LXL04_033459 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_033459

当前版本: OH-1004 染色体: Chr07 坐标: 44368557-44374043 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2136 bp · LXL04_033459|LXL04_033459|OH1004|cDNA

ATGGAACAAGGCGAGGGTTCTCGTTCACAGCCATCTGATGAAATATGGTCCAAACTTGTGCCATCAGACAACAAGTTTTCAGAAGTTGAATTGTGGTTAAATGAGGCGGAGATAAATTCAGAGTTCAAAATCTCTTCgtttgaaaaacaaaaatggtGTAAAATTACAAGAAATACGGATCTTTCTTCTGCAACATTGCAAAATAAGAGTTTAAATGTGATTTTTGTGGATGGAACTGATGTTCCAACAGAAGATACGAT...

CDS

下载 CDS FASTA

2136 bp · LXL04_033459|LXL04_033459|OH1004|CDS

ATGGAACAAGGCGAGGGTTCTCGTTCACAGCCATCTGATGAAATATGGTCCAAACTTGTGCCATCAGACAACAAGTTTTCAGAAGTTGAATTGTGGTTAAATGAGGCGGAGATAAATTCAGAGTTCAAAATCTCTTCGTTTGAAAAACAAAAATGGTGTAAAATTACAAGAAATACGGATCTTTCTTCTGCAACATTGCAAAATAAGAGTTTAAATGTGATTTTTGTGGATGGAACTGATGTTCCAACAGAAGATACGAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

711 aa · LXL04_033459|LXL04_033459|OH1004|PROTEIN

MEQGEGSRSQPSDEIWSKLVPSDNKFSEVELWLNEAEINSEFKISSFEKQKWCKITRNTDLSSATLQNKSLNVIFVDGTDVPTEDTIMIRCGSEIILGPTSEGYLSYRFKVMPVDEPSKKVIKISLDSDHAKCSICLNIWHDVVTVAPCLHNFCNGCFSEWLKRSQAKHATVLCPHCRSVVQFVGRNHFLHSIEEEILQSDSSLRRSDEELAVLNTYSLIKSPLVINNGKKPRGKRSRAIPEEDSSSSSTNLACAQCGTE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_033459`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_033459

位置 Chr07:44368557-44374043 (+)

描述 Similar to CPN20: 20 kDa chaperonin, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g20720`	似乎仅与 CPN60 一起充当辅助伴侣，并且在某些情况下对于 CPN60 释放生物活性蛋白至关重要。	CHAPERONIN 20 mediates iron superoxide dismutase (FeSOD) activity independent of its co-chaperonin role in Arabidopsis chloroplasts.2013 · DOI: 10.1111/j.1469-8137.2012.04369.x Cochaperonin CPN20 negatively regulates abscisic acid signaling in Arabidopsis.2013 · DOI: 10.1007/s11103-013-0082-8

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_033459 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006457 protein folding 生物过程

GO:0009409 response to cold 生物过程

GO:0009788 negative regulation of abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0051290 protein heterotetramerization 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009535 chloroplast thylakoid membrane 细胞组分

GO:0009536 plastid 细胞组分

GO:0009570 chloroplast stroma 细胞组分

GO:0009579 thylakoid 细胞组分

GO:0009941 chloroplast envelope 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G20720

tex:Teth514_0512

tpd:Teth39_1722

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.492

排名 1 · LXL04_033459 · OH-1004

细胞核0.377

排名 2 · LXL04_033459 · OH-1004

线粒体0.109

排名 3 · LXL04_033459 · OH-1004

细胞膜0.103

排名 4 · LXL04_033459 · OH-1004

内质网0.089

排名 5 · LXL04_033459 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13639.13zf-RING_2132-178 aa

PF13923.13zf-C3HC4_2132-177 aa

PF00097.32zf-C3HC4133-177 aa

PF17979.8zf-CRD254-417 aa

PF00166.27Cpn10520-609 aa

PF00166.27Cpn10618-709 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_033459	`PF13639.13`	zf-RING_2	132	178	1e-06	29.6
LXL04_033459	`PF13923.13`	zf-C3HC4_2	132	177	7.7e-06	26.3
LXL04_033459	`PF00097.32`	zf-C3HC4	133	177	2e-07	31.5
LXL04_033459	`PF17979.8`	zf-CRD	254	417	7.9e-52	176.4
LXL04_033459	`PF00166.27`	Cpn10	520	609	1.4e-58	195.6
LXL04_033459	`PF00166.27`	Cpn10	618	709	1.4e-58	195.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O65282`	拟南芥	20 kDa chaperonin, chloroplastic	76.087%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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