LXL04_030303 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_030303

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 113856498-113859782 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2430 bp · LXL04_030303|LXL04_030303|OH1004|cDNA

ATGAAAGGCAAACCTAATAAAGGCAAAGCGAACGGCAACGGTTAAGTCACTGTTCATCCCATCGGCCGGGTCCCCAACGGCAACCAGTCACGGTTTTCTTCAGCTACATTTCCCTATGAGAACTCAATGCTCGCTGCTACATTTTCCTCCAAATCTCTAGCCAACAACTGCAACAGTGAGCTTCTTCCAAAGATGAGTGAATCGGAGCTTGCCGGGGAGTACAGAGACCGGAATGTGGCCGGAGGTCGGACAGTTGTGGT...

CDS

下载 CDS FASTA

2304 bp · LXL04_030303|LXL04_030303|OH1004|CDS

ATGCTCGCTGCTACATTTTCCTCCAAATCTCTAGCCAACAACTGCAACAGTGAGCTTCTTCCAAAGATGAGTGAATCGGAGCTTGCCGGGGAGTACAGAGACCGGAATGTGGCCGGAGGTCGGACAGTTGTGGTTGGAGTTAAGCTTGACTCGCAGAGTAGAGAGTTGCTAACTTGGGCTTTAGTCAAACAAGCTCAACCTGGTGACCGTGTTGTCGCTCTTCATGTTCTTACCAACAATGAAATTCTGGATCATGAAGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

767 aa · LXL04_030303|LXL04_030303|OH1004|PROTEIN

MLAATFSSKSLANNCNSELLPKMSESELAGEYRDRNVAGGRTVVVGVKLDSQSRELLTWALVKQAQPGDRVVALHVLTNNEILDHEGKSSLLSLVNSFDSVLAVYEGFCNLKQVDLKLKICRGTSIRKIIVREAKSYNANEIIVGTARVHHTIRSSSSVAKYCAKKLKNCSIIAVSSGKIVFHRQSPSSTSGAKGSSDHHKNQIFSLIQRSLSLTPTLLNNGNELKCNQTDCKKPDLALVKSESECAPIAFRNNCPICSL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_030303`
TK1151 ID	TkA07G395900
OH-1004 ID	LXL04_030303
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 94.808 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_030303

位置 Chr06:113856498-113859782 (+)

描述 Similar to PERK1: Proline-rich receptor-like protein kinase PERK1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g16750`	促进细胞在赤霉素（GA）信号通路中的增殖，在RGA下游起作用，并可能通过对两个细胞周期蛋白依赖性激酶抑制因子SIM和SMR1的负向调控实现作用。	暂无已核实直接文献
`At3g24550`	富脯氨酸受体样蛋白激酶 PERK1。	暂无已核实直接文献
`At1g70460`	负向调控根毛伸长。	暂无已核实直接文献
`At1g23540`	在枝条分枝过程中调节生长素相关的 MAX（更多侧枝生长）途径。	Over-expression of the IGI1 leading to altered shoot-branching development related to MAX pathway in Arabidopsis.2010 · DOI: 10.1007/s11103-010-9645-0
`At3g05140`	类受体胞质丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶 RBK2。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_030303 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006995 cellular response to nitrogen starvation 生物过程

GO:0009611 response to wounding 生物过程

GO:0009620 response to fungus 生物过程

GO:0009739 response to gibberellin 生物过程

GO:0009740 gibberellic acid mediated signaling pathway 生物过程

GO:0010476 gibberellin mediated signaling pathway 生物过程

GO:0016036 cellular response to phosphate starvation 生物过程

GO:0046777 protein autophosphorylation 生物过程

GO:0051781 positive regulation of cell division 生物过程

GO:1990641 response to iron ion starvation 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G70460

ath:AT2G16750

ath:AT3G05140

ath:AT3G24550

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.535

排名 1 · LXL04_030303 · OH-1004

细胞质0.312

排名 2 · LXL04_030303 · OH-1004

细胞核0.296

排名 3 · LXL04_030303 · OH-1004

内质网0.045

排名 4 · LXL04_030303 · OH-1004

质体0.038

排名 5 · LXL04_030303 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00582.33Usp41-168 aa

PF00069.32Pkinase421-629 aa

PF07714.24PK_Tyr_Ser-Thr421-687 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_030303	`PF00582.33`	Usp	41	168	3.1e-07	31.7
LXL04_030303	`PF00069.32`	Pkinase	421	629	5e-43	148.1
LXL04_030303	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	421	687	1.8e-41	142.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`B5X4Z9`	拟南芥	Protein kinase STUNTED	44.301%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LV48`	拟南芥	Proline-rich receptor-like protein kinase PERK1	45.631%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9CAL8`	拟南芥	Proline-rich receptor-like protein kinase PERK13	46.181%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9ZUE0`	拟南芥	Proline-rich receptor-like protein kinase PERK12	45.833%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q8RXC8`	拟南芥	Receptor-like cytosolic serine/threonine-protein kinase RBK2	44.337%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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