LXL04_037137 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_037137

当前版本: OH-1004 染色体: Chr08 坐标: 53865820-53867874 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1386 bp · LXL04_037137|LXL04_037137|OH1004|cDNA

ATGGGTGAAATGGGTGAGATTAGACACCATGGAGAAGACTCTGAAGACGATAGCAACCATATCCATCTTCCAAAGAAATCTAAGCTGTCATCATTCATCACCCAATCCCAAATCCAACAAGAGTTCGCCCATCACCAGCCTGACGTTGCCCGTCTAAACAACGGCAGCTTCGGCAGCTGCCCAGGTTCAATCATCGCAGCCCAGAAACGTTGGCAGCTTAAGTTTCTCCAACAACCTGACGATTTCTTTTTCAACCAACT...

CDS

下载 CDS FASTA

1386 bp · LXL04_037137|LXL04_037137|OH1004|CDS

ATGGGTGAAATGGGTGAGATTAGACACCATGGAGAAGACTCTGAAGACGATAGCAACCATATCCATCTTCCAAAGAAATCTAAGCTGTCATCATTCATCACCCAATCCCAAATCCAACAAGAGTTCGCCCATCACCAGCCTGACGTTGCCCGTCTAAACAACGGCAGCTTCGGCAGCTGCCCAGGTTCAATCATCGCAGCCCAGAAACGTTGGCAGCTTAAGTTTCTCCAACAACCTGACGATTTCTTTTTCAACCAACT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

461 aa · LXL04_037137|LXL04_037137|OH1004|PROTEIN

MGEMGEIRHHGEDSEDDSNHIHLPKKSKLSSFITQSQIQQEFAHHQPDVARLNNGSFGSCPGSIIAAQKRWQLKFLQQPDDFFFNQLPTQILRSRTLIKDIINADDVSEVSIVDNATTAAAIVLQHVGWAFAEGRFNKGDAVVMLHCAFQAVKKSIEAYVTRAGGSVIVVHLPFPIHSNDEIISEFRKGLARGKANGRKVRLAIIDHITSMPSLIIPVRELVKICREEGVSQVFVDAAHAVGSVSVDVKDIGADFYVSNL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_037137`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_037137

位置 Chr08:53865820-53867874 (-)

描述 Similar to LCD: L-cysteine desulfhydrase

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g62130`	催化半胱氨酸生成硫化氢 (H2S)。	暂无已核实直接文献
`At5g26600`	可能催化半胱氨酸产生硫化氢（H2S）。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os01g0290100`	催化半胱氨酸生成硫化氢 (H2S)。	暂无已核实直接文献
`Os01g0290600`	催化半胱氨酸生成硫化氢 (H2S)。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_037137 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0019450 L-cysteine catabolic process to pyruvate 生物过程

GO:1903257 selenoneine biosynthetic process 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0016846 carbon-sulfur lyase activity 分子功能

GO:0080146 L-cysteine desulfhydrase activity 分子功能

GO:1990411 hercynylcysteine sulfoxide lyase activity (ergothioneine-forming) 分子功能

KEGG 基因交叉引用

afm:AFUA_2G13295

ath:AT3G62130

ath:AT5G26600

dosa:Os01g0290100

dosa:Os01g0290600

osa:4325157

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.581

排名 1 · LXL04_037137 · OH-1004

细胞核0.421

排名 2 · LXL04_037137 · OH-1004

内质网0.065

排名 3 · LXL04_037137 · OH-1004

细胞膜0.051

排名 4 · LXL04_037137 · OH-1004

过氧化物酶体0.046

排名 5 · LXL04_037137 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00266.26Aminotran_590-355 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_037137	`PF00266.26`	Aminotran_5	90	355	1.1e-17	64.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9M1R1`	拟南芥	L-cysteine desulfhydrase	66.429%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q3E6S9`	拟南芥	Probable L-cysteine desulfhydrase, chloroplastic	65.743%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9LGZ2`	水稻	Putative L-cysteine desulfhydrase 1	65.000%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q5JNT6`	水稻	Putative L-cysteine desulfhydrase 2	60.194%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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