LXL04_026947 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_026947

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 5736442-5739492 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1410 bp · LXL04_026947|LXL04_026947|OH1004|cDNA

ATGGGTTCCAGCAGTAGTCGATTGGGGTCGGATCGCTCTTCAAATCCCTCACGATTGAATCGAACAAAACGGAAGCTCTCTTCAATTCTACTGTGCGGTCACAGTCACACCTCCAATTCCAATTCTCCTACGTCTGCGTTAGTGTTGGAATCACCAACAAGCTCTATAGAAAACCTTCCTCCTGCTAGCATCGAATCCATAACATCTGCAGGTGTGTCTACTTCCTTCTTTGATTCCGACCGTGTTTGCACAAGTTCCAA...

CDS

下载 CDS FASTA

1410 bp · LXL04_026947|LXL04_026947|OH1004|CDS

ATGGGTTCCAGCAGTAGTCGATTGGGGTCGGATCGCTCTTCAAATCCCTCACGATTGAATCGAACAAAACGGAAGCTCTCTTCAATTCTACTGTGCGGTCACAGTCACACCTCCAATTCCAATTCTCCTACGTCTGCGTTAGTGTTGGAATCACCAACAAGCTCTATAGAAAACCTTCCTCCTGCTAGCATCGAATCCATAACATCTGCAGGTGTGTCTACTTCCTTCTTTGATTCCGACCGTGTTTGCACAAGTTCCAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

469 aa · LXL04_026947|LXL04_026947|OH1004|PROTEIN

MGSSSSRLGSDRSSNPSRLNRTKRKLSSILLCGHSHTSNSNSPTSALVLESPTSSIENLPPASIESITSAGVSTSFFDSDRVCTSSKTSESEPESCNSSSKNAALNPINSSQDDKASTSYNGQPSQEPITGNHRPESESELELELESVSPINERAPVNFTPITSIEENIDSDSGRNQNETVRNPDSDTRALLVLSDSFLSLRIFGSGIGIASSGSGVSSSDSDPDVISGRILVVNTGNGGSERRNGGRLFGDTSARRGSR...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_026947`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_026947

位置 Chr06:5736442-5739492 (-)

描述 Similar to RLIM: E3 ubiquitin-protein ligase RLIM

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

当前来源表未检出该物种的同源命中。

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os08g0104300`	参与液泡蛋白运输。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_026947 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000122 negative regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0000209 protein polyubiquitination 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0015031 protein transport 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0031669 cellular response to nutrient levels 生物过程

GO:0032418 lysosome localization 生物过程

GO:0034198 cellular response to amino acid starvation 生物过程

GO:0035519 protein K29-linked ubiquitination 生物过程

GO:0045786 negative regulation of cell cycle 生物过程

GO:0045892 negative regulation of DNA-templated transcription 生物过程

KEGG 基因交叉引用

dosa:Os08g0104300

hsa:26001

hsa:51132

mmu:19820

mmu:70510

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.464

排名 1 · LXL04_026947 · OH-1004

细胞核0.365

排名 2 · LXL04_026947 · OH-1004

细胞膜0.188

排名 3 · LXL04_026947 · OH-1004

内质网0.076

排名 4 · LXL04_026947 · OH-1004

溶酶体／液泡0.074

排名 5 · LXL04_026947 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13639.13zf-RING_2404-448 aa

PF17123.12zf-RING_11405-433 aa

PF12678.14zf-rbx1405-448 aa

PF13923.13zf-C3HC4_2405-447 aa

PF00097.32zf-C3HC4406-447 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_026947	`PF13639.13`	zf-RING_2	404	448	4.6e-13	49.9
LXL04_026947	`PF17123.12`	zf-RING_11	405	433	2.1e-09	37.6
LXL04_026947	`PF12678.14`	zf-rbx1	405	448	1.3e-07	32.4
LXL04_026947	`PF13923.13`	zf-C3HC4_2	405	447	3.5e-07	30.6
LXL04_026947	`PF00097.32`	zf-C3HC4	406	447	6.8e-08	33.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q69U49`	水稻	Receptor homology region, transmembrane domain- and RING domain-containing protein 2	46.970%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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