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基因概览

LXL04_025977

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 119324215-119325766 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1317 bp · LXL04_025977|LXL04_025977|OH1004|cDNA

ATGGAAAACAATGGGTTTAATATCCCGATGGGTATGGCCGGCGTCGGAGAGGGGTTCATCGTTCCCGATGAAAACTTTCAGAAGCCTTTCGTTTATCAAAACCACCACCATATGATGCCGGGATTTCAGGAGATTACGAATCCGACGGACAATTTTCCGTCGATTGGGAACATGGATATTCCGATTTCCGCCACCGCTCTCGCGGCTCTTCTCGCGTCCAGACATGGTCAACACGAGAGCTTGAATTTACCGCCTTTTGG...

CDS

下载 CDS FASTA

1317 bp · LXL04_025977|LXL04_025977|OH1004|CDS

ATGGAAAACAATGGGTTTAATATCCCGATGGGTATGGCCGGCGTCGGAGAGGGGTTCATCGTTCCCGATGAAAACTTTCAGAAGCCTTTCGTTTATCAAAACCACCACCATATGATGCCGGGATTTCAGGAGATTACGAATCCGACGGACAATTTTCCGTCGATTGGGAACATGGATATTCCGATTTCCGCCACCGCTCTCGCGGCTCTTCTCGCGTCCAGACATGGTCAACACGAGAGCTTGAATTTACCGCCTTTTGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

438 aa · LXL04_025977|LXL04_025977|OH1004|PROTEIN

MENNGFNIPMGMAGVGEGFIVPDENFQKPFVYQNHHHMMPGFQEITNPTDNFPSIGNMDIPISATALAALLASRHGQHESLNLPPFGQPFDVPKSVNCFPSSFNASDNFGYAGMLTPPANRWISAENNSNPLDGNELSLSLATCSGMSSLSLHGRQLGSLEQASSCNSRSLSLGFDSNSNSISITNRPIQVLQCSSGSTGYLHTMQEILTEIATYSLGNLDQISYYKQISPDGNNNFDLKVRGVEAKKKHLLALLEMVDE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_025977`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_025977

位置 Chr05:119324215-119325766 (-)

描述 Similar to ATH1: Homeobox protein ATH1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g32980`	转录因子，可能参与 COP1 基因下游的信号转导途径。	暂无已核实直接文献
`At2g27220`	BEL1样同源域蛋白5。	暂无已核实直接文献
`At2g16400`	BEL1 样同源域蛋白 7。	暂无已核实直接文献
`At1g19700`	BEL1样同源域蛋白10。	暂无已核实直接文献
`At4g34610`	类 BEL1 同源域蛋白 6。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_025977 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006357 regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0008285 negative regulation of cell population proliferation 生物过程

GO:0009640 photomorphogenesis 生物过程

GO:0010073 meristem maintenance 生物过程

GO:0010227 floral organ abscission 生物过程

GO:0010228 vegetative to reproductive phase transition of meristem 生物过程

GO:0010371 regulation of gibberellin biosynthetic process 生物过程

GO:0090470 shoot organ boundary specification 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0000976 transcription cis-regulatory region binding 分子功能

GO:0000978 RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G19700

ath:AT2G16400

ath:AT2G27220

ath:AT4G32980

ath:AT4G34610

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.945

排名 1 · LXL04_025977 · OH-1004

细胞质0.120

排名 2 · LXL04_025977 · OH-1004

细胞膜0.033

排名 3 · LXL04_025977 · OH-1004

内质网0.020

排名 4 · LXL04_025977 · OH-1004

质体0.017

排名 5 · LXL04_025977 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF07526.17POX200-307 aa

PF05920.18Homeobox_KN364-403 aa

PF00046.36Homeodomain366-403 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_025977	`PF07526.17`	POX	200	307	1.1e-21	78.5
LXL04_025977	`PF05920.18`	Homeobox_KN	364	403	9.6e-18	64.5
LXL04_025977	`PF00046.36`	Homeodomain	366	403	2.1e-06	28.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`P48731`	拟南芥	Homeobox protein ATH1	52.922%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q8S897`	拟南芥	BEL1-like homeodomain protein 5	37.302%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9SIW1`	拟南芥	BEL1-like homeodomain protein 7	38.017%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9FXG8`	拟南芥	BEL1-like homeodomain protein 10	32.092%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`O65685`	拟南芥	BEL1-like homeodomain protein 6	43.333%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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