LXL04_032064 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_032064

当前版本: OH-1004 染色体: Chr07 坐标: 15857952-15859373 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1422 bp · LXL04_032064|LXL04_032064|OH1004|cDNA

ATGACTGCCTTTTTTTCCATCATAACCCTTATATTATTAATTCCTACATGTCTCTCGTTTACGGTTATTATGTCTGATTCAGGGGTTCCGTCTGCTCTTGTTGACGCCCCTCAAACAGGGTTTTCCATGAACAACAATGGCGCTACAACAGACCATGATGAGCAACAAGCGGTTTACGACATCATGAAAGCTACTGGAAACGACTGGGCTACTGACATCCCCGATGTCTGTCGGGGACGGTGGCACGGGATCGAATGCAT...

CDS

下载 CDS FASTA

1422 bp · LXL04_032064|LXL04_032064|OH1004|CDS

ATGACTGCCTTTTTTTCCATCATAACCCTTATATTATTAATTCCTACATGTCTCTCGTTTACGGTTATTATGTCTGATTCAGGGGTTCCGTCTGCTCTTGTTGACGCCCCTCAAACAGGGTTTTCCATGAACAACAATGGCGCTACAACAGACCATGATGAGCAACAAGCGGTTTACGACATCATGAAAGCTACTGGAAACGACTGGGCTACTGACATCCCCGATGTCTGTCGGGGACGGTGGCACGGGATCGAATGCAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

473 aa · LXL04_032064|LXL04_032064|OH1004|PROTEIN

MTAFFSIITLILLIPTCLSFTVIMSDSGVPSALVDAPQTGFSMNNNGATTDHDEQQAVYDIMKATGNDWATDIPDVCRGRWHGIECMPDKNNVFHVVSLSFGALSDDTAFPTCDPTRSYISPSITKLPHIRTLFFYRCFTDKPQPIPSFLGLLGPTLQTLVLRENGHVGPIPTQLGNLTGLRVLDLHKNNLNGSIPASFSRFTGLRSLDLSSNKLTGSIPSFAFPELTILDLNQNHLTGSIPTAIGNCDSLMKIDLSRNR...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_032064`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_032064

位置 Chr07:15857952-15859373 (-)

描述 Similar to TMM: Protein TOO MANY MOUTHS

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g80080`	促进气孔发育中的细胞命运进程。	暂无已核实直接文献
`At2g42800`	受体样蛋白 29。	暂无已核实直接文献
`At1g13230`	对内生真菌Piriformospora indica介导的生长促进和种子产量增加所必需。	A leucine-rich repeat protein is required for growth promotion and enhanced seed production mediated by the endophytic fungus Piriformospora indica in Arabidopsis thaliana.2007 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2007.03028.x
`At1g35710`	可能的富含亮氨酸重复的受体样蛋白激酶 At1g35710。	暂无已核实直接文献
`At2g25790`	具有丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶活性的受体（通过相似性）。	A novel pollen-pistil interaction conferring high-temperature tolerance during reproduction via CLE45 signaling.2013 · DOI: 10.1016/j.cub.2013.06.060 Arabidopsis MAKR5 is a positive effector of BAM3-dependent CLE45 signaling.2016 · DOI: 10.15252/embr.201642450

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_032064 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0007165 signal transduction 生物过程

GO:0008356 asymmetric cell division 生物过程

GO:0009610 response to symbiotic fungus 生物过程

GO:0009620 response to fungus 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0009755 hormone-mediated signaling pathway 生物过程

GO:0010090 trichome morphogenesis 生物过程

GO:0010375 stomatal complex patterning 生物过程

GO:0010376 stomatal complex formation 生物过程

GO:0044403 biological process involved in symbiotic interaction 生物过程

GO:0045087 innate immune response 生物过程

GO:0050832 defense response to fungus 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G13230

ath:AT1G35710

ath:AT1G80080

ath:AT2G42800

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.713

排名 1 · LXL04_032064 · OH-1004

内质网0.096

排名 2 · LXL04_032064 · OH-1004

细胞外0.083

排名 3 · LXL04_032064 · OH-1004

细胞质0.078

排名 4 · LXL04_032064 · OH-1004

细胞核0.046

排名 5 · LXL04_032064 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23598.2LRR_14122-221 aa

PF13855.13LRR_8155-215 aa

PF23598.2LRR_14200-303 aa

PF12799.14LRR_4204-237 aa

PF13855.13LRR_8225-285 aa

PF13855.13LRR_8250-309 aa

PF13855.13LRR_8298-358 aa

PF13855.13LRR_8323-382 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_032064	`PF23598.2`	LRR_14	122	221	1.2e-15	57.9
LXL04_032064	`PF13855.13`	LRR_8	155	215	1.3e-32	112.1
LXL04_032064	`PF23598.2`	LRR_14	200	303	1.2e-15	57.9
LXL04_032064	`PF12799.14`	LRR_4	204	237	9.3e-19	67.8
LXL04_032064	`PF13855.13`	LRR_8	225	285	1.3e-32	112.1
LXL04_032064	`PF13855.13`	LRR_8	250	309	1.3e-32	112.1
LXL04_032064	`PF13855.13`	LRR_8	298	358	1.3e-32	112.1
LXL04_032064	`PF13855.13`	LRR_8	323	382	1.3e-32	112.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SSD1`	拟南芥	Protein TOO MANY MOUTHS	63.556%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9SJH6`	拟南芥	Receptor like protein 29	36.364%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q5PP26`	拟南芥	Piriformospora indica-insensitive protein 2	31.750%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LP24`	拟南芥	Probable leucine-rich repeat receptor-like protein kinase At1g35710	38.603%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`O82318`	拟南芥	Leucine-rich repeat receptor-like serine/threonine-protein kinase SKM1	34.925%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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