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基因概览

LXL04_028287

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 36846412-36846975 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

564 bp · LXL04_028287|LXL04_028287|OH1004|cDNA

ATGCCAAACACCAATCGCAATCGTTATTCGGACACCCGTAATGATGCCACCGCCATTAACAGTTCAACACCCAAAAGCAAGCCAAAGCTGTTGTCAATCTTTCTTAAATTCATGGTTATGTCCCTAATTATCTCTCTCTTCCTTATCTTCGTCGGCCTGGCTGCCATCCTCCTACTCCACATCCTCATTTTCGGCTCCTTCCTTCACCGCCGCCGCCGCCAACACGCTACCCCACCACCCACCTCCTCCTCTTACTCTCG...

CDS

下载 CDS FASTA

564 bp · LXL04_028287|LXL04_028287|OH1004|CDS

ATGCCAAACACCAATCGCAATCGTTATTCGGACACCCGTAATGATGCCACCGCCATTAACAGTTCAACACCCAAAAGCAAGCCAAAGCTGTTGTCAATCTTTCTTAAATTCATGGTTATGTCCCTAATTATCTCTCTCTTCCTTATCTTCGTCGGCCTGGCTGCCATCCTCCTACTCCACATCCTCATTTTCGGCTCCTTCCTTCACCGCCGCCGCCGCCAACACGCTACCCCACCACCCACCTCCTCCTCTTACTCTCG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

187 aa · LXL04_028287|LXL04_028287|OH1004|PROTEIN

MPNTNRNRYSDTRNDATAINSSTPKSKPKLLSIFLKFMVMSLIISLFLIFVGLAAILLLHILIFGSFLHRRRRQHATPPPTSSSYSRIDLQNNLPSFRYSTAASGSPDCSICLECFSEGDLCRELPVCNHVFHVHCVDSWLTKVPNCPVCRTTVRLEVDRPSDMIVSDDDYKFLWVVGVGRQGVVNY

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_028287`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_028287

位置 Chr06:36846412-36846975 (-)

描述 Similar to ATL56: RING-H2 finger protein ATL56

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g18670`	RING-H2 指状蛋白 ATL56。	暂无已核实直接文献
`At3g18930`	RING-H2 指蛋白 ATL65。	暂无已核实直接文献
`At4g30370`	RING-H2 指蛋白 ATL14。	暂无已核实直接文献
`At4g28890`	E3 泛素蛋白连接酶，能够与泛素结合酶 E2 UBC8 在体外催化多泛素化反应。	暂无已核实直接文献
`At2g42360`	E3泛素蛋白连接酶，能够与泛素结合酶E2 UBC8、UBC10、UBC11、UBC28、UBC29、UBC30、UBC35和UBC36在体外催化多泛素化反应。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_028287 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0071456 cellular response to hypoxia 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0031982 vesicle 细胞组分

GO:0004842 ubiquitin-protein transferase activity 分子功能

GO:0008270 zinc ion binding 分子功能

GO:0061630 ubiquitin protein ligase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G18670

ath:AT2G42360

ath:AT3G18930

ath:AT4G28890

ath:AT4G30370

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.322

排名 1 · LXL04_028287 · OH-1004

内质网0.262

排名 2 · LXL04_028287 · OH-1004

溶酶体／液泡0.197

排名 3 · LXL04_028287 · OH-1004

细胞核0.195

排名 4 · LXL04_028287 · OH-1004

细胞质0.173

排名 5 · LXL04_028287 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13639.13zf-RING_2108-151 aa

PF17123.12zf-RING_11108-137 aa

PF12678.14zf-rbx1111-151 aa

PF12861.14zf-ANAPC11111-156 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_028287	`PF13639.13`	zf-RING_2	108	151	1.4e-11	45.1
LXL04_028287	`PF17123.12`	zf-RING_11	108	137	1.4e-07	31.8
LXL04_028287	`PF12678.14`	zf-rbx1	111	151	5.8e-09	36.8
LXL04_028287	`PF12861.14`	zf-ANAPC11	111	156	7.3e-06	26.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9ZV51`	拟南芥	RING-H2 finger protein ATL56	37.349%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q67YI6`	拟南芥	RING-H2 finger protein ATL65	45.455%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9M0C3`	拟南芥	RING-H2 finger protein ATL14	48.611%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q5XF85`	拟南芥	E3 ubiquitin-protein ligase ATL42	40.698%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9SLC3`	拟南芥	E3 ubiquitin-protein ligase ATL41	47.692%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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