LXL04_033223 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_033223

当前版本: OH-1004 染色体: Chr07 坐标: 38705060-38707952 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

972 bp · LXL04_033223|LXL04_033223|OH1004|cDNA

ATGCGACGTCAGCTCTATCGGCTCACGGAGGCATCATCGTCATCTCTCCCTCCGGTGGCCGTTTCCATGGCGTCTCAATTTATCCGTGAATGGAGTGGGATTCAGCAATTCCCTCCTGCTACCCAAGACAAGTTGCTACAATTGTTGGGAAAACTAAAGGAGAAGAAAAAAGATAGGTTAACGATCCTCGTAATGGGGAAAGGTGGAGTTGGAAAGTCTTCAACTGTGAACTCTATCTTTGGTGAAAGAGCAGTTACTGT...

CDS

下载 CDS FASTA

972 bp · LXL04_033223|LXL04_033223|OH1004|CDS

ATGCGACGTCAGCTCTATCGGCTCACGGAGGCATCATCGTCATCTCTCCCTCCGGTGGCCGTTTCCATGGCGTCTCAATTTATCCGTGAATGGAGTGGGATTCAGCAATTCCCTCCTGCTACCCAAGACAAGTTGCTACAATTGTTGGGAAAACTAAAGGAGAAGAAAAAAGATAGGTTAACGATCCTCGTAATGGGGAAAGGTGGAGTTGGAAAGTCTTCAACTGTGAACTCTATCTTTGGTGAAAGAGCAGTTACTGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

323 aa · LXL04_033223|LXL04_033223|OH1004|PROTEIN

MRRQLYRLTEASSSSLPPVAVSMASQFIREWSGIQQFPPATQDKLLQLLGKLKEKKKDRLTILVMGKGGVGKSSTVNSIFGERAVTVSAFQSEALRPTMVSRERSGFTLNIIDTPGIVEGGYVNDQALEIIKRFLLNKTIDVLLYVDRLDAYRVDTLDGQIVKAITNTFGQEIWRRAIVVLTHSQLSPPDCLTYDDFLAKRSEALLKVVYNGARFTKQDIQSYSIPVGLVENSSRCNKNEKDEKILPNGTAWIPSIVETI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_033223`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_033223

位置 Chr07:38705060-38707952 (+)

描述 Similar to TOC34: Translocase of chloroplast 34, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g05000`	GTPase 参与蛋白质前体导入叶绿体。	Two Toc34 homologues with different properties.2003 · DOI: 10.1021/bi034001q The Arabidopsis ppi1 mutant is specifically defective in the expression, chloroplast import, and accumulation of photosynthetic proteins.2003 · DOI: 10.1105/tpc.012955 An outer envelope membrane component of the plastid protein import apparatus plays an essential role in Arabidopsis.2004 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2004.02024.x Deletion of core components of the plastid protein import machinery causes differential arrest of embryo development in Arabidopsis thaliana.2006 · DOI: 10.1055/s-2005-873044
`At1g02280`	GTPase 参与蛋白质前体导入叶绿体。	Chloroplast protein translocon components atToc159 and atToc33 are not essential for chloroplast biogenesis in guard cells and root cells.2001 · DOI: 10.1104/pp.127.1.90 Two Toc34 homologues with different properties.2003 · DOI: 10.1021/bi034001q Unusual nucleotide-binding properties of the chloroplast protein import receptor, atToc33.2003 · DOI: 10.1016/s0014-5793(03)00478-2 Dimerization of Toc-GTPases at the chloroplast protein import machinery.2003 · DOI: 10.1074/jbc.m305946200 The Arabidopsis ppi1 mutant is specifically defective in the expression, chloroplast import, and accumulation of photosynthetic proteins.2003 · DOI: 10.1105/tpc.012955 The roles of toc34 and toc75 in targeting the toc159 preprotein receptor to chloroplasts.2003 · DOI: 10.1074/jbc.m307873200 An outer envelope membrane component of the plastid protein import apparatus plays an essential role in Arabidopsis.2004 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2004.02024.x In vivo assessment of the significance of phosphorylation of the Arabidopsis chloroplast protein import receptor, atToc33.2006 · DOI: 10.1016/j.febslet.2005.12.055 Phospho-mimicry mutant of atToc33 affects early development of Arabidopsis thaliana.2007 · DOI: 10.1016/j.febslet.2007.11.071

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_033223 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006886 intracellular protein transport 生物过程

GO:0015031 protein transport 生物过程

GO:0019750 chloroplast localization 生物过程

GO:0045036 protein targeting to chloroplast 生物过程

GO:0045037 protein import into chloroplast stroma 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009536 plastid 细胞组分

GO:0009707 chloroplast outer membrane 细胞组分

GO:0009941 chloroplast envelope 细胞组分

GO:0003924 GTPase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G02280

ath:AT5G05000

cre:CHLRE_06g252200v5

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.225

排名 1 · LXL04_033223 · OH-1004

细胞膜0.191

排名 2 · LXL04_033223 · OH-1004

质体0.179

排名 3 · LXL04_033223 · OH-1004

内质网0.164

排名 4 · LXL04_033223 · OH-1004

线粒体0.154

排名 5 · LXL04_033223 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03193.23RsgA_GTPase47-119 aa

PF04548.23AIG160-210 aa

PF01926.30MMR_HSR162-165 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_033223	`PF03193.23`	RsgA_GTPase	47	119	1.8e-08	35.1
LXL04_033223	`PF04548.23`	AIG1	60	210	1.3e-33	116.9
LXL04_033223	`PF01926.30`	MMR_HSR1	62	165	1.3e-11	45.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q38906`	拟南芥	Translocase of chloroplast 34, chloroplastic	68.227%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`O23680`	拟南芥	Translocase of chloroplast 33, chloroplastic	58.983%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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