LXL04_036663 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_036663

当前版本: OH-1004 染色体: Chr08 坐标: 46377002-46381055 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2271 bp · LXL04_036663|LXL04_036663|OH1004|cDNA

ATGCAATCAACGATGGCCACAAGGTGCATTAGGGCTCGTGAACTCATTCTTCGGACTACAACCAACAAGATGATGATGAGTTCGAGCCACAGCTGCAGTAGCAGTAGCATTTCTCGTTCACTCCTCCCTCAAACTTTCATCACTGGTTCACAGAGTTTCAGTAATCGTGTTTTAGTCAGACAGCTCGCCCTCCAACCACGAAGTTCATGGGGCGGTTCAAGGAACTCTCCGCACTTTTTCCGACAATTAACTGCGTTTGT...

CDS

下载 CDS FASTA

2271 bp · LXL04_036663|LXL04_036663|OH1004|CDS

ATGCAATCAACGATGGCCACAAGGTGCATTAGGGCTCGTGAACTCATTCTTCGGACTACAACCAACAAGATGATGATGAGTTCGAGCCACAGCTGCAGTAGCAGTAGCATTTCTCGTTCACTCCTCCCTCAAACTTTCATCACTGGTTCACAGAGTTTCAGTAATCGTGTTTTAGTCAGACAGCTCGCCCTCCAACCACGAAGTTCATGGGGCGGTTCAAGGAACTCTCCGCACTTTTTCCGACAATTAACTGCGTTTGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

756 aa · LXL04_036663|LXL04_036663|OH1004|PROTEIN

MQSTMATRCIRARELILRTTTNKMMMSSSHSCSSSSISRSLLPQTFITGSQSFSNRVLVRQLALQPRSSWGGSRNSPHFFRQLTAFVSDFSSVPPQKPGSVSNGVASLTTSTEAEGPKHKKEDDEKNLTTKGDEISNTKILSTLAKILWMKDNMEFKLRVLTALGFLVGAKVLNVQVPFLFKLAVDWLTTASGNPSTISEFAASNPTALAVFVSPAAVLIGYGIARTGASAFNELRTAVFSKVALRTIRSVSRKVFAHLH...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_036663`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_036663

位置 Chr08:46377002-46381055 (-)

描述 Similar to ABCB25: ABC transporter B family member 25, mitochondrial

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g58270`	通过介导 NFS1 和其他线粒体蛋白合成的 Fe/S 簇前体的输出，在细胞质铁硫蛋白的生成中发挥重要功能。	An allelic mutant series of ATM3 reveals its key role in the biogenesis of cytosolic iron-sulfur proteins in Arabidopsis.2009 · DOI: 10.1104/pp.109.143651 A novel role for Arabidopsis mitochondrial ABC transporter ATM3 in molybdenum cofactor biosynthesis.2010 · DOI: 10.1105/tpc.109.068478
`At4g28630`	通过介导 NFS1 和其他线粒体蛋白合成的 Fe/S 簇前体的输出，在细胞质铁硫蛋白的生成中发挥重要功能。	A mutation of the mitochondrial ABC transporter Sta1 leads to dwarfism and chlorosis in the Arabidopsis mutant starik.2001 · DOI: 10.1105/tpc.13.1.89
`At4g28620`	通过介导由 NFS1 和其他线粒体蛋白合成的 Fe/S 群前体的输出，在细胞质铁硫蛋白生成中执行重要功能（通过相似性推测）。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_036663 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006777 Mo-molybdopterin cofactor biosynthetic process 生物过程

GO:0006826 iron ion transport 生物过程

GO:0006879 intracellular iron ion homeostasis 生物过程

GO:0009555 pollen development 生物过程

GO:0009658 chloroplast organization 生物过程

GO:0010288 response to lead ion 生物过程

GO:0010312 detoxification of zinc ion 生物过程

GO:0010380 regulation of chlorophyll biosynthetic process 生物过程

GO:0016226 iron-sulfur cluster assembly 生物过程

GO:0046686 response to cadmium ion 生物过程

GO:0048364 root development 生物过程

GO:0051276 chromosome organization 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G28620

ath:AT4G28630

ath:AT5G58270

dre:566515

ola:101168300

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.905

排名 1 · LXL04_036663 · OH-1004

质体0.057

排名 2 · LXL04_036663 · OH-1004

细胞质0.054

排名 3 · LXL04_036663 · OH-1004

细胞核0.033

排名 4 · LXL04_036663 · OH-1004

细胞膜0.026

排名 5 · LXL04_036663 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00664.29ABC_membrane163-449 aa

PF00005.34ABC_tran512-661 aa

PF02463.26SMC_N524-705 aa

PF13401.13AAA_22524-684 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_036663	`PF00664.29`	ABC_membrane	163	449	7.7e-37	128.2
LXL04_036663	`PF00005.34`	ABC_tran	512	661	7.8e-33	114.7
LXL04_036663	`PF02463.26`	SMC_N	524	705	1.2e-08	35.4
LXL04_036663	`PF13401.13`	AAA_22	524	684	9.9e-06	26.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LVM1`	拟南芥	ABC transporter B family member 25, mitochondrial	80.193%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9FUT3`	拟南芥	ABC transporter B family member 23, mitochondrial	70.165%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9M0G9`	拟南芥	ABC transporter B family member 24, mitochondrial	67.368%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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