LXL04_027238 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_027238

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 11532938-11540045 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1161 bp · LXL04_027238|LXL04_027238|OH1004|cDNA

ATGGCAATGGAATACGATAACTATATCACTGATGAATTTAAACCCGAGAAATCATCGCCCTGTTTTGACTGCAGTATCTGCCTCGACTTCGCTAAAGACCCTGTCGTGACTCTCTGCGGCCACCTCTATTGCTGGCCGTGTATCTACAAATGGCTAACTTTCCCCACCGATTCCGGCGACAATCCGCCATGCCCCGTCTGCAAATCCGAAATATCCCACACCTCCGTCGTCCCTCTTTACGGCCGCGGCAAAACATTCTC...

CDS

下载 CDS FASTA

1161 bp · LXL04_027238|LXL04_027238|OH1004|CDS

ATGGCAATGGAATACGATAACTATATCACTGATGAATTTAAACCCGAGAAATCATCGCCCTGTTTTGACTGCAGTATCTGCCTCGACTTCGCTAAAGACCCTGTCGTGACTCTCTGCGGCCACCTCTATTGCTGGCCGTGTATCTACAAATGGCTAACTTTCCCCACCGATTCCGGCGACAATCCGCCATGCCCCGTCTGCAAATCCGAAATATCCCACACCTCCGTCGTCCCTCTTTACGGCCGCGGCAAAACATTCTC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

386 aa · LXL04_027238|LXL04_027238|OH1004|PROTEIN

MAMEYDNYITDEFKPEKSSPCFDCSICLDFAKDPVVTLCGHLYCWPCIYKWLTFPTDSGDNPPCPVCKSEISHTSVVPLYGRGKTFSDNEPSGKAPNTTAVIPPRPHAALSSPPNSVRESPYGSYGEIVDAYDSNVGMYGEMIYARVFGNSQSLYTFPNSYHLAGKCKNEIPFIDSSYFKFFSLGVAKITSNPANFWLDLDMALVTTAEVCDANPQLIVSGELRALQPVLQIYGRRQVFSGPVVTLKVFEDNVLIREFLE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_027238`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_027238

位置 Chr06:11532938-11540045 (-)

描述 Similar to At3g02770: Putative 4-hydroxy-4-methyl-2-oxoglutarate aldolase 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g02770`	催化 4-羟基-4-甲基-2-氧代戊二酸（HMG）通过醛缩裂解生成 2 分子丙酮酸。	暂无已核实直接文献
`At5g16450`	催化 4-羟基-4-甲基-2-氧代戊二酸（HMG）通过醛缩裂解生成 2 分子丙酮酸。	暂无已核实直接文献
`At5g56260`	催化 4-羟基-4-甲基-2-氧代戊二酸（HMG）通过醛缩裂解生成 2 分子丙酮酸。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_027238 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0051252 regulation of RNA metabolic process 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009536 plastid 细胞组分

GO:0008428 ribonuclease inhibitor activity 分子功能

GO:0008948 oxaloacetate decarboxylase activity 分子功能

GO:0046872 metal ion binding 分子功能

GO:0047443 4-hydroxy-4-methyl-2-oxoglutarate aldolase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G02770

ath:AT5G16450

ath:AT5G56260

bmj:BMULJ_02024

bmu:Bmul_1223

reu:Reut_A1963

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.431

排名 1 · LXL04_027238 · OH-1004

细胞质0.414

排名 2 · LXL04_027238 · OH-1004

细胞膜0.118

排名 3 · LXL04_027238 · OH-1004

质体0.069

排名 4 · LXL04_027238 · OH-1004

内质网0.069

排名 5 · LXL04_027238 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13639.13zf-RING_223-68 aa

PF00097.32zf-C3HC424-67 aa

PF13923.13zf-C3HC4_224-67 aa

PF13445.13zf-RING_UBOX24-51 aa

PF13920.13zf-C3HC4_324-73 aa

PF24921.2RING_XB3-XBAT3124-72 aa

PF15227.13zf-C3HC4_424-67 aa

PF03737.22RraA-like207-360 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_027238	`PF13639.13`	zf-RING_2	23	68	2.4e-08	34.8
LXL04_027238	`PF00097.32`	zf-C3HC4	24	67	9.9e-11	42.0
LXL04_027238	`PF13923.13`	zf-C3HC4_2	24	67	1.3e-08	35.2
LXL04_027238	`PF13445.13`	zf-RING_UBOX	24	51	2.7e-08	34.4
LXL04_027238	`PF13920.13`	zf-C3HC4_3	24	73	8.7e-08	32.6
LXL04_027238	`PF24921.2`	RING_XB3-XBAT31	24	72	1.8e-07	31.8
LXL04_027238	`PF15227.13`	zf-C3HC4_4	24	67	6.2e-07	30.1
LXL04_027238	`PF03737.22`	RraA-like	207	360	3.4e-43	148.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9M8R9`	拟南芥	Putative 4-hydroxy-4-methyl-2-oxoglutarate aldolase 1	83.133%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9FFE0`	拟南芥	Putative 4-hydroxy-4-methyl-2-oxoglutarate aldolase 2	82.530%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9FH13`	拟南芥	Putative 4-hydroxy-4-methyl-2-oxoglutarate aldolase 3	70.482%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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