LXL04_027978 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_027978

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 28053637-28056872 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1725 bp · LXL04_027978|LXL04_027978|OH1004|cDNA

ATGGAAATAGGTGAAGGCGGGTTGGATTCAAATTTCCCTCCGAAACAAAATCAATCGGACGCGGCGGAGGTAACGACGGCATCACCGATGGATTTACCGGCTGCAAAACGGCAACTCGATTTCAACAGCGTTGGTGGTAGTGCACTGCCGCCGGCGCCGCCGGCGAGGGCTCAACAGATTTTGCCGGAGCACCCTCAACGGCCGGTTGTTGTACAGGCTCAATACCCAACGCCGCAGCCTCCACTACATCCAAAACACTC...

CDS

下载 CDS FASTA

1725 bp · LXL04_027978|LXL04_027978|OH1004|CDS

ATGGAAATAGGTGAAGGCGGGTTGGATTCAAATTTCCCTCCGAAACAAAATCAATCGGACGCGGCGGAGGTAACGACGGCATCACCGATGGATTTACCGGCTGCAAAACGGCAACTCGATTTCAACAGCGTTGGTGGTAGTGCACTGCCGCCGGCGCCGCCGGCGAGGGCTCAACAGATTTTGCCGGAGCACCCTCAACGGCCGGTTGTTGTACAGGCTCAATACCCAACGCCGCAGCCTCCACTACATCCAAAACACTC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

574 aa · LXL04_027978|LXL04_027978|OH1004|PROTEIN

MEIGEGGLDSNFPPKQNQSDAAEVTTASPMDLPAAKRQLDFNSVGGSALPPAPPARAQQILPEHPQRPVVVQAQYPTPQPPLHPKHSPLQQQPLRPIKAESPKARPRQNVEGKDGTPKKQKQCNCKHSKCLKLYCECFASGTYCDGCNCVNCHNNVENEPARRDAVEATLERNPDAFRPKIASSPHGNRDKREEAGGKHNKGCNCKKSGCLKKYCECFQANILCSEMCRCMDCKNFDGSEERQALFHGDCGSHISHLQLA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_027978`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_027978

位置 Chr06:28053637-28056872 (+)

描述 Similar to TCX5: Protein tesmin/TSO1-like CXC 5

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g29000`	在雄性和雌性生殖组织的发育中发挥作用。	暂无已核实直接文献
`At2g20110`	在雄性和雌性生殖组织的发育中发挥作用。	暂无已核实直接文献
`At5g25790`	在雄性和雌性生殖组织的发育中发挥作用。	暂无已核实直接文献
`At3g16160`	在雄性和雌性生殖组织的发育中发挥作用。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_027978 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000122 negative regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0007283 spermatogenesis 生物过程

GO:0007307 eggshell chorion gene amplification 生物过程

GO:0045892 negative regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0045944 positive regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0000785 chromatin 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0031523 Myb complex 细胞组分

GO:0070176 DRM complex 细胞组分

GO:0000987 cis-regulatory region sequence-specific DNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G20110

ath:AT3G16160

ath:AT4G29000

ath:AT5G25790

dme:Dmel_CG6061

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.976

排名 1 · LXL04_027978 · OH-1004

细胞质0.083

排名 2 · LXL04_027978 · OH-1004

细胞膜0.023

排名 3 · LXL04_027978 · OH-1004

内质网0.012

排名 4 · LXL04_027978 · OH-1004

质体0.010

排名 5 · LXL04_027978 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03638.22TCR120-155 aa

PF03638.22TCR201-235 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_027978	`PF03638.22`	TCR	120	155	3e-24	85.7
LXL04_027978	`PF03638.22`	TCR	201	235	3e-24	85.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SZD1`	拟南芥	Protein tesmin/TSO1-like CXC 5	53.016%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9SL70`	拟南芥	Protein tesmin/TSO1-like CXC 6	49.133%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`F4JY84`	拟南芥	Protein tesmin/TSO1-like CXC 7	42.227%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q700D0`	拟南芥	Protein tesmin/TSO1-like CXC 8	31.961%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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