LXL04_033077 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_033077

当前版本: OH-1004 染色体: Chr07 坐标: 35477713-35480988 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1890 bp · LXL04_033077|LXL04_033077|OH1004|cDNA

ATGGGCTTGTTTCTGGAGATGGCCATTTGGAAGACGTATCTAACGATTTCTTCCACCAAAATGATTTACGACCGGTTACTGTACACAACCGGTTGTCAACCGGAGGGGCAAAAGGAGTGCGACCGCATCGTCCATGGCAGCAGATTGACCTGCAACTCCAAAGTCCAACTTCGGCTGATACACCAATGGGCGAACACGATTTCCGATTGCCATGAGCCTTCTCCTTTCCGATCATTATCAGTCAACGCCGCCATGATCAA...

CDS

下载 CDS FASTA

1878 bp · LXL04_033077|LXL04_033077|OH1004|CDS

ATGGGCTTGTTTCTGGAGATGGCCATTTGGAAGACGTATCTAACGATTTCTTCCACCAAAATGATTTACGACCGGTTACTGTACACAACCGGTTGTCAACCGGAGGGGCAAAAGGAGTGCGACCGCATCGTCCATGGCAGCAGATTGACCTGCAACTCCAAAGTCCAACTTCGGCTGATACACCAATGGGCGAACACGATTTCCGATTGCCATGAGCCTTCTCCTTTCCGATCATTATCAGTCAACGCCGCCATGATCAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

625 aa · LXL04_033077|LXL04_033077|OH1004|PROTEIN

MGLFLEMAIWKTYLTISSTKMIYDRLLYTTGCQPEGQKECDRIVHGSRLTCNSKVQLRLIHQWANTISDCHEPSPFRSLSVNAAMINTTAASTSTNTASQPSASSSSNTAAQSLGLKNFFKTPEGRYKLHQDKTHPSSLLPYALAKSITQITLAQIKDQPVHATTSTPPLQPNSSYSVASSGVRYVTSKFLGSSGNGSRMLGFVGGNGTGSKANGGTSKSSHVGGLTNGVNFTPGSSTPDGKGTFLIFNVGDTLYISELN...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_033077`
TK1151 ID	TkA08G229020
OH-1004 ID	LXL04_033077
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	97.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 86.560 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`LXL04_033077`
位置	Chr07:35477713-35480988 (-)
描述	Similar to Dmwd: Dystrophia myotonica WD repeat-containing protein
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_033077` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程 GO:0045013 carbon catabolite repression of transcription 生物过程 GO:2000059 negative regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程 GO:0005634 nucleus 细胞组分 GO:0005737 cytoplasm 细胞组分 GO:0032153 cell division site 细胞组分 GO:0051286 cell tip 细胞组分 GO:1905368 peptidase complex 细胞组分 GO:0035800 deubiquitinase activator activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用	act:ACLA_082740 ang:An11g02750 mmu:13401 nfi:NFIA_053550 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.507

排名 1 · LXL04_033077 · OH-1004

细胞核0.384

排名 2 · LXL04_033077 · OH-1004

溶酶体／液泡0.113

排名 3 · LXL04_033077 · OH-1004

细胞膜0.096

排名 4 · LXL04_033077 · OH-1004

高尔基体0.087

排名 5 · LXL04_033077 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF24807.2WD40_CDC20-Fz249-428 aa

PF25460.2Beta-prop_Aladin381-476 aa

PF23414.2Beta-prop_EML_2384-470 aa

PF24796.2WDR55389-481 aa

PF24805.2EIF3I389-427 aa

PF25047.1Beta-prop_TEP1_2nd392-487 aa

PF25171.2Beta-prop_WDR36-Utp21_1st392-467 aa

PF00400.39WD40396-424 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_033077	`PF24807.2`	WD40_CDC20-Fz	249	428	1.3e-11	45.0
LXL04_033077	`PF25460.2`	Beta-prop_Aladin	381	476	1.1e-06	28.7
LXL04_033077	`PF23414.2`	Beta-prop_EML_2	384	470	6.2e-12	46.2
LXL04_033077	`PF24796.2`	WDR55	389	481	3e-09	37.1
LXL04_033077	`PF24805.2`	EIF3I	389	427	1.9e-08	34.6
LXL04_033077	`PF25047.1`	Beta-prop_TEP1_2nd	392	487	4.5e-14	52.9
LXL04_033077	`PF25171.2`	Beta-prop_WDR36-Utp21_1st	392	467	1.6e-06	28.4
LXL04_033077	`PF00400.39`	WD40	396	424	1.4e-18	67.2
LXL04_033077	`PF23381.2`	Beta-prop_IFT122_1st	398	489	4.9e-21	76.0
LXL04_033077	`PF24780.2`	WD40_MABP1-WDR62_1st	398	488	3.8e-07	30.4
LXL04_033077	`PF24782.3`	WD40_MABP1-WDR62_2nd	398	488	4.6e-06	26.5
LXL04_033077	`PF25175.2`	Beta-prop_WDR5	399	489	1.2e-17	64.9
LXL04_033077	`PF25172.2`	Beta-prop_WDR3_2nd	400	469	1.9e-06	28.0
LXL04_033077	`PF23381.2`	Beta-prop_IFT122_1st	440	489	4.9e-21	76.0
LXL04_033077	`PF00400.39`	WD40	441	466	1.4e-18	67.2
LXL04_033077	`PF24814.2`	WD40_Prp19	441	489	3.5e-13	50.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

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