LXL04_038838 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_038838

当前版本: OH-1004 染色体: Chr09 坐标: 51660197-51666269 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2736 bp · LXL04_038838|LXL04_038838|OH1004|cDNA

ATGGAGGCGATTGAAGAACTGGCTCAACTTGCGGATTCGATGCGGCAGGCTGCGTCTCTGCTTAACGATGAAGATGTTGACGCAAACTCATCGTCTTCTTCAAAACGCCCTTCCACATTTCTCAACGTTGTTGCTCTTGGCAATACCAGTGCAGGTAAATCAGCAGTTTTGAACAGTTTGATTGGACATCCTGCTTTGCCAACTGGTGAAGGTGGTGCAACTCGCGCGCCTATATGCATTGACCTAAAGAGGGATGGTAA...

CDS

下载 CDS FASTA

2736 bp · LXL04_038838|LXL04_038838|OH1004|CDS

ATGGAGGCGATTGAAGAACTGGCTCAACTTGCGGATTCGATGCGGCAGGCTGCGTCTCTGCTTAACGATGAAGATGTTGACGCAAACTCATCGTCTTCTTCAAAACGCCCTTCCACATTTCTCAACGTTGTTGCTCTTGGCAATACCAGTGCAGGTAAATCAGCAGTTTTGAACAGTTTGATTGGACATCCTGCTTTGCCAACTGGTGAAGGTGGTGCAACTCGCGCGCCTATATGCATTGACCTAAAGAGGGATGGTAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

911 aa · LXL04_038838|LXL04_038838|OH1004|PROTEIN

MEAIEELAQLADSMRQAASLLNDEDVDANSSSSSKRPSTFLNVVALGNTSAGKSAVLNSLIGHPALPTGEGGATRAPICIDLKRDGNLSSKSIVLQIDSKSQPVSASSLRHSLQDRLSKVSSKSQSEIYLKLKTSTAPPLKLIDLPGVDKGNLDDSLSEYAQHNDAILLVIIPAAQAPEIASSKALKFAKEYDSESTRTIGVISKIDQASSDPKTLAAVKALLLGQGPRSSADIPWVALIGQSVSIASAQSGNVGPDNSL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_038838`
TK1151 ID	TkA04G470070
OH-1004 ID	LXL04_038838
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_038838

位置 Chr09:51660197-51666269 (+)

描述 Similar to DRP2B: Dynamin-2B

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g59610`	推测的微管相关力生成蛋白，能够结合和水解 GTP（通过相似性）。	Arabidopsis dynamin-related proteins DRP2B and DRP1A participate together in clathrin-coated vesicle formation during endocytosis.2010 · DOI: 10.1073/pnas.0913562107 Arabidopsis D6PK is a lipid domain-dependent mediator of root epidermal planar polarity.2015 · DOI: 10.1038/nplants.2015.162
`At1g10290`	微管相关的力产生蛋白参与网格蛋白介导的囊泡从反式高尔基体网络到中央液泡的运输。	A new dynamin-like protein, ADL6, is involved in trafficking from the trans-Golgi network to the central vacuole in Arabidopsis.2001 · DOI: 10.1105/tpc.000534 The intermolecular interaction between the PH domain and the C-terminal domain of Arabidopsis dynamin-like 6 determines lipid binding specificity.2002 · DOI: 10.1074/jbc.m204770200 Regulation of ADL6 activity by its associated molecular network.2002 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.2002.01377.x
`At3g60190`	微管相关的产生力蛋白，在细胞分裂过程中定位于形成中的细胞板的管-泡网络。	Members of the Arabidopsis dynamin-like gene family, ADL1, are essential for plant cytokinesis and polarized cell growth.2003 · DOI: 10.1105/tpc.009670 Phragmoplastin dynamics: multiple forms, microtubule association and their roles in cell plate formation in plants.2003 · DOI: 10.1023/b:plan.0000006936.50532.3a
`At2g44590`	假定的微管相关力产生蛋白。	暂无已核实直接文献
`At1g14830`	微管相关产力蛋白，在细胞分裂过程中靶向于细胞板的生长边缘。	The dynamin-like protein ADL1C is essential for plasma membrane maintenance during pollen maturation.2003 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.2003.01775.x Phragmoplastin dynamics: multiple forms, microtubule association and their roles in cell plate formation in plants.2003 · DOI: 10.1023/b:plan.0000006936.50532.3a Comparison of the dynamics and functional redundancy of the Arabidopsis dynamin-related isoforms DRP1A and DRP1C during plant development.2008 · DOI: 10.1104/pp.108.116863

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_038838 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006896 Golgi to vacuole transport 生物过程

GO:0016192 vesicle-mediated transport 生物过程

GO:0048766 root hair initiation 生物过程

GO:0050832 defense response to fungus 生物过程

GO:0051301 cell division 生物过程

GO:0072583 clathrin-dependent endocytosis 生物过程

GO:2000114 regulation of establishment of cell polarity 生物过程

GO:0000139 Golgi membrane 细胞组分

GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G10290

ath:AT1G59610

ath:AT2G44590

ath:AT3G60190

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.493

排名 1 · LXL04_038838 · OH-1004

细胞膜0.332

排名 2 · LXL04_038838 · OH-1004

细胞核0.233

排名 3 · LXL04_038838 · OH-1004

高尔基体0.096

排名 4 · LXL04_038838 · OH-1004

内质网0.082

排名 5 · LXL04_038838 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00350.30Dynamin_N43-205 aa

PF01926.30MMR_HSR143-189 aa

PF01031.26Dynamin_M259-492 aa

PF15409.14PH_8569-625 aa

PF00169.36PH571-688 aa

PF02212.24GED725-807 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_038838	`PF00350.30`	Dynamin_N	43	205	1.4e-31	110.5
LXL04_038838	`PF01926.30`	MMR_HSR1	43	189	4.7e-07	30.6
LXL04_038838	`PF01031.26`	Dynamin_M	259	492	4.7e-23	82.5
LXL04_038838	`PF15409.14`	PH_8	569	625	3.3e-07	31.2
LXL04_038838	`PF00169.36`	PH	571	688	4e-12	47.3
LXL04_038838	`PF02212.24`	GED	725	807	1.2e-13	51.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LQ55`	拟南芥	Dynamin-2B	73.712%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9SE83`	拟南芥	Dynamin-2A	74.811%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9FNX5`	拟南芥	Phragmoplastin DRP1E	31.021%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q8S3C9`	拟南芥	Phragmoplastin DRP1D	29.709%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q8LF21`	拟南芥	Phragmoplastin DRP1C	28.682%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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