LXL04_033419 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_033419

当前版本: OH-1004 染色体: Chr07 坐标: 43362432-43367272 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2790 bp · LXL04_033419|LXL04_033419|OH1004|cDNA

ATGATACCCTATAAACAATATATTATAAGTAAATTTGGAGACCGATTCATTTTAGTGGGATCTTCCGATCCGATTCGATCTTACGATCACGATCTTAAAACTAACAAAACGATATTAGGTAGGATCCCGACTTTGACAACCTTGACACAAACTTTAAAAACCCATTTTCACTATCTTCCATTATCAAGATTAACAAAATATATTTACGTATTATCTGTTGACTTCCGTTCTTTCCAAAGAAACGTCAGAGTCTTCGCGAT...

CDS

下载 CDS FASTA

2790 bp · LXL04_033419|LXL04_033419|OH1004|CDS

ATGATACCCTATAAACAATATATTATAAGTAAATTTGGAGACCGATTCATTTTAGTGGGATCTTCCGATCCGATTCGATCTTACGATCACGATCTTAAAACTAACAAAACGATATTAGGTAGGATCCCGACTTTGACAACCTTGACACAAACTTTAAAAACCCATTTTCACTATCTTCCATTATCAAGATTAACAAAATATATTTACGTATTATCTGTTGACTTCCGTTCTTTCCAAAGAAACGTCAGAGTCTTCGCGAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

929 aa · LXL04_033419|LXL04_033419|OH1004|PROTEIN

MIPYKQYIISKFGDRFILVGSSDPIRSYDHDLKTNKTILGRIPTLTTLTQTLKTHFHYLPLSRLTKYIYVLSVDFRSFQRNVRVFAIGALLKTMENREDLNSVLEFLPVILRSSALFWPSHVVEVLKALSQGPRYSKVDSGEALFITISKLRTSLNLSSDAVASSTADGYSLFFDDLLSRAEADKWFAEILPALADSLLRLPSMLEAHYQSADSITCVGARAGLKTGLRLLKSQETGIVLLSQELIGALLACSFFCLFPN...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_033419`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_033419

位置 Chr07:43362432-43367272 (-)

描述 Similar to PARG1: Poly(ADP-ribose) glycohydrolase 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g31870`	DNA损伤后合成的聚(ADP-核糖)仅短暂存在，并由聚(ADP-核糖)糖苷酶迅速降解（据相似性推测）。	暂无已核实直接文献
`At2g31865`	DNA损伤后合成的聚(ADP-核糖)仅短暂存在，并被聚(ADP-核糖)甘露聚糖水解酶迅速降解。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_033419 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0005975 carbohydrate metabolic process 生物过程

GO:0006282 regulation of DNA repair 生物过程

GO:0006970 response to osmotic stress 生物过程

GO:0006974 DNA damage response 生物过程

GO:0006979 response to oxidative stress 生物过程

GO:0009225 nucleotide-sugar metabolic process 生物过程

GO:0009408 response to heat 生物过程

GO:0009414 response to water deprivation 生物过程

GO:0030576 Cajal body organization 生物过程

GO:0031507 heterochromatin formation 生物过程

GO:0036099 female germ-line stem cell population maintenance 生物过程

GO:0043484 regulation of RNA splicing 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G31865

ath:AT2G31870

dme:Dmel_CG2864

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.595

排名 1 · LXL04_033419 · OH-1004

细胞核0.281

排名 2 · LXL04_033419 · OH-1004

细胞膜0.110

排名 3 · LXL04_033419 · OH-1004

线粒体0.094

排名 4 · LXL04_033419 · OH-1004

内质网0.065

排名 5 · LXL04_033419 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF20811.3PARG_cat_N179-316 aa

PF05028.21PARG_cat_C334-555 aa

PF20811.3PARG_cat_N711-847 aa

PF05028.21PARG_cat_C866-913 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_033419	`PF20811.3`	PARG_cat_N	179	316	1.7e-74	248.3
LXL04_033419	`PF05028.21`	PARG_cat_C	334	555	4.9e-93	311.2
LXL04_033419	`PF20811.3`	PARG_cat_N	711	847	1.7e-74	248.3
LXL04_033419	`PF05028.21`	PARG_cat_C	866	913	4.9e-93	311.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SKB3`	拟南芥	Poly(ADP-ribose) glycohydrolase 1	53.539%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q8VYA1`	拟南芥	Probable poly(ADP-ribose) glycohydrolase 2	52.299%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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