkA01G003450	`PF29364`	TED6	149	164	0.46	11.1
TkA01G003450	`PF29007`	C5orf58	153	172	0.54	10.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`A2RVU1`	拟南芥	sp\|A2RVU1\|MWL1_ARATH Protein MODIFYING WALL LIGNIN-1	45.100%	Swiss-Prot	中等置信
`O65708`	拟南芥	sp\|O65708\|MWL2_ARATH Protein MODIFYING WALL LIGNIN-2	43.200%	Swiss-Prot	中等置信

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