LXL04_038966 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_038966

当前版本: OH-1004 染色体: Chr09 坐标: 55164543-55167318 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1305 bp · LXL04_038966|LXL04_038966|OH1004|cDNA

ATGAAAGGTGAACACATATGCTGTAGCAAAGGAGAAGTCAAGAAAGGGCCATGGTCGGCTGAAGAAGATAAATTACTTTTTAATTACGTTACAAATCATGACCAATTTCATTGGAGCTCCGTTCCCGAACAAAGtgGGTTGAAAAGATGTGGGAAGAGTTGCCGATTGAGATGGCTCAATTATTTGCACCCAGATCTTAAGCATGGAAATTTCAGTGCAGAAGAAATAGATCTTATATTTAGGGTTCAAAAGGATATCGG...

CDS

下载 CDS FASTA

1305 bp · LXL04_038966|LXL04_038966|OH1004|CDS

ATGAAAGGTGAACACATATGCTGTAGCAAAGGAGAAGTCAAGAAAGGGCCATGGTCGGCTGAAGAAGATAAATTACTTTTTAATTACGTTACAAATCATGACCAATTTCATTGGAGCTCCGTTCCCGAACAAAGTGGGTTGAAAAGATGTGGGAAGAGTTGCCGATTGAGATGGCTCAATTATTTGCACCCAGATCTTAAGCATGGAAATTTCAGTGCAGAAGAAATAGATCTTATATTTAGGGTTCAAAAGGATATCGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

434 aa · LXL04_038966|LXL04_038966|OH1004|PROTEIN

MKGEHICCSKGEVKKGPWSAEEDKLLFNYVTNHDQFHWSSVPEQSGLKRCGKSCRLRWLNYLHPDLKHGNFSAEEIDLIFRVQKDIGNKWAEIARLLPGRTDNEIKNFWNSKMKKRPLSNKQCYGLCSSTQHYKFSTPVPIHPISILESSNQPHNHRTSTTFNQSANIDSSKFLLENPHNSIIGNGSFQSKSVMKIHPYIDNNLNQRSPLKQLYTIPSPSCCIFPMLKTSSISNYGGIKRNQSKDHQPFSSLIPNTFPIP...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_038966`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_038966

位置 Chr09:55164543-55167318 (-)

描述 Similar to MYB86: Transcription factor MYB86

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g26660`	可能的转录因子。	暂无已核实直接文献
`At1g09540`	协调下游靶基因小型网络的转录因子；这些基因参与木质部形成、木质部细胞分化、侧根形成等多个植物生长发育过程。	AtMYB61, an R2R3-MYB transcription factor controlling stomatal aperture in Arabidopsis thaliana.2005 · DOI: 10.1016/j.cub.2005.06.041 MUM ENHANCERS are important for seed coat mucilage production and mucilage secretory cell differentiation in Arabidopsis thaliana.2009 · DOI: 10.1093/jxb/erp102 AtMYB61, an R2R3-MYB transcription factor, functions as a pleiotropic regulator via a small gene network.2012 · DOI: 10.1111/j.1469-8137.2012.04201.x Interactions between the R2R3-MYB transcription factor, AtMYB61, and target DNA binding sites.2013 · DOI: 10.1371/journal.pone.0065132 AaMYB1 and its orthologue AtMYB61 affect terpene metabolism and trichome development in Artemisia annua and Arabidopsis thaliana.2017 · DOI: 10.1111/tpj.13509
`At3g13890`	可能是转录因子，调控花药内壁次生细胞壁增厚，这是花药裂开所必需的。	Disruption of Arabidopsis thaliana MYB26 results in male sterility due to non-dehiscent anthers.2003 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.2003.01745.x Efficient production of male and female sterile plants by expression of a chimeric repressor in Arabidopsis and rice.2006 · DOI: 10.1111/j.1467-7652.2006.00184.x Arabidopsis MYB26/MALE STERILE35 regulates secondary thickening in the endothecium and is essential for anther dehiscence.2007 · DOI: 10.1105/tpc.106.046391
`At1g22640`	转录因子 MYB3。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_038966 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0009611 response to wounding 生物过程

GO:0009800 cinnamic acid biosynthetic process 生物过程

GO:0009813 flavonoid biosynthetic process 生物过程

GO:0009834 plant-type secondary cell wall biogenesis 生物过程

GO:0009892 negative regulation of metabolic process 生物过程

GO:0010087 phloem or xylem histogenesis 生物过程

GO:0010089 xylem development 生物过程

GO:0010119 regulation of stomatal movement 生物过程

GO:0010214 seed coat development 生物过程

GO:0045892 negative regulation of DNA-templated transcription 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G09540

ath:AT1G22640

ath:AT3G13890

ath:AT5G26660

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.865

排名 1 · LXL04_038966 · OH-1004

细胞质0.211

排名 2 · LXL04_038966 · OH-1004

细胞膜0.020

排名 3 · LXL04_038966 · OH-1004

线粒体0.020

排名 4 · LXL04_038966 · OH-1004

溶酶体／液泡0.010

排名 5 · LXL04_038966 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00249.38Myb_DNA-binding15-62 aa

PF13921.13Myb_DNA-bind_618-77 aa

PF00249.38Myb_DNA-binding69-111 aa

PF13921.13Myb_DNA-bind_671-114 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_038966	`PF00249.38`	Myb_DNA-binding	15	62	1.2e-28	99.6
LXL04_038966	`PF13921.13`	Myb_DNA-bind_6	18	77	2.2e-17	63.7
LXL04_038966	`PF00249.38`	Myb_DNA-binding	69	111	1.2e-28	99.6
LXL04_038966	`PF13921.13`	Myb_DNA-bind_6	71	114	2.2e-17	63.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8LPH6`	拟南芥	Transcription factor MYB86	60.526%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q8VZQ2`	拟南芥	Transcription factor MYB61	59.649%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9SPG3`	拟南芥	Transcription factor MYB26	54.762%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9S9K9`	拟南芥	Transcription factor MYB3	55.556%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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