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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_035287
当前版本: OH-1004 染色体: Chr08 坐标: 19257370-19259094 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1146 bp · LXL04_035287|LXL04_035287|OH1004|cDNA

ATGTGTACAGTGGCGTGGAGTATAAATCGCAAAAAGTCTTGTGAGAATCAAGAAATGAACAAGAGTTCCATGGGTGTGTTAATGGAGAGTCATGATGAAGATGTTAATAGTTCAGAAACAAAGAAAAATAAAGTTATCTGGACACCAGATTTGCATCAGAAGTTCTTGGAAGCCGTTGAAAAGATCGGAGTTCATGccgttccaaaaaaaatcCTAGAACTGATGAAGGTGGAGGGATTAACTAGAGATCACATTGCTAG...

CDS

下载 CDS FASTA

1146 bp · LXL04_035287|LXL04_035287|OH1004|CDS

ATGTGTACAGTGGCGTGGAGTATAAATCGCAAAAAGTCTTGTGAGAATCAAGAAATGAACAAGAGTTCCATGGGTGTGTTAATGGAGAGTCATGATGAAGATGTTAATAGTTCAGAAACAAAGAAAAATAAAGTTATCTGGACACCAGATTTGCATCAGAAGTTCTTGGAAGCCGTTGAAAAGATCGGAGTTCATGCCGTTCCAAAAAAAATCCTAGAACTGATGAAGGTGGAGGGATTAACTAGAGATCACATTGCTAG...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

381 aa · LXL04_035287|LXL04_035287|OH1004|PROTEIN

MCTVAWSINRKKSCENQEMNKSSMGVLMESHDEDVNSSETKKNKVIWTPDLHQKFLEAVEKIGVHAVPKKILELMKVEGLTRDHIASHLQKYRIFLKKIADANNHVEIASKPSLLESSMINEDPWKKLPLISNQPTPQQMNFPSNSVMHEVMNPPVLDTSSFSFPFLKASSCDSTTSSELTHLRSSPNEGYSMQEAIKMSHNSLEDVNKLGIMNSGCVSHMQNLDGFMYDDGGSPSTEMGPFGGVYTNNELHMSWNHECS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_035287
版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_035287
位置Chr08:19257370-19259094 (-)
描述Similar to ARR12: Two-component response regulator ARR12
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At2g25180 特异性结合 DNA 序列 5'-[AG]GATT-3' 的转录激活剂。
The rate of cell differentiation controls the Arabidopsis root meristem growth phase.2010 · DOI: 10.1016/j.cub.2010.05.035
At3g16857 特异性结合 DNA 序列 5'-[AG]GATT-3' 的转录激活剂。
Two-component circuitry in Arabidopsis cytokinin signal transduction.2001 · DOI: 10.1038/35096500
ARR1, a transcription factor for genes immediately responsive to cytokinins.2001 · DOI: 10.1126/science.1065201
A genetic framework for the control of cell division and differentiation in the root meristem.2008 · DOI: 10.1126/science.1164147
At3g46640 对昼夜节律振荡的产生至关重要的转录因子。
PHYTOCLOCK 1 encoding a novel GARP protein essential for the Arabidopsis circadian clock.2005 · DOI: 10.1111/j.1365-2443.2005.00892.x
LUX ARRHYTHMO encodes a nighttime repressor of circadian gene expression in the Arabidopsis core clock.2011 · DOI: 10.1016/j.cub.2010.12.021
At5g59570 转录因子，是昼夜节律调控回路的关键组成部分。 暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os02g0182100 可结合特定DNA序列的转录激活因子。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_035287 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0000122 negative regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程
GO:0000160 phosphorelay signal transduction system 生物过程
GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程
GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程
GO:0007623 circadian rhythm 生物过程
GO:0009414 response to water deprivation 生物过程
GO:0009735 response to cytokinin 生物过程
GO:0009736 cytokinin-activated signaling pathway 生物过程
GO:0009909 regulation of flower development 生物过程
GO:0010082 regulation of root meristem growth 生物过程
GO:0010380 regulation of chlorophyll biosynthetic process 生物过程
GO:0010468 regulation of gene expression 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G25180
ath:AT3G16857
ath:AT3G46640
ath:AT5G59570
dosa:Os02g0182100
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.965
排名 1 · LXL04_035287 · OH-1004
细胞质0.122
排名 2 · LXL04_035287 · OH-1004
细胞膜0.026
排名 3 · LXL04_035287 · OH-1004
内质网0.015
排名 4 · LXL04_035287 · OH-1004
质体0.011
排名 5 · LXL04_035287 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00249.38Myb_DNA-binding47-93 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_035287PF00249.38Myb_DNA-binding47936.2e-0936.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
P62598拟南芥Two-component response regulator ARR1233.721%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q940D0拟南芥Two-component response regulator ARR152.564%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q9SNB4拟南芥Transcription factor LUX38.393%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q9LTH4拟南芥Transcription factor BOA50.000%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q6H805水稻Two-component response regulator ORR2440.000%Swiss-Prot低置信数据库同源证据

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