RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_032355
当前版本: OH-1004 染色体: Chr07 坐标: 21251197-21255814 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

3246 bp · LXL04_032355|LXL04_032355|OH1004|cDNA

ATGGAGGCAAATGCTGGATTGGTAGCCGGATCTCATAAGAGGAACGAGTTGGTGAGGATAAGGCATGATTCCGATGGAGGGCCGAAGCCTTTAAAGAATATGAACGGGCAAATATGCCAAATTTGTGGCGACACCGTCGGCCTCACTGAAAACGGCGACGTTTTTGTTGCTTGCAACGAGTGCGCTTTTCCCGTCTGTAGGCCATGTTACGAGTACGAAAGAAGAGACGGAAATCAAGCATGCCCTCAATGCAAAACTCG...

CDS

下载 CDS FASTA

3246 bp · LXL04_032355|LXL04_032355|OH1004|CDS

ATGGAGGCAAATGCTGGATTGGTAGCCGGATCTCATAAGAGGAACGAGTTGGTGAGGATAAGGCATGATTCCGATGGAGGGCCGAAGCCTTTAAAGAATATGAACGGGCAAATATGCCAAATTTGTGGCGACACCGTCGGCCTCACTGAAAACGGCGACGTTTTTGTTGCTTGCAACGAGTGCGCTTTTCCCGTCTGTAGGCCATGTTACGAGTACGAAAGAAGAGACGGAAATCAAGCATGCCCTCAATGCAAAACTCG...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

1081 aa · LXL04_032355|LXL04_032355|OH1004|PROTEIN

MEANAGLVAGSHKRNELVRIRHDSDGGPKPLKNMNGQICQICGDTVGLTENGDVFVACNECAFPVCRPCYEYERRDGNQACPQCKTRYKRLKGSPRVDGDDDEDDVDDLENEFDYAQGNRKQWQGEDPDLSSSSRHESHRPVPLLTNGQQVSGEIPSATPDNLSVRSTSGPLGPGDKHAHYRDPRQPVPVRIVDPSKDLNSYGLGNVDWKERVEGWKLKQDKNIMQMANRYSGEGRGGEIEGTGSNGEELQIVDDPRQSM...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_032355
版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_032355
位置Chr07:21251197-21255814 (+)
描述Similar to CESA1: Cellulose synthase A catalytic subunit 1 [UDP-forming]
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At4g32410 纤维素合酶末端复合物的催化亚基，是 β-1,4-葡聚糖微纤维结晶所需的。
Fractionation of carbohydrates in Arabidopsis root cell walls shows that three radial swelling loci are specifically involved in cellulose production.2000 · DOI: 10.1007/s004250000301
PROCUSTE1 encodes a cellulose synthase required for normal cell elongation specifically in roots and dark-grown hypocotyls of Arabidopsis.2000 · DOI: 10.1105/tpc.12.12.2409
Morphology of rsw1, a cellulose-deficient mutant of Arabidopsis thaliana.2001 · DOI: 10.1007/bf01280308
Wall architecture in the cellulose-deficient rsw1 mutant of Arabidopsis thaliana: microfibrils but not microtubules lose their transverse alignment before microfibrils become unrecognizable in the mitotic and elongation zones of roots.2001 · DOI: 10.1007/bf01280312
Alpha-glucosidase I is required for cellulose biosynthesis and morphogenesis in Arabidopsis.2002 · DOI: 10.1083/jcb.200111093
Functional analysis of the cellulose synthase genes CesA1, CesA2, and CesA3 in Arabidopsis.2002 · DOI: 10.1104/pp.010931
Genetic complexity of cellulose synthase a gene function in Arabidopsis embryogenesis.2002 · DOI: 10.1104/pp.102.010603
Genetic evidence for three unique components in primary cell-wall cellulose synthase complexes in Arabidopsis.2007 · DOI: 10.1073/pnas.0706592104
Organization of cellulose synthase complexes involved in primary cell wall synthesis in Arabidopsis thaliana.2007 · DOI: 10.1073/pnas.0706569104
Molecular analysis of cellulose biosynthesis in Arabidopsis.1998 · DOI: 10.1126/science.279.5351.717
At2g25540 可能的纤维素合酶终端复合体（‘花状体’）的催化亚基，参与 β-1,4-葡聚糖微纤维结晶，这是细胞壁形成的主要机制。 暂无已核实直接文献
At5g05170 纤维素合酶末端复合物的催化亚基，是 β-1,4-葡聚糖微纤维结晶所需的。
The Arabidopsis mutant cev1 has constitutively active jasmonate and ethylene signal pathways and enhanced resistance to pathogens.2001 · DOI: 10.1105/tpc.13.5.1025
Functional analysis of the cellulose synthase genes CesA1, CesA2, and CesA3 in Arabidopsis.2002 · DOI: 10.1104/pp.010931
The Arabidopsis mutant cev1 links cell wall signaling to jasmonate and ethylene responses.2002 · DOI: 10.1105/tpc.002022
Reduced cellulose synthesis invokes lignification and defense responses in Arabidopsis thaliana.2003 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.2003.01729.x
Genetic evidence for three unique components in primary cell-wall cellulose synthase complexes in Arabidopsis.2007 · DOI: 10.1073/pnas.0706592104
Organization of cellulose synthase complexes involved in primary cell wall synthesis in Arabidopsis thaliana.2007 · DOI: 10.1073/pnas.0706569104

