LXL04_038706 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_038706

当前版本: OH-1004 染色体: Chr09 坐标: 48419392-48420672 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

774 bp · LXL04_038706|LXL04_038706|OH1004|cDNA

ATGGCGTCGTCGAAGGTGATGGCATCATCATCGCCGGCGAATCAGGATCTACAACGTCATCAGGCATTCGCGCATACCGTCGGTCTCACCGATCACAACAACAATTTAATTTCTATGAATATGGACGATCTCGTAAAGAACATTTACGAGGATTCGAGTCAGGCGCCGGGGAGTTTTCCCGCCAGTGGTGGAAAGACGATGGATGAAAGTTGGAAGGAGATCGTGGATGGAAGCGGTGGTGATCCAGAAATGACTCTAGA...

CDS

下载 CDS FASTA

774 bp · LXL04_038706|LXL04_038706|OH1004|CDS

ATGGCGTCGTCGAAGGTGATGGCATCATCATCGCCGGCGAATCAGGATCTACAACGTCATCAGGCATTCGCGCATACCGTCGGTCTCACCGATCACAACAACAATTTAATTTCTATGAATATGGACGATCTCGTAAAGAACATTTACGAGGATTCGAGTCAGGCGCCGGGGAGTTTTCCCGCCAGTGGTGGAAAGACGATGGATGAAAGTTGGAAGGAGATCGTGGATGGAAGCGGTGGTGATCCAGAAATGACTCTAGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

257 aa · LXL04_038706|LXL04_038706|OH1004|PROTEIN

MASSKVMASSSPANQDLQRHQAFAHTVGLTDHNNNLISMNMDDLVKNIYEDSSQAPGSFPASGGKTMDESWKEIVDGSGGDPEMTLEDFLTKAGAVREEDVVKLPPVSASAVVSEYSGVVDPIICAGAGAVDAASFQVMPQQHMQFGSAIGTSAGTSGGVRGKRKVVVEDPPVDKATQQKQRRMIKNRESAARSRERKQAYTVELEALVTQLEEEHARLLKEVDELNKERLKQLMKNLVPVLEKRRPPKVLRRTNSM

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_038706`
TK1151 ID	TkA04G457740
OH-1004 ID	LXL04_038706
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	98.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_038706

位置 Chr09:48419392-48420672 (-)

描述 Similar to BZIP12: bZIP transcription factor 12

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g03970`	结合rbcS-1A基因启动子的G盒基序（5′-CCACGTGG-3′）。	Isolation and characterization of a fourth Arabidopsis thaliana G-box-binding factor, which has similarities to Fos oncoprotein.1994 · DOI: 10.1073/pnas.91.7.2522
`At2g36270`	作为 ABA 生长抑制的主要介质，参与种子发育和随后的营养阶段 ABA 调节的基因表达。	A postgermination developmental arrest checkpoint is mediated by abscisic acid and requires the ABI5 transcription factor in Arabidopsis.2001 · DOI: 10.1073/pnas.081594298 Regulation of Arabidopsis thaliana Em genes: role of ABI5.2002 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.2002.01295.x The homologous ABI5 and EEL transcription factors function antagonistically to fine-tune gene expression during late embryogenesis.2002 · DOI: 10.1105/tpc.000869 Regulation and role of the Arabidopsis abscisic acid-insensitive 5 gene in abscisic acid, sugar, and stress response.2002 · DOI: 10.1104/pp.005793 ABI5 acts downstream of ABI3 to execute an ABA-dependent growth arrest during germination.2002 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.2002.01430.x Mitogen-activated protein kinase signaling in postgermination arrest of development by abscisic acid.2002 · DOI: 10.1073/pnas.242607499 Interactions of abscisic acid and sugar signalling in the regulation of leaf senescence.2004 · DOI: 10.1007/s00425-004-1279-5 Transcriptional regulation of ABI3- and ABA-responsive genes including RD29B and RD29A in seeds, germinating embryos, and seedlings of Arabidopsis.2006 · DOI: 10.1007/s11103-005-2418-5 Monomerization of abscisic acid receptors through CARKs-mediated phosphorylation.2022 · DOI: 10.1111/nph.18149
`At3g56850`	结合到胚胎特异性元件和 Dc3 基因启动子的 ABA 响应元件 (ABRE)。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os01g0867300`	转录激活因子，在体外结合ABA响应元件（ABREs）。	The bZIP transcription factor OsABF1 is an ABA responsive element binding factor that enhances abiotic stress signaling in rice.2010 · DOI: 10.1007/s11103-009-9592-9 Phosphorylation of D-allose by hexokinase involved in regulation of OsABF1 expression for growth inhibition in Oryza sativa L.2013 · DOI: 10.1007/s00425-013-1853-9
`Os06g0211200`	参与脱落酸信号通路的转录因子。	Rice ABI5-Like1 regulates abscisic acid and auxin responses by affecting the expression of ABRE-containing genes.2011 · DOI: 10.1104/pp.111.173427 Constitutive activation of transcription factor OsbZIP46 improves drought tolerance in rice.2012 · DOI: 10.1104/pp.111.190389 Functional characterization and reconstitution of ABA signaling components using transient gene expression in rice protoplasts.2015 · DOI: 10.3389/fpls.2015.00614 MODD Mediates Deactivation and Degradation of OsbZIP46 to Negatively Regulate ABA Signaling and Drought Resistance in Rice.2016 · DOI: 10.1105/tpc.16.00171

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_038706 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0009414 response to water deprivation 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009739 response to gibberellin 生物过程

GO:0009789 positive regulation of abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009845 seed germination 生物过程

GO:0010182 sugar mediated signaling pathway 生物过程

GO:0010187 negative regulation of seed germination 生物过程

GO:0045893 positive regulation of DNA-templated transcription 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G03970

ath:AT2G36270

ath:AT3G56850

dosa:Os01g0867300

dosa:Os06g0211200

osa:4325078

osa:4340462

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.973

排名 1 · LXL04_038706 · OH-1004

细胞质0.093

排名 2 · LXL04_038706 · OH-1004

细胞膜0.026

排名 3 · LXL04_038706 · OH-1004

内质网0.016

排名 4 · LXL04_038706 · OH-1004

质体0.009

排名 5 · LXL04_038706 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00170.27bZIP_1177-237 aa

PF07716.21bZIP_2178-229 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_038706	`PF00170.27`	bZIP_1	177	237	2.6e-14	53.8
LXL04_038706	`PF07716.21`	bZIP_2	178	229	4.4e-11	43.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`P42777`	拟南芥	G-box-binding factor 4	45.498%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9SJN0`	拟南芥	Protein ABSCISIC ACID-INSENSITIVE 5	34.419%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LES3`	拟南芥	ABSCISIC ACID-INSENSITIVE 5-like protein 2	32.210%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q0JHF1`	水稻	bZIP transcription factor 12	37.000%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q69TW5`	水稻	bZIP transcription factor 46	28.188%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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