LXL04_027406 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_027406

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 15028870-15031323 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

678 bp · LXL04_027406|LXL04_027406|OH1004|cDNA

ATGCAACTCTTTGGAAGTTCTGAGATCAGTCCATCTCTGCTGGTACTGACGGCATCATGCAACAATACACACATGATGTATGTGTTGAATAGAAACGACGTTTGTTTGATTTACAGGGAGTGGAATCGCCCTCTTCGTGCCCTCTATTCCAAGCAGGATCATAAGCTCATGTTTGGTGTCCTTTTCTCTCTCAAATCCCTAACCGCAAAGATGGATCCATCTAGGTTTGGTTCAACTTTGTGTCCTGATTATCTCTCACT...

CDS

下载 CDS FASTA

678 bp · LXL04_027406|LXL04_027406|OH1004|CDS

ATGCAACTCTTTGGAAGTTCTGAGATCAGTCCATCTCTGCTGGTACTGACGGCATCATGCAACAATACACACATGATGTATGTGTTGAATAGAAACGACGTTTGTTTGATTTACAGGGAGTGGAATCGCCCTCTTCGTGCCCTCTATTCCAAGCAGGATCATAAGCTCATGTTTGGTGTCCTTTTCTCTCTCAAATCCCTAACCGCAAAGATGGATCCATCTAGGTTTGGTTCAACTTTGTGTCCTGATTATCTCTCACT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

225 aa · LXL04_027406|LXL04_027406|OH1004|PROTEIN

MQLFGSSEISPSLLVLTASCNNTHMMYVLNRNDVCLIYREWNRPLRALYSKQDHKLMFGVLFSLKSLTAKMDPSRFGSTLCPDYLSLLLKHMTDPLKTLPKDEGVEKVVEFMDAYSINQEDFELQISFLSMLLLDVIPINVNGGDDLGFWIFVISHNNKMEGLKRTIESYSDLRAELLPRKEGPSKAAVFLGNGTEDMTRRTALSVASSWNYAVNNLKAISSGND

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_027406`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_027406

位置 Chr06:15028870-15031323 (-)

描述 Similar to RFC1: Replication factor C subunit 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g22010`	发挥转录基因沉默、DNA 复制、DNA 修复、超敏反应和端粒长度调节介体的作用。	Arabidopsis replication factor C subunit 1 plays an important role in embryogenesis.2007 · PMID: 17556804 DNA replication factor C1 mediates genomic stability and transcriptional gene silencing in Arabidopsis.2010 · DOI: 10.1105/tpc.110.076349 Replication factor C1 (RFC1) is required for double-strand break repair during meiotic homologous recombination in Arabidopsis.2013 · DOI: 10.1111/tpj.12024 The DNA replication factor RFC1 is required for interference-sensitive meiotic crossovers in Arabidopsis thaliana.2012 · DOI: 10.1371/journal.pgen.1003039

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os11g0572100`	可能参与DNA复制，从而调节细胞增殖。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_027406 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000712 resolution of meiotic recombination intermediates 生物过程

GO:0006260 DNA replication 生物过程

GO:0006281 DNA repair 生物过程

GO:0006888 endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport 生物过程

GO:0006901 vesicle coating 生物过程

GO:0006974 DNA damage response 生物过程

GO:0040029 epigenetic regulation of gene expression 生物过程

GO:0048208 COPII vesicle coating 生物过程

GO:0051321 meiotic cell cycle 生物过程

GO:0099022 vesicle tethering 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G22010

dosa:Os11g0572100

hsa:58485

mmu:245828

rno:287427

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.331

排名 1 · LXL04_027406 · OH-1004

细胞核0.323

排名 2 · LXL04_027406 · OH-1004

线粒体0.183

排名 3 · LXL04_027406 · OH-1004

细胞膜0.118

排名 4 · LXL04_027406 · OH-1004

内质网0.098

排名 5 · LXL04_027406 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04099.19Sybindin24-79 aa

PF08519.18RFC178-124 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_027406	`PF04099.19`	Sybindin	24	79	1.3e-12	48.7
LXL04_027406	`PF08519.18`	RFC1	78	124	2.2e-07	31.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9C587`	拟南芥	Replication factor C subunit 1	64.444%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q2R2B4`	水稻	Replication factor C subunit 1	70.588%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情