LXL04_026609 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_026609

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 129463362-129467876 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3642 bp · LXL04_026609|LXL04_026609|OH1004|cDNA

ATGGCTTCAAATCCTCCATTTCAGGTGGAGGATACTGATGAAGATTTCTTTGATAAATTGgtcaatgatgatgatgatgattataAGTTGGGTCCATTATCCTCAGAGACGACCAAAATAGCTGATGGGAACGATTCTGATGATGCTAAAGCTTTTGCTAATTTAGGTATCAGTGATGTTGCAACTGTACTTGAAGATTTGGGGAAAGTAGGTGcaggggaagaagaagaagcgaTTAATGGGGATGCCAAGCATACGTC...

CDS

下载 CDS FASTA

3642 bp · LXL04_026609|LXL04_026609|OH1004|CDS

ATGGCTTCAAATCCTCCATTTCAGGTGGAGGATACTGATGAAGATTTCTTTGATAAATTGGTCAATGATGATGATGATGATTATAAGTTGGGTCCATTATCCTCAGAGACGACCAAAATAGCTGATGGGAACGATTCTGATGATGCTAAAGCTTTTGCTAATTTAGGTATCAGTGATGTTGCAACTGTACTTGAAGATTTGGGGAAAGTAGGTGCAGGGGAAGAAGAAGAAGCGATTAATGGGGATGCCAAGCATACGTC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1213 aa · LXL04_026609|LXL04_026609|OH1004|PROTEIN

MASNPPFQVEDTDEDFFDKLVNDDDDDYKLGPLSSETTKIADGNDSDDAKAFANLGISDVATVLEDLGKVGAGEEEEAINGDAKHTSTDHGHLLATSKSFAFDSVSEEPNIEVAALEDYRGSLDDGCGGVTVKEVQWTAFGAEAVESEGNGFGSYNDFFTEIGDSCADEIVGKGGKLVSEEQKVVSDVVDDSISMHRKNVDEFQDLQTYGEQSRDGSQDPNSNWEDLYPGWKYDADSGQWYQVNESYENVDDLSNKAEVC...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_026609`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_026609

位置 Chr05:129463362-129467876 (+)

描述 Similar to SEC16B: Protein transport protein SEC16B homolog

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g47490`	必需用于蛋白质从内质网运输到高尔基体。	暂无已核实直接文献
`At5g47480`	通过调节内质网的 COPII 外壳动力学，有效地将蛋白质从内质网输出到高尔基体。	MAIGO5 functions in protein export from Golgi-associated endoplasmic reticulum exit sites in Arabidopsis.2013 · DOI: 10.1105/tpc.113.118158

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_026609 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006888 endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport 生物过程

GO:0007029 endoplasmic reticulum organization 生物过程

GO:0007031 peroxisome organization 生物过程

GO:0010628 positive regulation of gene expression 生物过程

GO:0015031 protein transport 生物过程

GO:0016559 peroxisome fission 生物过程

GO:0070863 positive regulation of protein exit from endoplasmic reticulum 生物过程

GO:0070973 protein localization to endoplasmic reticulum exit site 生物过程

GO:0000139 Golgi membrane 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005789 endoplasmic reticulum membrane 细胞组分

GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G47480

ath:AT5G47490

gga:424431

mmu:89867

rno:89868

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

高尔基体0.359

排名 1 · LXL04_026609 · OH-1004

细胞质0.333

排名 2 · LXL04_026609 · OH-1004

内质网0.240

排名 3 · LXL04_026609 · OH-1004

细胞核0.226

排名 4 · LXL04_026609 · OH-1004

细胞膜0.075

排名 5 · LXL04_026609 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF12932.13Sec16467-567 aa

PF12931.14TPR_Sec16626-878 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_026609	`PF12932.13`	Sec16	467	567	1.1e-12	49.2
LXL04_026609	`PF12931.14`	TPR_Sec16	626	878	3.9e-53	181.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FGK8`	拟南芥	Protein transport protein SEC16B homolog	44.043%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9FGK9`	拟南芥	Protein transport protein SEC16A homolog	44.496%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情