LXL04_038463 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_038463

当前版本: OH-1004 染色体: Chr09 坐标: 41785441-41790107 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2448 bp · LXL04_038463|LXL04_038463|OH1004|cDNA

ATGGCAATCGATATCAAAACCCTAAAGGATAGGTATATTGATTCTTGCAAAGCTTGTGAAACCATTCCTAATAAAGCTGTTCTGTCAGCTCTCTTTAAGGCTGAAGTTAAGAAATCTAATAATGAAGAGTCCATTTTTTTAATCTACTTAGATGACTTCAAATCCATCGACTTTCATCCACTTTACAATCTATTTCTCCAAATTGATCTATCAGAAATAGACTCAGTTGACATACTCCAAAAATCATCATGTTCATTAGA...

CDS

下载 CDS FASTA

2448 bp · LXL04_038463|LXL04_038463|OH1004|CDS

ATGGCAATCGATATCAAAACCCTAAAGGATAGGTATATTGATTCTTGCAAAGCTTGTGAAACCATTCCTAATAAAGCTGTTCTGTCAGCTCTCTTTAAGGCTGAAGTTAAGAAATCTAATAATGAAGAGTCCATTTTTTTAATCTACTTAGATGACTTCAAATCCATCGACTTTCATCCACTTTACAATCTATTTCTCCAAATTGATCTATCAGAAATAGACTCAGTTGACATACTCCAAAAATCATCATGTTCATTAGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

815 aa · LXL04_038463|LXL04_038463|OH1004|PROTEIN

MAIDIKTLKDRYIDSCKACETIPNKAVLSALFKAEVKKSNNEESIFLIYLDDFKSIDFHPLYNLFLQIDLSEIDSVDILQKSSCSLDGDSVLLLLHAINQKLRVVDLQDRTFGKDFLMGLSLGGMSCQILNLKFSHFRKINMIGKFIQIRTLNLDFSASLTNFGKDCFSCMPNLKSLSLCETKVSNLWTTSASLAKLPSLIELRFQSCLCCDDTRVCPRSFGVKADENTSPSSSSSSSILDRGFEKITPFLTTEENTSLF...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_038463`
TK1151 ID	TkA04G432540
OH-1004 ID	LXL04_038463
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_038463

位置 Chr09:41785441-41790107 (-)

描述 Similar to KATNB1: Katanin p80 WD40 repeat-containing subunit B1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g34280`	可能作为CUL4-RING型E3泛素蛋白连接酶（CRL4）复合物的底物受体，并可能与RUP1协同负向调控细胞对紫外线B（UV-B）照射的应答。	DWD HYPERSENSITIVE TO UV-B 1 is negatively involved in UV-B mediated cellular responses in Arabidopsis.2014 · DOI: 10.1007/s11103-014-0247-0 DHU1 negatively regulates UV-B signaling via its direct interaction with COP1 and RUP1.2017 · DOI: 10.1016/j.bbrc.2017.07.110

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_038463 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0007019 microtubule depolymerization 生物过程

GO:0010224 response to UV-B 生物过程

GO:0051013 microtubule severing 生物过程

GO:0051301 cell division 生物过程

GO:0071493 cellular response to UV-B 生物过程

GO:0000922 spindle pole 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005813 centrosome 细胞组分

GO:0005819 spindle 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G34280

gga:415631

mmu:69544

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.509

排名 1 · LXL04_038463 · OH-1004

细胞质0.402

排名 2 · LXL04_038463 · OH-1004

细胞膜0.074

排名 3 · LXL04_038463 · OH-1004

线粒体0.066

排名 4 · LXL04_038463 · OH-1004

溶酶体／液泡0.045

排名 5 · LXL04_038463 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF20919.3DHU1_N4-405 aa

PF23098.2Beta-prop_NOL10_N478-648 aa

PF24814.2WD40_Prp19481-684 aa

PF24817.2WD40_WDHD1_1st489-651 aa

PF25172.2Beta-prop_WDR3_2nd489-685 aa

PF25171.2Beta-prop_WDR36-Utp21_1st493-686 aa

PF23775.2Beta-prop_RIG_2nd526-657 aa

PF25175.2Beta-prop_WDR5536-730 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_038463	`PF20919.3`	DHU1_N	4	405	7.1e-74	250.0
LXL04_038463	`PF23098.2`	Beta-prop_NOL10_N	478	648	5e-10	39.8
LXL04_038463	`PF24814.2`	WD40_Prp19	481	684	1.5e-15	57.7
LXL04_038463	`PF24817.2`	WD40_WDHD1_1st	489	651	5.3e-11	43.0
LXL04_038463	`PF25172.2`	Beta-prop_WDR3_2nd	489	685	1e-08	35.5
LXL04_038463	`PF25171.2`	Beta-prop_WDR36-Utp21_1st	493	686	5.7e-14	52.9
LXL04_038463	`PF23775.2`	Beta-prop_RIG_2nd	526	657	9e-09	35.9
LXL04_038463	`PF25175.2`	Beta-prop_WDR5	536	730	1.2e-18	68.2
LXL04_038463	`PF23414.2`	Beta-prop_EML_2	537	683	9.4e-08	32.5
LXL04_038463	`PF25168.2`	Beta-prop_WDR36-Utp21_2nd	538	685	1.4e-06	28.5
LXL04_038463	`PF24807.2`	WD40_CDC20-Fz	571	683	7.8e-13	49.1
LXL04_038463	`PF25174.2`	Beta-prop_THOC3	575	684	7.8e-17	61.9
LXL04_038463	`PF25173.2`	Beta-prop_WDR3_1st	576	684	7.9e-14	52.5
LXL04_038463	`PF23381.2`	Beta-prop_IFT122_1st	583	682	3.1e-13	50.4
LXL04_038463	`PF24796.2`	WDR55	585	683	6.9e-09	35.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8GYY7`	拟南芥	Protein DWD HYPERSENSITIVE TO UV-B 1	51.351%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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