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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_035576
当前版本: OH-1004 染色体: Chr08 坐标: 24860826-24862643 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1146 bp · LXL04_035576|LXL04_035576|OH1004|cDNA

ATGAAGCAGGAGACCGTTGTAGTAATAGTAGGAGCAGGGCCTGCAGGAATCGCAACATCTGCATGTCTCAATCTTCTCTCTATTCCAAATGTCATTTTGGAGAGAGATGATTGTTATGCATCCTTATGGCAAAAGAAAGCTTACGATCGTTTAAAGCTTCACTTAGCTAAAAACTTTTGTGAACTCCCTCACATGCCATTTCCAGTTTCTGCACCTACATTTGTATCAAAATATATGTTTGTCCAATACTTGCATAGGTA...

CDS

下载 CDS FASTA

1146 bp · LXL04_035576|LXL04_035576|OH1004|CDS

ATGAAGCAGGAGACCGTTGTAGTAATAGTAGGAGCAGGGCCTGCAGGAATCGCAACATCTGCATGTCTCAATCTTCTCTCTATTCCAAATGTCATTTTGGAGAGAGATGATTGTTATGCATCCTTATGGCAAAAGAAAGCTTACGATCGTTTAAAGCTTCACTTAGCTAAAAACTTTTGTGAACTCCCTCACATGCCATTTCCAGTTTCTGCACCTACATTTGTATCAAAATATATGTTTGTCCAATACTTGCATAGGTA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

381 aa · LXL04_035576|LXL04_035576|OH1004|PROTEIN

MKQETVVVIVGAGPAGIATSACLNLLSIPNVILERDDCYASLWQKKAYDRLKLHLAKNFCELPHMPFPVSAPTFVSKYMFVQYLHRYVSEFNVDPLYQRSVESAWYDEVAKRWMVTARNGVSGFVEEYVGEFLVVATGENSEGFIPSVYGLDSFTGSVTHSIEYQNGKKFGNKNVLVVGAGNSGMEIAYDLSNWGAQTSIVVRSPVHVLTKELVQLGMYLLKYLSCTFVDKIVLMFCKLLYGDLCKYGIQRPRKGPFCLK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_035576
版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_035576
位置Chr08:24860826-24862643 (-)
描述Similar to YUC11: Probable indole-3-pyruvate monooxygenase YUCCA11
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g21430 参与生长素生物合成。
Auxin synthesized by the YUCCA flavin monooxygenases is essential for embryogenesis and leaf formation in Arabidopsis.2007 · DOI: 10.1105/tpc.107.053009
At1g48910 参与生长素生物合成。
Auxin synthesized by the YUCCA flavin monooxygenases is essential for embryogenesis and leaf formation in Arabidopsis.2007 · DOI: 10.1105/tpc.107.053009
At5g11320 参与生长素生物合成。
Auxin biosynthesis by the YUCCA flavin monooxygenases controls the formation of floral organs and vascular tissues in Arabidopsis.2006 · DOI: 10.1101/gad.1415106
Auxin synthesized by the YUCCA flavin monooxygenases is essential for embryogenesis and leaf formation in Arabidopsis.2007 · DOI: 10.1105/tpc.107.053009
At5g25620 通过吲哚-3-丙酮酸 途径参与生长素生物合成。
Auxin biosynthesis by the YUCCA flavin monooxygenases controls the formation of floral organs and vascular tissues in Arabidopsis.2006 · DOI: 10.1101/gad.1415106
yucca6, a dominant mutation in Arabidopsis, affects auxin accumulation and auxin-related phenotypes.2007 · DOI: 10.1104/pp.107.104935
Overexpression of Arabidopsis YUCCA6 in potato results in high-auxin developmental phenotypes and enhanced resistance to water deficit.2013 · DOI: 10.1093/mp/sss100
The biochemical mechanism of auxin biosynthesis by an arabidopsis YUCCA flavin-containing monooxygenase.2013 · DOI: 10.1074/jbc.m112.424077
At1g04180 参与生长素生物合成。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_035576 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006979 response to oxidative stress 生物过程
GO:0009635 response to herbicide 生物过程
GO:0009723 response to ethylene 生物过程
GO:0009819 drought recovery 生物过程
GO:0009851 auxin biosynthetic process 生物过程
GO:0010038 response to metal ion 生物过程
GO:0010262 somatic embryogenesis 生物过程
GO:0000139 Golgi membrane 细胞组分
GO:0005576 extracellular region 细胞组分
GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G04180
ath:AT1G21430
ath:AT1G48910
ath:AT5G11320
ath:AT5G25620
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.372
排名 1 · LXL04_035576 · OH-1004
内质网0.200
排名 2 · LXL04_035576 · OH-1004
细胞核0.140
排名 3 · LXL04_035576 · OH-1004
过氧化物酶体0.099
排名 4 · LXL04_035576 · OH-1004
溶酶体／液泡0.098
排名 5 · LXL04_035576 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00743.26FMO-like7-317 aa
PF07992.21Pyr_redox_27-206 aa
PF13738.13Pyr_redox_38-205 aa
PF13434.13Lys_Orn_oxgnase71-200 aa
PF00070.34Pyr_redox174-206 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_035576PF00743.26FMO-like73178.2e-2174.8
LXL04_035576PF07992.21Pyr_redox_272068.3e-1452.4
LXL04_035576PF13738.13Pyr_redox_382053.4e-2279.8
LXL04_035576PF13434.13Lys_Orn_oxgnase712004.6e-1039.9
LXL04_035576PF00070.34Pyr_redox1742061.5e-0732.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9LPL3拟南芥Probable indole-3-pyruvate monooxygenase YUCCA1155.764%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q9FVQ0拟南芥Probable indole-3-pyruvate monooxygenase YUCCA1055.645%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q9LFM5拟南芥Probable indole-3-pyruvate monooxygenase YUCCA446.649%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q8VZ59拟南芥Indole-3-pyruvate monooxygenase YUCCA647.507%Swiss-Prot中等数据库同源证据
O64489拟南芥Probable indole-3-pyruvate monooxygenase YUCCA947.721%Swiss-Prot中等数据库同源证据

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