LXL04_026967 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_026967

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 6240581-6243122 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1938 bp · LXL04_026967|LXL04_026967|OH1004|cDNA

ATGGCATCGATTCATGCTACTCTAGCATCAGTTATGTGCAAAAACTCCAACCACTCGACCCTttcaaaaatttcaaaaacatctTTCCTGCCCGTTTTCGACATCACCACCGAAACTACCAACTTATGGAAAAAAGAATCACACATCACAGTTCCTCGAGCCACATTAACCTTCGACCCTCCATCATCAACAAACGTCCCAAAAACCAGTCAACGAAAAAACACAGTCGACCCATCTGCCCCAGATTTCCTTCCACTTCC...

CDS

下载 CDS FASTA

1938 bp · LXL04_026967|LXL04_026967|OH1004|CDS

ATGGCATCGATTCATGCTACTCTAGCATCAGTTATGTGCAAAAACTCCAACCACTCGACCCTTTCAAAAATTTCAAAAACATCTTTCCTGCCCGTTTTCGACATCACCACCGAAACTACCAACTTATGGAAAAAAGAATCACACATCACAGTTCCTCGAGCCACATTAACCTTCGACCCTCCATCATCAACAAACGTCCCAAAAACCAGTCAACGAAAAAACACAGTCGACCCATCTGCCCCAGATTTCCTTCCACTTCC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

645 aa · LXL04_026967|LXL04_026967|OH1004|PROTEIN

MASIHATLASVMCKNSNHSTLSKISKTSFLPVFDITTETTNLWKKESHITVPRATLTFDPPSSTNVPKTSQRKNTVDPSAPDFLPLPSFEQCFPQSTKEYTEIIHEGSGNILKVPFRRVHLSGDEPHFDTYDTSGPQNISPQIGIPKLRKEWIESREKSNPPRYTQMYFAKQGIVTEEMVYCATRENLDPEFVRSEVARGRAIIPSNKRHLELEPMIVGRNFLVKVNANIGNSAVVSSIEEEVHKLQWATMWGADTIMDL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_026967`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_026967

位置 Chr06:6240581-6243122 (-)

描述 Similar to THIC: Phosphomethylpyrimidine synthase, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g29630`	在自由基 S-腺苷-L-甲硫氨酸依赖性反应中催化氨基咪唑核苷合成硫胺素的羟甲基嘧啶磷酸部分。	Vitamin B1 biosynthesis in plants requires the essential iron sulfur cluster protein, THIC.2007 · DOI: 10.1073/pnas.0709597104 AtTHIC, a gene involved in thiamine biosynthesis in Arabidopsis thaliana.2008 · DOI: 10.1038/cr.2008.35

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_026967 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009228 thiamine biosynthetic process 生物过程

GO:0009229 thiamine diphosphate biosynthetic process 生物过程

GO:0010266 response to vitamin B1 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009536 plastid 细胞组分

GO:0009570 chloroplast stroma 细胞组分

GO:0008270 zinc ion binding 分子功能

GO:0019904 protein domain specific binding 分子功能

GO:0046872 metal ion binding 分子功能

GO:0051536 iron-sulfur cluster binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G29630

bcy:Bcer98_3762

bha:BH1933

pmy:Pmen_0609

psa:PST_3816

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.591

排名 1 · LXL04_026967 · OH-1004

质体0.206

排名 2 · LXL04_026967 · OH-1004

细胞质0.171

排名 3 · LXL04_026967 · OH-1004

细胞核0.076

排名 4 · LXL04_026967 · OH-1004

过氧化物酶体0.041

排名 5 · LXL04_026967 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13667.12ThiC-associated93-158 aa

PF01964.25ThiC_Rad_SAM165-585 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_026967	`PF13667.12`	ThiC-associated	93	158	4.9e-06	27.0
LXL04_026967	`PF01964.25`	ThiC_Rad_SAM	165	585	3.8e-182	606.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O82392`	拟南芥	Phosphomethylpyrimidine synthase, chloroplastic	83.876%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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