LXL04_037300 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_037300

当前版本: OH-1004 染色体: Chr09 坐标: 5542834-5544560 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1305 bp · LXL04_037300|LXL04_037300|OH1004|cDNA

ATGGCCACACAAACGCTTCTTCAGTTCGCCACCAGCGTAACCCAGCTACCATCTTCTTCCTCAATCTCCACATGCCGTCCGCTTTCTCCCTTCTTTTTGAAAGCATGTGATTCAGCTAGGTCTCGGCCACGTCGGCGCTCCGCCGTATGCTGTTCTTTTAGCTCAATGGAGTCTGCAAAGATTAAGGTTGTGGGTGTCGGCGGCGGCGGCAACAATGCTGTTAACCGCATGATTGGTAGCGGGTTGCAGGGTGTTGATTT...

CDS

下载 CDS FASTA

1305 bp · LXL04_037300|LXL04_037300|OH1004|CDS

ATGGCCACACAAACGCTTCTTCAGTTCGCCACCAGCGTAACCCAGCTACCATCTTCTTCCTCAATCTCCACATGCCGTCCGCTTTCTCCCTTCTTTTTGAAAGCATGTGATTCAGCTAGGTCTCGGCCACGTCGGCGCTCCGCCGTATGCTGTTCTTTTAGCTCAATGGAGTCTGCAAAGATTAAGGTTGTGGGTGTCGGCGGCGGCGGCAACAATGCTGTTAACCGCATGATTGGTAGCGGGTTGCAGGGTGTTGATTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

434 aa · LXL04_037300|LXL04_037300|OH1004|PROTEIN

MATQTLLQFATSVTQLPSSSSISTCRPLSPFFLKACDSARSRPRRRSAVCCSFSSMESAKIKVVGVGGGGNNAVNRMIGSGLQGVDFYAINTDSQALLQSVAENPIQIGELLTRGLGTGGNPMLGEQAAEESKEAIGNALKGSDLVFITAGMGGGTGSGAAPVVAQIAKEAGYLTVGVVTYPFSFEGRKRSVQAGDWISLCYKRFKYHFFFKYTSLFQALEAIEKLQKNVDTLIVIPNDRLLDIADEQTPLQDAFLLADD...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_037300`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_037300

位置 Chr09:5542834-5544560 (-)

描述 Similar to FTSZ1: Cell division protein FtsZ homolog 1, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g55280`	表现出 GTP 酶活性。	Chloroplast division and morphology are differentially affected by overexpression of FtsZ1 and FtsZ2 genes in Arabidopsis.2000 · DOI: 10.1104/pp.124.4.1668 Effects of mutations in Arabidopsis FtsZ1 on plastid division, FtsZ ring formation and positioning, and FtsZ filament morphology in vivo.2007 · DOI: 10.1093/pcp/pcm049 Developmentally regulated association of plastid division protein FtsZ1 with thylakoid membranes in Arabidopsis thaliana.2008 · DOI: 10.1042/bj20070543 Plant FtsZ1 and FtsZ2 expressed in a eukaryotic host: GTPase activity and self-assembly.2010 · DOI: 10.1016/j.febslet.2009.11.044 FtsZ1/FtsZ2 Turnover in Chloroplasts and the Role of ARC3.2015 · DOI: 10.1017/s1431927615000082 The Arabidopsis minE mutation causes new plastid and FtsZ1 localization phenotypes in the leaf epidermis.2015 · DOI: 10.3389/fpls.2015.00823 Differential impacts of FtsZ proteins on plastid division in the shoot apex of Arabidopsis.2018 · DOI: 10.1016/j.ydbio.2018.06.010 Chloroplast division in higher plants requires members of two functionally divergent gene families with homology to bacterial ftsZ.1998 · DOI: 10.1105/tpc.10.12.1991
`At3g52750`	表现出 GTP酶活性（通过相似性）。	Arabidopsis FtsZ2-1 and FtsZ2-2 are functionally redundant, but FtsZ-based plastid division is not essential for chloroplast partitioning or plant growth and development.2009 · DOI: 10.1093/mp/ssp077 Differential impacts of FtsZ proteins on plastid division in the shoot apex of Arabidopsis.2018 · DOI: 10.1016/j.ydbio.2018.06.010

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_037300 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0007017 microtubule-based process 生物过程

GO:0009612 response to mechanical stimulus 生物过程

GO:0009637 response to blue light 生物过程

GO:0009658 chloroplast organization 生物过程

GO:0009902 chloroplast relocation 生物过程

GO:0010020 chloroplast fission 生物过程

GO:0032506 cytokinetic process 生物过程

GO:0043093 FtsZ-dependent cytokinesis 生物过程

GO:0043572 plastid fission 生物过程

GO:0051258 protein polymerization 生物过程

GO:0051301 cell division 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ana:alr3858

ath:AT3G52750

ath:AT5G55280

bha:BH2558

syn:sll1633

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.966

排名 1 · LXL04_037300 · OH-1004

线粒体0.052

排名 2 · LXL04_037300 · OH-1004

细胞质0.019

排名 3 · LXL04_037300 · OH-1004

细胞核0.016

排名 4 · LXL04_037300 · OH-1004

细胞膜0.011

排名 5 · LXL04_037300 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00091.32Tubulin60-216 aa

PF12327.14FtsZ_C294-387 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_037300	`PF00091.32`	Tubulin	60	216	3.1e-45	155.5
LXL04_037300	`PF12327.14`	FtsZ_C	294	387	2.1e-30	105.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q42545`	拟南芥	Cell division protein FtsZ homolog 1, chloroplastic	77.700%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9LXJ0`	拟南芥	Cell division protein FtsZ homolog 2-2, chloroplastic	53.117%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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