LXL04_033107 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_033107

当前版本: OH-1004 染色体: Chr07 坐标: 36125661-36126764 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1104 bp · LXL04_033107|LXL04_033107|OH1004|cDNA

ATGGGTAGCTTAACCTTCCGTTGGTGGATTACAGCTGTTTTGGTGTTCGCCGTCGGTGTGACGGTGGATGCTTGCCCGGCGTCGGATAGGGCATCGTTGCTCGCCTTCAAAGCTGCTTTACATGAACCTCATTTGGGCATCTTTAATTCGTGGACGGGCACCGACTGTTGTAACAAATGGTACGGTATTACTTGCGACCCGACTACTAAACGGGTTGCGGATATAGCGCTCCGTGGAGAGTCCGAGGATCCAATTTTTCA...

CDS

下载 CDS FASTA

1104 bp · LXL04_033107|LXL04_033107|OH1004|CDS

ATGGGTAGCTTAACCTTCCGTTGGTGGATTACAGCTGTTTTGGTGTTCGCCGTCGGTGTGACGGTGGATGCTTGCCCGGCGTCGGATAGGGCATCGTTGCTCGCCTTCAAAGCTGCTTTACATGAACCTCATTTGGGCATCTTTAATTCGTGGACGGGCACCGACTGTTGTAACAAATGGTACGGTATTACTTGCGACCCGACTACTAAACGGGTTGCGGATATAGCGCTCCGTGGAGAGTCCGAGGATCCAATTTTTCA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

367 aa · LXL04_033107|LXL04_033107|OH1004|PROTEIN

MGSLTFRWWITAVLVFAVGVTVDACPASDRASLLAFKAALHEPHLGIFNSWTGTDCCNKWYGITCDPTTKRVADIALRGESEDPIFQKAKRTGYMTGSISPAICNLERLSNVIISDWKGISGTVPSCITSLPFLRHLDLVGNQISGEIPSDIGKLHLLTVLNLADNKITGRIPRSIANLTSLMHLDLRNNMISGTIPINIGKLRMLSRALLSNNQISGMIPNTISYIYRLSDLDLSLNRISGPIPDSLGKMGVLATLNLD...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_033107`
TK1151 ID	TkA08G231040
OH-1004 ID	LXL04_033107
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	98.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 68.246 / OH-1004 39.237 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_033107

位置 Chr07:36125661-36126764 (-)

描述 Similar to DRT100: DNA damage-repair/toleration protein DRT100

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g12610`	该蛋白能够补偿细菌 recA 突变，但其在植物中的本体功能尚不清楚。	暂无已核实直接文献
`At3g56370`	可能的LRR受体样丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶IRK。	暂无已核实直接文献
`At5g46330`	构成模式识别受体（PPR），决定对鞭毛蛋白（flg22）的特异性识别，flg22是引发对病原相关分子模式（PAMPs）防御反应的有效诱导因子。	暂无已核实直接文献
`At3g12145`	在长日照 (LD) 条件下促进开花过渡。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_033107 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006281 DNA repair 生物过程

GO:0007165 signal transduction 生物过程

GO:0010228 vegetative to reproductive phase transition of meristem 生物过程

GO:0048364 root development 生物过程

GO:0048510 regulation of timing of transition from vegetative to reproductive phase 生物过程

GO:0048574 long-day photoperiodism, flowering 生物过程

GO:0051302 regulation of cell division 生物过程

GO:0090511 periclinal cell division 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G12145

ath:AT3G12610

ath:AT3G56370

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.584

排名 1 · LXL04_033107 · OH-1004

细胞外0.210

排名 2 · LXL04_033107 · OH-1004

内质网0.098

排名 3 · LXL04_033107 · OH-1004

细胞质0.079

排名 4 · LXL04_033107 · OH-1004

细胞核0.035

排名 5 · LXL04_033107 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF08263.18LRRNT_227-66 aa

PF23598.2LRR_14127-208 aa

PF12799.14LRR_4134-169 aa

PF13855.13LRR_8154-192 aa

PF12799.14LRR_4158-193 aa

PF13855.13LRR_8211-264 aa

PF13855.13LRR_8277-335 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_033107	`PF08263.18`	LRRNT_2	27	66	1.9e-11	44.8
LXL04_033107	`PF23598.2`	LRR_14	127	208	2.7e-14	53.4
LXL04_033107	`PF12799.14`	LRR_4	134	169	9.4e-10	39.1
LXL04_033107	`PF13855.13`	LRR_8	154	192	1.2e-22	80.2
LXL04_033107	`PF12799.14`	LRR_4	158	193	9.4e-10	39.1
LXL04_033107	`PF13855.13`	LRR_8	211	264	1.2e-22	80.2
LXL04_033107	`PF13855.13`	LRR_8	277	335	1.2e-22	80.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q00874`	拟南芥	DNA damage-repair/toleration protein DRT100	57.895%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9LY03`	拟南芥	Probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase IRK	34.604%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9FL28`	拟南芥	LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase FLS2	34.983%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LH52`	拟南芥	Leucine-rich repeat protein FLOR 1	31.792%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情