LXL04_035500 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_035500

当前版本: OH-1004 染色体: Chr08 坐标: 23721667-23723727 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1122 bp · LXL04_035500|LXL04_035500|OH1004|cDNA

ATGCTTATTAGCTGCAGAGCAACTGTCGTCTCCGCTGCCGCACCTCAAAGATTTCTCTCTAATTTCACTCGCATTTCTTCAGTTTCGATCCCCTCGACATTTGGTTCTTCCTTGATCAACAACGACCGCGAGAAGAATATCAAAACTTCTCTGCGATGGAGTAACTACTCTACCAGAATGGATAAGAAGAAGAATCTAGATGTCACCTGCGCCGCCGCCTCCGTCCCTGCCCAGCCTCTGGAAAATGCCGATGCCCTAAT...

CDS

下载 CDS FASTA

1122 bp · LXL04_035500|LXL04_035500|OH1004|CDS

ATGCTTATTAGCTGCAGAGCAACTGTCGTCTCCGCTGCCGCACCTCAAAGATTTCTCTCTAATTTCACTCGCATTTCTTCAGTTTCGATCCCCTCGACATTTGGTTCTTCCTTGATCAACAACGACCGCGAGAAGAATATCAAAACTTCTCTGCGATGGAGTAACTACTCTACCAGAATGGATAAGAAGAAGAATCTAGATGTCACCTGCGCCGCCGCCTCCGTCCCTGCCCAGCCTCTGGAAAATGCCGATGCCCTAAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

373 aa · LXL04_035500|LXL04_035500|OH1004|PROTEIN

MLISCRATVVSAAAPQRFLSNFTRISSVSIPSTFGSSLINNDREKNIKTSLRWSNYSTRMDKKKNLDVTCAAASVPAQPLENADALIDSVETFIFDCDGVIWKGDSLIEGVPETLELLRSKGKRLVFVTNNSTKSRKQYGKKFETLGLSVNEEEIFASSFAAAAYLQSIDFPKDKKIYVIGEEGILIELGLAGFSYLGGPEDGGKKIELKPGFLMEHDKDVGAVVVGFDRYFNYYKVQYGTLCVRENPGCLFLATNRDAV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_035500`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_035500

位置 Chr08:23721667-23723727 (+)

描述 Similar to PGLP1B: Phosphoglycolate phosphatase 1B, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g36790`	光呼吸酶，可去磷酸化RuBisCO氧化反应产生的2-磷酸乙醇酸。	暂无已核实直接文献
`At5g36700`	光呼吸酶，可将 RuBisCO 氧化反应产生的 2-磷酸乙醇酸去磷酸化。	Identification of the photorespiratory 2-phosphoglycolate phosphatase, PGLP1, in Arabidopsis.2007 · DOI: 10.1104/pp.107.099192
`At5g47760`	使 2-磷酸乙醇酸去磷酸化，但不参与光呼吸代谢。	Identification of the photorespiratory 2-phosphoglycolate phosphatase, PGLP1, in Arabidopsis.2007 · DOI: 10.1104/pp.107.099192

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_035500 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009853 photorespiration 生物过程

GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009536 plastid 细胞组分

GO:0009570 chloroplast stroma 细胞组分

GO:0048046 apoplast 细胞组分

GO:0004674 protein serine/threonine kinase activity 分子功能

GO:0008967 phosphoglycolate phosphatase activity 分子功能

GO:0016791 phosphatase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G36700

ath:AT5G36790

ath:AT5G47760

pbe:PBANKA_1421300

pfa:PF3D7_0715000

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.963

排名 1 · LXL04_035500 · OH-1004

线粒体0.058

排名 2 · LXL04_035500 · OH-1004

细胞质0.040

排名 3 · LXL04_035500 · OH-1004

细胞核0.026

排名 4 · LXL04_035500 · OH-1004

过氧化物酶体0.021

排名 5 · LXL04_035500 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00702.33Hydrolase91-330 aa

PF13344.13Hydrolase_693-194 aa

PF13242.13Hydrolase_like290-364 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_035500	`PF00702.33`	Hydrolase	91	330	2.5e-14	54.9
LXL04_035500	`PF13344.13`	Hydrolase_6	93	194	2.5e-33	114.9
LXL04_035500	`PF13242.13`	Hydrolase_like	290	364	1.1e-21	77.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`P0DKC4`	拟南芥	Phosphoglycolate phosphatase 1B, chloroplastic	88.333%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`P0DKC3`	拟南芥	Phosphoglycolate phosphatase 1A, chloroplastic	88.333%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q8GWU0`	拟南芥	Phosphoglycolate phosphatase 2	67.708%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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