LXL04_027530 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_027530

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 18267476-18271004 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1245 bp · LXL04_027530|LXL04_027530|OH1004|cDNA

ATGGCCGATGAACCTTCAATCACTCGCTGGTCGTTCCAGGATTTTAAGATGTTTTATGATATTAAGTTTGGGAGGAAAAAGGAATCTACACCAAAAGATGCTGCTGCAAATGGTCAACAGCCTAATGGTCAACCTTCAAGTAATGGAAACTCATCAAATGGAACATCAAATGGAAATGGTCACCCAAATAACACAGCTGAATTGTCTATATATGAGCAGTACAGACAGGCAAGAGAGAATTCAACAGCCAATGGGGTTAC...

CDS

下载 CDS FASTA

1245 bp · LXL04_027530|LXL04_027530|OH1004|CDS

ATGGCCGATGAACCTTCAATCACTCGCTGGTCGTTCCAGGATTTTAAGATGTTTTATGATATTAAGTTTGGGAGGAAAAAGGAATCTACACCAAAAGATGCTGCTGCAAATGGTCAACAGCCTAATGGTCAACCTTCAAGTAATGGAAACTCATCAAATGGAACATCAAATGGAAATGGTCACCCAAATAACACAGCTGAATTGTCTATATATGAGCAGTACAGACAGGCAAGAGAGAATTCAACAGCCAATGGGGTTAC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

414 aa · LXL04_027530|LXL04_027530|OH1004|PROTEIN

MADEPSITRWSFQDFKMFYDIKFGRKKESTPKDAAANGQQPNGQPSSNGNSSNGTSNGNGHPNNTAELSIYEQYRQARENSTANGVTLPDAEKPKKSLLPAFESAEMRTLAESLSRDIIRGSPDVKWESIKGLENAKRLLKEAVVMPIKYPKYFTGLLSPWKGILLFGPPGTGKTMLAKAVATECNTTFFNISASSIVSKWRGDSEKLVKVLFELARHHAPSTIFLDEIDAIISQRGESRSEHESSRRLKTELLIQMDGL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_027530`
TK1151 ID	TkA07G071270
OH-1004 ID	LXL04_027530
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	99.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 74.396 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_027530

位置 Chr06:18267476-18271004 (-)

描述 Similar to katnal2: Katanin p60 ATPase-containing subunit A-like 2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g80350`	以 ATP 依赖性方式在体外切断微管。	BOTERO1 is required for normal orientation of cortical microtubules and anisotropic cell expansion in Arabidopsis.2001 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.2001.00946.x Cell specification in the Arabidopsis root epidermis requires the activity of ECTOPIC ROOT HAIR 3--a katanin-p60 protein.2002 · DOI: 10.1242/dev.129.1.123 The Arabidopsis lue1 mutant defines a katanin p60 ortholog involved in hormonal control of microtubule orientation during cell growth.2003 · DOI: 10.1242/jcs.00274 KTN80 confers precision to microtubule severing by specific targeting of katanin complexes in plant cells.2017 · DOI: 10.15252/embj.201796823

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_027530 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000212 meiotic spindle organization 生物过程

GO:0000226 microtubule cytoskeleton organization 生物过程

GO:0009825 multidimensional cell growth 生物过程

GO:0009832 plant-type cell wall biogenesis 生物过程

GO:0010091 trichome branching 生物过程

GO:0010154 fruit development 生物过程

GO:0031122 cytoplasmic microtubule organization 生物过程

GO:0043622 cortical microtubule organization 生物过程

GO:0051013 microtubule severing 生物过程

GO:0051211 anisotropic cell growth 生物过程

GO:0090436 leaf pavement cell development 生物过程

GO:0000922 spindle pole 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G80350

hsa:83473

mmu:71206

xla:734847

xtr:100036615

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.561

排名 1 · LXL04_027530 · OH-1004

细胞核0.366

排名 2 · LXL04_027530 · OH-1004

线粒体0.107

排名 3 · LXL04_027530 · OH-1004

细胞膜0.086

排名 4 · LXL04_027530 · OH-1004

内质网0.065

排名 5 · LXL04_027530 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00004.36AAA164-295 aa

PF05496.19RuvB_N164-233 aa

PF17862.8AAA_lid_3327-365 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_027530	`PF00004.36`	AAA	164	295	1.8e-41	142.4
LXL04_027530	`PF05496.19`	RuvB_N	164	233	5.8e-06	26.9
LXL04_027530	`PF17862.8`	AAA_lid_3	327	365	1.2e-13	51.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SEX2`	拟南芥	Katanin p60 ATPase-containing subunit A1	40.952%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情