LXL04_036164 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_036164

当前版本: OH-1004 染色体: Chr08 坐标: 37392309-37397009 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2304 bp · LXL04_036164|LXL04_036164|OH1004|cDNA

ATGAATGAACTAGAAGCATGCAACTGGTCACAAGGGTTTGAAGATGATCTTCTAAGAGAGCTTCTTTACGACGAATCCCCATATCTTCTTTTGCCTCAAAAAATCGCTAGTGATTCATTAGACAATCACTCGGTAAACAATTTGATATCAAGCATATATTCTGGCCCCACAATAACGGATTTTGAAAAAGCACTAGAGGCTTCAAGTGACACAAATAATAATACTCCTGATTTTTCAGCATTGACCAGAATTGCAGATAT...

CDS

下载 CDS FASTA

2304 bp · LXL04_036164|LXL04_036164|OH1004|CDS

ATGAATGAACTAGAAGCATGCAACTGGTCACAAGGGTTTGAAGATGATCTTCTAAGAGAGCTTCTTTACGACGAATCCCCATATCTTCTTTTGCCTCAAAAAATCGCTAGTGATTCATTAGACAATCACTCGGTAAACAATTTGATATCAAGCATATATTCTGGCCCCACAATAACGGATTTTGAAAAAGCACTAGAGGCTTCAAGTGACACAAATAATAATACTCCTGATTTTTCAGCATTGACCAGAATTGCAGATAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

767 aa · LXL04_036164|LXL04_036164|OH1004|PROTEIN

MNELEACNWSQGFEDDLLRELLYDESPYLLLPQKIASDSLDNHSVNNLISSIYSGPTITDFEKALEASSDTNNNTPDFSALTRIADMERGVPRVENKYVLKIKCSGNVMADDGYKWRKYGQKSIKNSSNPRSYYKCTNPRCGAKKQVERSSEDHETLIITYEGLHLHYMYPFFIFGQSENLDPPTKKFRTLNFEPGAHQNYKQPTIDMDENIGHVSHDLPSTMLRDYQEGLPEEVPINSQVKLKSIIEITWRITWFTASF...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_036164`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_036164

位置 Chr08:37392309-37397009 (+)

描述 Similar to WRKY49: Probable WRKY transcription factor 49

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g43290`	转录因子。	暂无已核实直接文献
`At2g04880`	转录因子。	Characterization of a zinc-dependent transcriptional activator from Arabidopsis.1996 · DOI: 10.1093/nar/24.23.4624
`At1g69310`	转录因子。	暂无已核实直接文献
`At5g13080`	转录因子。	暂无已核实直接文献
`At2g46130`	转录因子。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_036164 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000122 negative regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006970 response to osmotic stress 生物过程

GO:0009414 response to water deprivation 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0009751 response to salicylic acid 生物过程

GO:0009863 salicylic acid mediated signaling pathway 生物过程

GO:0010055 atrichoblast differentiation 生物过程

GO:0032107 regulation of response to nutrient levels 生物过程

GO:0045893 positive regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0048527 lateral root development 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G69310

ath:AT2G04880

ath:AT5G13080

ath:AT5G43290

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.956

排名 1 · LXL04_036164 · OH-1004

细胞质0.103

排名 2 · LXL04_036164 · OH-1004

细胞膜0.027

排名 3 · LXL04_036164 · OH-1004

内质网0.017

排名 4 · LXL04_036164 · OH-1004

线粒体0.012

排名 5 · LXL04_036164 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03106.22WRKY111-167 aa

PF26130.1PB1-like285-383 aa

PF03108.21DBD_Tnp_Mut474-539 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_036164	`PF03106.22`	WRKY	111	167	1.8e-24	86.4
LXL04_036164	`PF26130.1`	PB1-like	285	383	9.2e-06	26.6
LXL04_036164	`PF03108.21`	DBD_Tnp_Mut	474	539	9.8e-10	38.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FHR7`	拟南芥	Probable WRKY transcription factor 49	44.022%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9SI37`	拟南芥	WRKY transcription factor 1	55.405%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9C983`	拟南芥	Probable WRKY transcription factor 57	57.534%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9FYA2`	拟南芥	Probable WRKY transcription factor 75	49.296%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q8GY11`	拟南芥	Probable WRKY transcription factor 43	45.238%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情