LXL04_033057 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_033057

当前版本: OH-1004 染色体: Chr07 坐标: 35180372-35183640 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1890 bp · LXL04_033057|LXL04_033057|OH1004|cDNA

ATGTTTTCTTCAGGGGAAGAACACGACTGATCATCGACAATGACGTCTGATTCAAGCTCCGCATCATTATCCTCTGACGATGAAGAGGAATCAGCCGGCCAAAAACCTAACGTTGACGTTCACACCAATTCGATAGATACCTCCCTAGATGCCATCGAGAATCAGTTGTCTTCGATCGCATTGAACACTTCAATTGACGAAAGAAGTGTATCACCTACTGGTTATCATGAGCCGGTCTCGGAGATCGAAAATGGATCGTT...

CDS

下载 CDS FASTA

1851 bp · LXL04_033057|LXL04_033057|OH1004|CDS

ATGACGTCTGATTCAAGCTCCGCATCATTATCCTCTGACGATGAAGAGGAATCAGCCGGCCAAAAACCTAACGTTGACGTTCACACCAATTCGATAGATACCTCCCTAGATGCCATCGAGAATCAGTTGTCTTCGATCGCATTGAACACTTCAATTGACGAAAGAAGTGTATCACCTACTGGTTATCATGAGCCGGTCTCGGAGATCGAAAATGGATCGTTGAGGGAAAGTGTAAGAGAGAGGCGGAGAAACTCGATCGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

616 aa · LXL04_033057|LXL04_033057|OH1004|PROTEIN

MTSDSSSASLSSDDEEESAGQKPNVDVHTNSIDTSLDAIENQLSSIALNTSIDERSVSPTGYHEPVSEIENGSLRESVRERRRNSIGESSSSIGLGLSRNHLEVEVEVEREADGQLASPSSSGYAGERGSSSSPTSASGTDVIRELRDNGSSIGDDGVVSVDPSQTQWIRGKRHADEDDGSISWRKRKKHFFILSHSGKPIYSRYGDEHKLAGFSATLQAIISFVENGGDRVKLVRAGKHQVVFLVKGPIYLVCISCTEE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_033057`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_033057

位置 Chr07:35180372-35183640 (-)

描述 Similar to MON1: Vacuolar fusion protein MON1 homolog

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g28390`	在通过分泌装置的膜运输中发挥重要作用。	Activation of the Rab7 GTPase by the MON1-CCZ1 Complex Is Essential for PVC-to-Vacuole Trafficking and Plant Growth in Arabidopsis.2014 · DOI: 10.1105/tpc.114.123141

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os01g0976000`	在通过分泌装置的膜运输中发挥重要作用。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_033057 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006623 protein targeting to vacuole 生物过程

GO:0006879 intracellular iron ion homeostasis 生物过程

GO:0006886 intracellular protein transport 生物过程

GO:0007033 vacuole organization 生物过程

GO:0009306 protein secretion 生物过程

GO:0015031 protein transport 生物过程

GO:0016192 vesicle-mediated transport 生物过程

GO:0019085 early viral transcription 生物过程

GO:0019086 late viral transcription 生物过程

GO:0045324 late endosome to vacuole transport 生物过程

GO:0099402 plant organ development 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G28390

dosa:Os01g0976000

mcf:102126726

mmu:270096

mmu:72825

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.478

排名 1 · LXL04_033057 · OH-1004

高尔基体0.293

排名 2 · LXL04_033057 · OH-1004

溶酶体／液泡0.248

排名 3 · LXL04_033057 · OH-1004

细胞核0.220

排名 4 · LXL04_033057 · OH-1004

细胞膜0.129

排名 5 · LXL04_033057 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF19036.7Fuz_longin_1189-310 aa

PF19037.7Fuz_longin_2349-425 aa

PF19038.7Fuz_longin_3502-602 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_033057	`PF19036.7`	Fuz_longin_1	189	310	3.3e-30	105.6
LXL04_033057	`PF19037.7`	Fuz_longin_2	349	425	3.6e-15	56.7
LXL04_033057	`PF19038.7`	Fuz_longin_3	502	602	1.1e-19	71.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SKN1`	拟南芥	Vacuolar fusion protein MON1 homolog	66.981%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q5JL08`	水稻	Vacuolar fusion protein MON1 homolog	65.310%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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