LXL04_027565 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_027565

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 19074608-19076585 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1266 bp · LXL04_027565|LXL04_027565|OH1004|cDNA

ATGGCAGGAAACGCAGGTCCATCAACGGTTTGTGAGCAAGGTAATATCACACTCCAATGTCCTAAATTGACCGAAACCAACTATCCTTCATGGTCAATCTTGGTTGAAACGGTATTGAGAGCACATGGCCTTTGGAAGACGGTAACCGGAGAAGATGAGGACGAGAAAAGAAACTATACCACAAAAGCAGTAATTTATCCAACCCTCCCCGAAGATGTTCTTTTGCAAATGGCTAAATACAAGAATGCGGAAGAAGTTTG...

CDS

下载 CDS FASTA

1266 bp · LXL04_027565|LXL04_027565|OH1004|CDS

ATGGCAGGAAACGCAGGTCCATCAACGGTTTGTGAGCAAGGTAATATCACACTCCAATGTCCTAAATTGACCGAAACCAACTATCCTTCATGGTCAATCTTGGTTGAAACGGTATTGAGAGCACATGGCCTTTGGAAGACGGTAACCGGAGAAGATGAGGACGAGAAAAGAAACTATACCACAAAAGCAGTAATTTATCCAACCCTCCCCGAAGATGTTCTTTTGCAAATGGCTAAATACAAGAATGCGGAAGAAGTTTG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

421 aa · LXL04_027565|LXL04_027565|OH1004|PROTEIN

MAGNAGPSTVCEQGNITLQCPKLTETNYPSWSILVETVLRAHGLWKTVTGEDEDEKRNYTTKAVIYPTLPEDVLLQMAKYKNAEEVWESIRIRYLGTDRVQKARLQTLSGDLERLKMKDNETIDDFSGKLGAIVEKFKSLGSCLDEEMAVRKFLNSVPHKYLPFVASIEQYSDLETMSLEEAVGRLKAYEDRLKIHDESNEERGQHGQLLLSNGEHDDRQYGRGRGRGFGRGERGRGRGSGRADNLTNSSKLKSLCLTNC...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_027565`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_027565

位置 Chr06:19074608-19076585 (-)

描述 Similar to FBL23: Putative F-box/LRR-repeat protein 23

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g05500`	推定 F-box/LRR 重复蛋白 23。	暂无已核实直接文献
`At4g05460`	SCF(ASK-cullin-F-box) E3 泛素连接酶复合物的组成部分，可能介导靶蛋白的泛素化和随后的蛋白酶体降解。	暂无已核实直接文献
`At4g05490`	推测的 F-盒/LRR 重复蛋白 22。	暂无已核实直接文献
`At4g05470`	假定F-box/LRR重复蛋白21。	暂无已核实直接文献
`At4g05475`	假定F-box蛋白At4g05475。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_027565 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:1905761 SCF ubiquitin ligase complex binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G05460

ath:AT4G05490

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.554

排名 1 · LXL04_027565 · OH-1004

细胞核0.446

排名 2 · LXL04_027565 · OH-1004

内质网0.064

排名 3 · LXL04_027565 · OH-1004

细胞膜0.056

排名 4 · LXL04_027565 · OH-1004

线粒体0.045

排名 5 · LXL04_027565 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13961.13DUF421923-48 aa

PF14223.15Retrotran_gag_235-194 aa

PF24758.2LRR_At5g56370245-312 aa

PF24758.2LRR_At5g56370322-368 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_027565	`PF13961.13`	DUF4219	23	48	5.9e-07	29.8
LXL04_027565	`PF14223.15`	Retrotran_gag_2	35	194	3.2e-23	83.0
LXL04_027565	`PF24758.2`	LRR_At5g56370	245	312	6.3e-13	49.6
LXL04_027565	`PF24758.2`	LRR_At5g56370	322	368	6.3e-13	49.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9S9V9`	拟南芥	Putative F-box/LRR-repeat protein 23	46.099%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9M0U9`	拟南芥	F-box protein SKIP19	34.637%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9M0U6`	拟南芥	Putative F-box/LRR-repeat protein 22	37.288%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9M0U8`	拟南芥	Putative F-box/LRR-repeat protein 21	35.256%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9M0U7`	拟南芥	Putative F-box protein At4g05475	38.686%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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