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os05g0176100 可能的纤维素合酶终端复合体（‘花状体’）的催化亚基，参与 β-1,4-葡聚糖微纤维结晶，这是细胞壁形成的主要机制。 暂无已核实直接文献
UniProt: A2Y0X2 纤维素合酶末端复合物（“玫瑰花结”）的催化亚基，是 β-1,4-葡聚糖微纤维结晶（细胞壁形成的主要机制）所需的。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_032355 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006952 defense response 生物过程
GO:0009832 plant-type cell wall biogenesis 生物过程
GO:0009833 plant-type primary cell wall biogenesis 生物过程
GO:0009834 plant-type secondary cell wall biogenesis 生物过程
GO:0030244 cellulose biosynthetic process 生物过程
GO:0042538 hyperosmotic salinity response 生物过程
GO:0071555 cell wall organization 生物过程
GO:0000139 Golgi membrane 细胞组分
GO:0005768 endosome 细胞组分
GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分
GO:0005802 trans-Golgi network 细胞组分
GO:0005886 plasma membrane 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT4G32410
ath:AT5G05170
dosa:Os05g0176100
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.527
排名 1 · LXL04_032355 · OH-1004
内质网0.209
排名 2 · LXL04_032355 · OH-1004
高尔基体0.163
排名 3 · LXL04_032355 · OH-1004
细胞质0.135
排名 4 · LXL04_032355 · OH-1004
溶酶体／液泡0.101
排名 5 · LXL04_032355 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF14569.13zf-UDP29-106 aa
PF03552.21Cellulose_synt354-1068 aa
PF13632.13Glyco_trans_2_3769-876 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_032355PF14569.13zf-UDP291061.2e-44151.0
LXL04_032355PF03552.21Cellulose_synt35410681362.4
LXL04_032355PF13632.13Glyco_trans_2_37698761.7e-0731.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
O48946拟南芥Cellulose synthase A catalytic subunit 1 [UDP-forming]84.502%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q9SKJ5拟南芥Probable cellulose synthase A catalytic subunit 10 [UDP-forming]79.190%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q941L0拟南芥Cellulose synthase A catalytic subunit 3 [UDP-forming]69.888%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q6AT26水稻Probable cellulose synthase A catalytic subunit 1 [UDP-forming]82.018%Swiss-Prot强数据库同源证据
A2Y0X2水稻Probable cellulose synthase A catalytic subunit 1 [UDP-forming]82.018%Swiss-Prot强数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看