LXL04_032774 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_032774

当前版本: OH-1004 染色体: Chr07 坐标: 29138318-29139901 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1584 bp · LXL04_032774|LXL04_032774|OH1004|cDNA

ATGGACAGGTTAATAACTTTAGAGCCATCCAATGTGGTTGCAATACGGATCGAACAAGGTCAAAGATGTTACGGTCAACTCACGTTAAGAAACGTCATGTACACAATGCCTGTAGCCTTCCGGTTACAACCGATGAACAAATCGCGGTACAGTATCCGTCCACAATCCGGGGTCATTTCACCACTGACAACTGTTACTATCGAAATCACATACGATTTCCCCCAAAATTCAACTCTCCCAGGGTCAATCCCGTACTCTGA...

CDS

下载 CDS FASTA

1584 bp · LXL04_032774|LXL04_032774|OH1004|CDS

ATGGACAGGTTAATAACTTTAGAGCCATCCAATGTGGTTGCAATACGGATCGAACAAGGTCAAAGATGTTACGGTCAACTCACGTTAAGAAACGTCATGTACACAATGCCTGTAGCCTTCCGGTTACAACCGATGAACAAATCGCGGTACAGTATCCGTCCACAATCCGGGGTCATTTCACCACTGACAACTGTTACTATCGAAATCACATACGATTTCCCCCAAAATTCAACTCTCCCAGGGTCAATCCCGTACTCTGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

527 aa · LXL04_032774|LXL04_032774|OH1004|PROTEIN

MDRLITLEPSNVVAIRIEQGQRCYGQLTLRNVMYTMPVAFRLQPMNKSRYSIRPQSGVISPLTTVTIEITYDFPQNSTLPGSIPYSDDSFLLHSVVVPGASATSTNDSVPSDWFTTRKKQVFVDSGIRVMFGGSIVMTRLVKNGAINEIREVLEKSDPSWNAINSVDSEGQTLLHLAVSQSRPDLVQLLLEFEPDIDGRNWSGASPLEAAAGSGQTLIVELLLAHRASMERLETSTWGAVHLAAGGGHVDVLKLLLLRGA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_032774`
TK1151 ID	TkA08G203880
OH-1004 ID	LXL04_032774
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	96.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 89.817 / OH-1004 86.338 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`LXL04_032774`
位置	Chr07:29138318-29139901 (+)
描述	Similar to VPY: Protein VAPYRIN
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_032774` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0002237 response to molecule of bacterial origin 生物过程 GO:0009609 response to symbiotic bacterium 生物过程 GO:0009610 response to symbiotic fungus 生物过程 GO:0009877 nodulation 生物过程 GO:0010247 detection of phosphate ion 生物过程 GO:0010564 regulation of cell cycle process 生物过程 GO:0036377 arbuscular mycorrhizal association 生物过程 GO:0071300 cellular response to retinoic acid 生物过程 GO:0085020 protein K6-linked ubiquitination 生物过程 GO:0005634 nucleus 细胞组分 GO:0005737 cytoplasm 细胞组分 GO:0005829 cytosol 细胞组分
KEGG 基因交叉引用	hsa:255239 mtr:11415982 mtr:25495843 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.450

排名 1 · LXL04_032774 · OH-1004

细胞核0.317

排名 2 · LXL04_032774 · OH-1004

细胞膜0.127

排名 3 · LXL04_032774 · OH-1004

线粒体0.074

排名 4 · LXL04_032774 · OH-1004

高尔基体0.063

排名 5 · LXL04_032774 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00635.33Motile_Sperm5-104 aa

PF12796.14Ank_2142-228 aa

PF13857.13Ank_5163-208 aa

PF13606.13Ank_3169-197 aa

PF13637.13Ank_4208-256 aa

PF12796.14Ank_2218-297 aa

PF00023.37Ank239-266 aa

PF13857.13Ank_5240-276 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_032774	`PF00635.33`	Motile_Sperm	5	104	5e-08	33.5
LXL04_032774	`PF12796.14`	Ank_2	142	228	9.1e-61	203.2
LXL04_032774	`PF13857.13`	Ank_5	163	208	3.2e-42	142.8
LXL04_032774	`PF13606.13`	Ank_3	169	197	2.9e-45	147.2
LXL04_032774	`PF13637.13`	Ank_4	208	256	4.3e-45	151.4
LXL04_032774	`PF12796.14`	Ank_2	218	297	9.1e-61	203.2
LXL04_032774	`PF00023.37`	Ank	239	266	9.3e-56	183.3
LXL04_032774	`PF13857.13`	Ank_5	240	276	3.2e-42	142.8
LXL04_032774	`PF13637.13`	Ank_4	247	289	4.3e-45	151.4
LXL04_032774	`PF13857.13`	Ank_5	255	309	3.2e-42	142.8
LXL04_032774	`PF00023.37`	Ank	268	299	9.3e-56	183.3
LXL04_032774	`PF13637.13`	Ank_4	277	322	4.3e-45	151.4
LXL04_032774	`PF13857.13`	Ank_5	288	342	3.2e-42	142.8
LXL04_032774	`PF12796.14`	Ank_2	294	354	9.1e-61	203.2
LXL04_032774	`PF00023.37`	Ank	301	333	9.3e-56	183.3
LXL04_032774	`PF13606.13`	Ank_3	301	326	2.9e-45	147.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情