LXL04_030368 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_030368

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 114950494-114951464 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

843 bp · LXL04_030368|LXL04_030368|OH1004|cDNA

ATGATGGAGCTTGAAGGTAGCCGCTATTTTCCTATTTCTTTCCTATTTCGATTCAAGTTCTTCAATTTCTTCAAATTCATCCTCGGAAGAATCGCAAAATGGATTGAAATTCTTACGGTGATTGGGGTAATAAGATTAATTTATTCCGTTTCCGATCTCAGGTTCGAAGATGGCGGTGGCGGTGATGGGGGTGATGGGGTGAAtgagaagaagaggaagagcTGTGGTGGCAGTTGGGATGACGTGGATAACCTGAGTTT...

CDS

下载 CDS FASTA

843 bp · LXL04_030368|LXL04_030368|OH1004|CDS

ATGATGGAGCTTGAAGGTAGCCGCTATTTTCCTATTTCTTTCCTATTTCGATTCAAGTTCTTCAATTTCTTCAAATTCATCCTCGGAAGAATCGCAAAATGGATTGAAATTCTTACGGTGATTGGGGTAATAAGATTAATTTATTCCGTTTCCGATCTCAGGTTCGAAGATGGCGGTGGCGGTGATGGGGGTGATGGGGTGAATGAGAAGAAGAGGAAGAGCTGTGGTGGCAGTTGGGATGACGTGGATAACCTGAGTTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

280 aa · LXL04_030368|LXL04_030368|OH1004|PROTEIN

MMELEGSRYFPISFLFRFKFFNFFKFILGRIAKWIEILTVIGVIRLIYSVSDLRFEDGGGGDGGDGVNEKKRKSCGGSWDDVDNLSLDGSGLNYDSDDFTVNTTTNFEENGIKINGGNSSNANSTVTGAGGSNQKGKKKGLPAKNLMAERRRRKKLNDRLYMLRSVVPKISKMDRASILGDTIEYLKELLQKINDLNYELESAPSSSSLTPTAGLDGDYLRRNFGPVLDIVPLANTITKLTARCEICGKKTHFTFRKTKE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_030368`
TK1151 ID	TkA07G400040
OH-1004 ID	LXL04_030368
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_030368

位置 Chr06:114950494-114951464 (-)

描述 Similar to SCRM2: Transcription factor SCREAM2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g12860`	可能通过控制 SPCH、MUTE 和 FAMA 的连续作用在表皮中介导气孔分化。	SCREAM/ICE1 and SCREAM2 specify three cell-state transitional steps leading to arabidopsis stomatal differentiation.2008 · DOI: 10.1105/tpc.108.060848
`At3g26744`	转录激活剂，调节 CBF/DREB1 基因的冷诱导转录。	SIZ1-mediated sumoylation of ICE1 controls CBF3/DREB1A expression and freezing tolerance in Arabidopsis.2007 · DOI: 10.1105/tpc.106.048397 SCREAM/ICE1 and SCREAM2 specify three cell-state transitional steps leading to arabidopsis stomatal differentiation.2008 · DOI: 10.1105/tpc.108.060848
`At3g07800`	嘌呤和嘧啶脱氧核糖核苷酸合成的补救途径的一部分。	Two thymidine kinases and one multisubstrate deoxyribonucleoside kinase salvage DNA precursors in Arabidopsis thaliana.2012 · DOI: 10.1111/j.1742-4658.2012.08747.x Arabidopsis thaliana thymidine kinase 1a is ubiquitously expressed during development and contributes to confer tolerance to genotoxic stress.2015 · DOI: 10.1007/s11103-014-0277-7
`At5g23070`	嘌呤和嘧啶脱氧核糖核苷酸合成的补救途径的一部分。	Two thymidine kinases and one multisubstrate deoxyribonucleoside kinase salvage DNA precursors in Arabidopsis thaliana.2012 · DOI: 10.1111/j.1742-4658.2012.08747.x

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os03g0113100`	胸苷激酶。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_030368 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006302 double-strand break repair 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006950 response to stress 生物过程

GO:0009409 response to cold 生物过程

GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009960 endosperm development 生物过程

GO:0010115 regulation of abscisic acid biosynthetic process 生物过程

GO:0010162 seed dormancy process 生物过程

GO:0010225 response to UV-C 生物过程

GO:0010440 stomatal lineage progression 生物过程

GO:0010444 guard mother cell differentiation 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G12860

ath:AT3G07800

ath:AT3G26744

ath:AT5G23070

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.930

排名 1 · LXL04_030368 · OH-1004

细胞质0.127

排名 2 · LXL04_030368 · OH-1004

细胞膜0.037

排名 3 · LXL04_030368 · OH-1004

内质网0.027

排名 4 · LXL04_030368 · OH-1004

线粒体0.011

排名 5 · LXL04_030368 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00010.32HLH147-189 aa

PF23177.2bHLH_IRO3147-198 aa

PF23173.3bHLH_SAC51149-192 aa

PF00265.25TK212-271 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_030368	`PF00010.32`	HLH	147	189	1.6e-09	38.2
LXL04_030368	`PF23177.2`	bHLH_IRO3	147	198	3.8e-06	27.9
LXL04_030368	`PF23173.3`	bHLH_SAC51	149	192	6e-06	26.8
LXL04_030368	`PF00265.25`	TK	212	271	1.3e-13	51.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LPW3`	拟南芥	Transcription factor SCREAM2	55.333%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LSE2`	拟南芥	Transcription factor ICE1	42.986%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9S750`	拟南芥	Thymidine kinase a	47.475%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`F4KBF5`	拟南芥	Thymidine kinase b	45.455%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`O81263`	水稻	Thymidine kinase	56.098%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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