LXL04_027923 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_027923

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 26666387-26673868 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

4641 bp · LXL04_027923|LXL04_027923|OH1004|cDNA

ATGGGAAACAAGATCGCACGAACGACGCAAGCTTCGGCTACCGAGTATTACCTTCACGACTTACCATCTTCGTACAACTTGGTACTAAAAGAGGTGTTGGGAAGAGCACGGTTCCTGAAATCCATTCAGTGTAAGCATGACGAAGGATTGGTTTTAGTCAAGGTTTATTTCAAACGTGGTGACTCGATTGATCTTCGGGACTATGAGCGGCGATTATCTCAGATTCGTGAGATCTTTAGCCGTATGGAGAATTCTCACGT...

CDS

下载 CDS FASTA

4641 bp · LXL04_027923|LXL04_027923|OH1004|CDS

ATGGGAAACAAGATCGCACGAACGACGCAAGCTTCGGCTACCGAGTATTACCTTCACGACTTACCATCTTCGTACAACTTGGTACTAAAAGAGGTGTTGGGAAGAGCACGGTTCCTGAAATCCATTCAGTGTAAGCATGACGAAGGATTGGTTTTAGTCAAGGTTTATTTCAAACGTGGTGACTCGATTGATCTTCGGGACTATGAGCGGCGATTATCTCAGATTCGTGAGATCTTTAGCCGTATGGAGAATTCTCACGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1546 aa · LXL04_027923|LXL04_027923|OH1004|PROTEIN

MGNKIARTTQASATEYYLHDLPSSYNLVLKEVLGRARFLKSIQCKHDEGLVLVKVYFKRGDSIDLRDYERRLSQIREIFSRMENSHVWPFQFWLETDKAAYLLRQYFFNNLHDRLSTRPFLSLVEKKWLAFQLLYAVKQSHDYGVCHGDIKCENVLVTSWNWLYLADFASFKPTYIPHDDPSDFSFFFDTGGRRRCYLAPERFYEHGGEIQVSQDAPLRPSMDIFAVGCVIAELFLEGQPLFELSQLLAYRRGQFDPSQH...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_027923`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_027923

位置 Chr06:26666387-26673868 (+)

描述 Similar to VPS15: Serine/threonine-protein kinase VPS15

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g29380`	作为自噬特异性 VPS34 PI3-激酶复合物 I 的一部分，需要进行细胞质到液泡运输 (Cvt) 和自噬的丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶 (通过相似性)。	Arabidopsis AtVPS15 is essential for pollen development and germination through modulating phosphatidylinositol 3-phosphate formation.2011 · DOI: 10.1007/s11103-011-9806-9 Arabidopsis AtVPS15 plays essential roles in pollen germination possibly by interacting with AtVPS34.2012 · DOI: 10.1016/j.jgg.2012.01.002

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_027923 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000011 vacuole inheritance 生物过程

GO:0000425 pexophagy 生物过程

GO:0006623 protein targeting to vacuole 生物过程

GO:0006914 autophagy 生物过程

GO:0009555 pollen development 生物过程

GO:0009846 pollen germination 生物过程

GO:0016236 macroautophagy 生物过程

GO:0023052 signaling 生物过程

GO:0032968 positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II 生物过程

GO:0042147 retrograde transport, endosome to Golgi 生物过程

GO:0045053 protein retention in Golgi apparatus 生物过程

GO:0045324 late endosome to vacuole transport 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G29380

sce:YBR097W

spo:2539996

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.494

排名 1 · LXL04_027923 · OH-1004

细胞核0.254

排名 2 · LXL04_027923 · OH-1004

高尔基体0.180

排名 3 · LXL04_027923 · OH-1004

溶酶体／液泡0.130

排名 4 · LXL04_027923 · OH-1004

细胞膜0.107

排名 5 · LXL04_027923 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00069.32Pkinase30-293 aa

PF22956.3PIK3R4-like_middle452-811 aa

PF02985.29HEAT492-520 aa

PF23381.2Beta-prop_IFT122_1st1062-1111 aa

PF25175.2Beta-prop_WDR51063-1151 aa

PF24814.2WD40_Prp191063-1264 aa

PF20426.5NBCH_WD401063-1252 aa

PF00400.39WD401064-1101 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_027923	`PF00069.32`	Pkinase	30	293	5.6e-19	69.3
LXL04_027923	`PF22956.3`	PIK3R4-like_middle	452	811	4.9e-123	411.1
LXL04_027923	`PF02985.29`	HEAT	492	520	1.6e-08	34.8
LXL04_027923	`PF23381.2`	Beta-prop_IFT122_1st	1062	1111	6.9e-16	59.1
LXL04_027923	`PF25175.2`	Beta-prop_WDR5	1063	1151	2.5e-16	60.6
LXL04_027923	`PF24814.2`	WD40_Prp19	1063	1264	7e-15	55.5
LXL04_027923	`PF20426.5`	NBCH_WD40	1063	1252	1.7e-07	31.1
LXL04_027923	`PF00400.39`	WD40	1064	1101	2.4e-22	79.1
LXL04_027923	`PF24805.2`	EIF3I	1065	1112	3.8e-07	30.3
LXL04_027923	`PF25173.2`	Beta-prop_WDR3_1st	1066	1102	1.9e-14	54.5
LXL04_027923	`PF24796.2`	WDR55	1066	1152	2.8e-12	47.0
LXL04_027923	`PF24807.2`	WD40_CDC20-Fz	1066	1112	1.6e-10	41.5
LXL04_027923	`PF25168.2`	Beta-prop_WDR36-Utp21_2nd	1066	1101	1.4e-08	35.1
LXL04_027923	`PF25174.2`	Beta-prop_THOC3	1067	1262	8.2e-16	58.5
LXL04_027923	`PF24817.2`	WD40_WDHD1_1st	1074	1274	2.8e-15	57.0
LXL04_027923	`PF23342.2`	WDR90_beta-prop_4th	1076	1152	1.1e-07	32.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9M0E5`	拟南芥	Serine/threonine-protein kinase VPS15	64.771%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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