LXL04_027599 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_027599

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 19906827-19912336 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3270 bp · LXL04_027599|LXL04_027599|OH1004|cDNA

ATGAGTACGTATAATTACGTTGTCACGGCTCATAAGCCAACGAATGTCACTCATTCCTGCGTCGGCAATTTCACTGGTCCGCAAGAACTCAATCTTATTATCGCGAAATGTACCCGTATCGAGATTCATTTACTTACTCCACAAGGCCTGCAGCCTATGTTGGATGTGCCAATATACGGAAGAATTGCAACTTTAGAACTTTTCCGACCTCACGGTGAAACACAAGACGTTCTGTTTATTGCAACAGAAAGGTACAAGTT...

CDS

下载 CDS FASTA

3270 bp · LXL04_027599|LXL04_027599|OH1004|CDS

ATGAGTACGTATAATTACGTTGTCACGGCTCATAAGCCAACGAATGTCACTCATTCCTGCGTCGGCAATTTCACTGGTCCGCAAGAACTCAATCTTATTATCGCGAAATGTACCCGTATCGAGATTCATTTACTTACTCCACAAGGCCTGCAGCCTATGTTGGATGTGCCAATATACGGAAGAATTGCAACTTTAGAACTTTTCCGACCTCACGGTGAAACACAAGACGTTCTGTTTATTGCAACAGAAAGGTACAAGTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1089 aa · LXL04_027599|LXL04_027599|OH1004|PROTEIN

MSTYNYVVTAHKPTNVTHSCVGNFTGPQELNLIIAKCTRIEIHLLTPQGLQPMLDVPIYGRIATLELFRPHGETQDVLFIATERYKFCVLQWDAEANEVNTRAMGDVSDRIGRPTDNGQIGIIDPDCRLIGLHLYDGLFKVIPFDNKGQLKEAFNIRLEELQVLDIKFLYGCPKPTIVVLYQDNKDARHVKTYEVSLKDKDFVEGPWSQNNLDNGADLLIPVPPPFCGVLIIGEETIVYCSASAFKAIPIRPSITRAYGR...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_027599`
TK1151 ID	TkA07G077460
OH-1004 ID	LXL04_027599
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_027599

位置 Chr06:19906827-19912336 (+)

描述 Similar to DDB1: DNA damage-binding protein 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g05420`	光信号传导机械部件。	Regulation and role of Arabidopsis CUL4-DDB1A-DDB2 in maintaining genome integrity upon UV stress.2008 · DOI: 10.1371/journal.pgen.1000093
`At4g21100`	光信号传导机械部件。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os05g0592400`	参与DNA修复所必需。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_027599 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006281 DNA repair 生物过程

GO:0009585 red, far-red light phototransduction 生物过程

GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0045892 negative regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0080008 Cul4-RING E3 ubiquitin ligase complex 细胞组分

GO:0003676 nucleic acid binding 分子功能

GO:0003677 DNA binding 分子功能

GO:0003684 damaged DNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G05420

ath:AT4G21100

dosa:Os05g0592400

osa:4339794

sly:778355

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.578

排名 1 · LXL04_027599 · OH-1004

细胞质0.444

排名 2 · LXL04_027599 · OH-1004

溶酶体／液泡0.075

排名 3 · LXL04_027599 · OH-1004

内质网0.060

排名 4 · LXL04_027599 · OH-1004

高尔基体0.060

排名 5 · LXL04_027599 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF10433.16Beta-prop_RSE1_1st16-344 aa

PF23726.2Beta-prop_RSE1_2nd389-698 aa

PF03178.22CPSF_A746-1058 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_027599	`PF10433.16`	Beta-prop_RSE1_1st	16	344	5.4e-82	276.3
LXL04_027599	`PF23726.2`	Beta-prop_RSE1_2nd	389	698	7.2e-67	226.8
LXL04_027599	`PF03178.22`	CPSF_A	746	1058	8.6e-82	275.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9M0V3`	拟南芥	DNA damage-binding protein 1a	88.705%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`O49552`	拟南芥	DNA damage-binding protein 1b	85.308%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q6L4S0`	水稻	DNA damage-binding protein 1	82.661%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情