LXL04_029219 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_029219

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 83980502-83983653 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1848 bp · LXL04_029219|LXL04_029219|OH1004|cDNA

AATACACGGCTGTACTTGCTCTTACAGACTTACACCCAAGGTGTTCGCATAAATATTAAGAACCACGGGAATCTCCTTTTCCATGAAACCTTTCTTCCATTATTCTACAGAATACTGCATTCCTCAACACCAATGGCGACCTTCTCCAAAACCCAATTAAATTACCCCCATTCTTCAACAAAAACTTCAAATTTTGAAATGTCAGAGAACCAATCCTTGTCCCACGACTGGTATTTTGAAGAGACAGGAGTATACAACAG...

CDS

下载 CDS FASTA

1839 bp · LXL04_029219|LXL04_029219|OH1004|CDS

CTGTACTTGCTCTTACAGACTTACACCCAAGGTGTTCGCATAAATATTAAGAACCACGGGAATCTCCTTTTCCATGAAACCTTTCTTCCATTATTCTACAGAATACTGCATTCCTCAACACCAATGGCGACCTTCTCCAAAACCCAATTAAATTACCCCCATTCTTCAACAAAAACTTCAAATTTTGAAATGTCAGAGAACCAATCCTTGTCCCACGACTGGTATTTTGAAGAGACAGGAGTATACAACAGCAGGCACCC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

612 aa · LXL04_029219|LXL04_029219|OH1004|PROTEIN

MYLLLQTYTQGVRINIKNHGNLLFHETFLPLFYRILHSSTPMATFSKTQLNYPHSSTKTSNFEMSENQSLSHDWYFEETGVYNSRHPRIDIPSDPFLDVVSCVFSHKHNGKTALIDAASGVSISYAELQPLVKSMASGLHHQMGVSKGDVVLILLPNSIYYPIILLGVLYLGAVVSTMNPFSSFSEIKKQTLGCHVTLAFTFPNKADELSSLGIESILVPENTKFDSNQFRFTPFYKLISSDHELVPRRTVTLDDTAAIL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_029219`
TK1151 ID	TkA07G286540
OH-1004 ID	LXL04_029219
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 99.512 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_029219

位置 Chr06:83980502-83983653 (+)

描述 Similar to 4CLL6: 4-coumarate--CoA ligase-like 6

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g19010`	通过启动其前体的 β-氧化链缩短，参与茉莉酸的生物合成。	The Origin and Biosynthesis of the Benzenoid Moiety of Ubiquinone (Coenzyme Q) in Arabidopsis.2014 · DOI: 10.1105/tpc.114.125807

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os08g0143300`	羧酸-CoA连接酶，可能以4-香豆酸为底物。	暂无已核实直接文献
`Os10g0578950`	羧酸-CoA连接酶，可能以4-香豆酸为底物。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_029219 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006744 ubiquinone biosynthetic process 生物过程

GO:0009698 phenylpropanoid metabolic process 生物过程

GO:0009753 response to jasmonic acid 生物过程

GO:0042617 paclitaxel biosynthetic process 生物过程

GO:0005777 peroxisome 细胞组分

GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0005524 ATP binding 分子功能

GO:0016207 4-coumarate-CoA ligase activity 分子功能

GO:0016405 CoA-ligase activity 分子功能

GO:0018859 4-hydroxybenzoate-CoA ligase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ag:AKA59704

ath:AT4G19010

dosa:Os08g0143300

osa:9269113

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

过氧化物酶体0.494

排名 1 · LXL04_029219 · OH-1004

细胞质0.165

排名 2 · LXL04_029219 · OH-1004

线粒体0.131

排名 3 · LXL04_029219 · OH-1004

质体0.115

排名 4 · LXL04_029219 · OH-1004

内质网0.095

排名 5 · LXL04_029219 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00501.35AMP-binding106-472 aa

PF13193.13AMP-binding_C524-598 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_029219	`PF00501.35`	AMP-binding	106	472	2.1e-85	287.5
LXL04_029219	`PF13193.13`	AMP-binding_C	524	598	7.2e-19	69.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q84P24`	拟南芥	4-coumarate--CoA ligase-like 6	60.374%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q6YYZ2`	水稻	4-coumarate--CoA ligase-like 3	52.095%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q336M7`	水稻	4-coumarate--CoA ligase-like 2	53.715%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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