LXL04_035856 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_035856

当前版本: OH-1004 染色体: Chr08 坐标: 30703669-30714153 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3624 bp · LXL04_035856|LXL04_035856|OH1004|cDNA

ATGGGGGATGGGGTGGAAGTGAAAATTATCACTCTTCTTCTATTAAGCAACTATTTCCAAAACGCCATGTTGCTGCTCGCTATGATGTTGTACATCCGTAGCCACTTCCGGCGAGAGCTTTTCTCAATCCATCACTTCAGATCTCAACTTTTATACTCAACAGCCGCTAAATTTTCACATTCTGGTGAATATTCTGCCAAAAGAACCGAGTTCATTGATTATCTCATCAACACACTCGGATTCTCCAAAGAATCCGCCAT...

CDS

下载 CDS FASTA

3624 bp · LXL04_035856|LXL04_035856|OH1004|CDS

ATGGGGGATGGGGTGGAAGTGAAAATTATCACTCTTCTTCTATTAAGCAACTATTTCCAAAACGCCATGTTGCTGCTCGCTATGATGTTGTACATCCGTAGCCACTTCCGGCGAGAGCTTTTCTCAATCCATCACTTCAGATCTCAACTTTTATACTCAACAGCCGCTAAATTTTCACATTCTGGTGAATATTCTGCCAAAAGAACCGAGTTCATTGATTATCTCATCAACACACTCGGATTCTCCAAAGAATCCGCCAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1207 aa · LXL04_035856|LXL04_035856|OH1004|PROTEIN

MGDGVEVKIITLLLLSNYFQNAMLLLAMMLYIRSHFRRELFSIHHFRSQLLYSTAAKFSHSGEYSAKRTEFIDYLINTLGFSKESAISSVSKVRRFNTTRNCDSVIHLLKNFGFDDAQVKDIVACVPQVLLYKANETVEPKIRVFIELGLSGPDLISFLKRNPSLFEIGLHSRIIPTIDYLRNLLGTNEKVVDIIKRSRWLFTTSVAMKMLSNNVMLLQTYGLSNEQIGKFVNRNAMHFTQSPDWLTSKLNWIEGKLGVS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_035856`
TK1151 ID	TkA04G102450
OH-1004 ID	LXL04_035856
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	99.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 92.402 / OH-1004 31.234 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_035856

位置 Chr08:30703669-30714153 (+)

描述 Similar to MTERF5: Transcription termination factor MTERF5, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g14605`	质体转录物处理和稳态水平所需的转录终止因子。	Arabidopsis MDA1, a nuclear-encoded protein, functions in chloroplast development and abiotic stress responses.2012 · DOI: 10.1371/journal.pone.0042924 mTERF5 Acts as a Transcriptional Pausing Factor to Positively Regulate Transcription of Chloroplast psbEFLJ.2019 · DOI: 10.1016/j.molp.2019.05.007
`At2g21710`	参与质体转录本加工的转录终止因子（通过相似性）。	暂无已核实直接文献
`At5g55580`	质体转录物处理和稳态水平所需的转录终止因子。	Mutations in the plant-conserved MTERF9 alter chloroplast gene expression, development and tolerance to abiotic stress in Arabidopsis thaliana.2015 · DOI: 10.1111/ppl.12307
`At3g60400`	转录终止因子参与线粒体编码基因表达的调节。	Mutations in an Arabidopsis mitochondrial transcription termination factor-related protein enhance thermotolerance in the absence of the major molecular chaperone HSP101.2012 · DOI: 10.1105/tpc.112.101006
`At4g38160`	对叶绿体发育必需的转录终止因子。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_035856 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006353 DNA-templated transcription termination 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006970 response to osmotic stress 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0009658 chloroplast organization 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0042793 plastid transcription 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0009506 plasmodesma 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0003676 nucleic acid binding 分子功能

GO:1990837 sequence-specific double-stranded DNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G21710

ath:AT4G14605

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.755

排名 1 · LXL04_035856 · OH-1004

质体0.174

排名 2 · LXL04_035856 · OH-1004

细胞质0.058

排名 3 · LXL04_035856 · OH-1004

细胞核0.038

排名 4 · LXL04_035856 · OH-1004

细胞膜0.013

排名 5 · LXL04_035856 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02536.20mTERF73-250 aa

PF02536.20mTERF174-382 aa

PF02536.20mTERF531-811 aa

PF02536.20mTERF905-994 aa

PF02536.20mTERF973-1181 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_035856	`PF02536.20`	mTERF	73	250	2e-106	356.2
LXL04_035856	`PF02536.20`	mTERF	174	382	2e-106	356.2
LXL04_035856	`PF02536.20`	mTERF	531	811	2e-106	356.2
LXL04_035856	`PF02536.20`	mTERF	905	994	2e-106	356.2
LXL04_035856	`PF02536.20`	mTERF	973	1181	2e-106	356.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4JVI3`	拟南芥	Transcription termination factor MTERF5, chloroplastic	25.296%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`F4IHL3`	拟南芥	Transcription termination factor MTERF2, chloroplastic	21.951%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9FM80`	拟南芥	Transcription termination factor MTERF9, chloroplastic	25.221%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9M219`	拟南芥	Transcription termination factor MTEF18, mitochondrial	22.884%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9SZL6`	拟南芥	Transcription termination factor MTERF6, chloroplastic/mitochondrial	22.846%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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