LXL04_025862 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_025862

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 117834700-117838471 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1866 bp · LXL04_025862|LXL04_025862|OH1004|cDNA

ATGGAAGAGATAATGTCAGAGACACGATCGCCGATGCCATTGTTGTATAGACGACATTCAAGCGGGGAGGTGATGAAAAACTTAGCTTCTGTCTCGAGCAGTCTCTTGCCTGCTTTTGGAACTCTGGTCGGCGATGATTCTCCTCCTCTTAAGAAATATGTCATTGCACCTTATGATCGTAGGTATCGGTGGTGGCAAGCATTTTTGGTTGTATTAGTCATCTACTCGGCATGGTCATCACCTTTCGAGTTAGCTTTCAA...

CDS

下载 CDS FASTA

1866 bp · LXL04_025862|LXL04_025862|OH1004|CDS

ATGGAAGAGATAATGTCAGAGACACGATCGCCGATGCCATTGTTGTATAGACGACATTCAAGCGGGGAGGTGATGAAAAACTTAGCTTCTGTCTCGAGCAGTCTCTTGCCTGCTTTTGGAACTCTGGTCGGCGATGATTCTCCTCCTCTTAAGAAATATGTCATTGCACCTTATGATCGTAGGTATCGGTGGTGGCAAGCATTTTTGGTTGTATTAGTCATCTACTCGGCATGGTCATCACCTTTCGAGTTAGCTTTCAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

621 aa · LXL04_025862|LXL04_025862|OH1004|PROTEIN

MEEIMSETRSPMPLLYRRHSSGEVMKNLASVSSSLLPAFGTLVGDDSPPLKKYVIAPYDRRYRWWQAFLVVLVIYSAWSSPFELAFKDVATSSLMFLDLVVDLFFAIDIILTFFVAYLDKSTYLLVDDHKKIAIRYVTHMMFLMDVASTMPFQSLYRLFTGKLHRGQAFGFLNLLRLWRLRRVSDLFSRLEKDTRFSYFLTRCTKLICVTLFAVHSAGCFYYWIATHHSPSEKTWIGSIIQDFEDRSIWLGYTYALYWSI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_025862`
TK1151 ID	TkA06G032680
OH-1004 ID	LXL04_025862
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	94.100
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_025862

位置 Chr05:117834700-117838471 (-)

描述 Similar to KAT3: Potassium channel KAT3

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g32650`	可能的入向整流钾通道调节（α）亚基。	暂无已核实直接文献
`At5g46240`	高选择性内向整流钾通道。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os01g0718700`	推测的内向整流钾通道。	暂无已核实直接文献
`Os06g0254200`	推测的内向整流钾通道。	暂无已核实直接文献
`Os01g0648000`	高选择性内向整流钾通道，介导植物根部钾的吸收。	Rice K+ uptake channel OsAKT1 is sensitive to salt stress.2005 · DOI: 10.1007/s00425-004-1437-9

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_025862 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009624 response to nematode 生物过程

GO:0071805 potassium ion transmembrane transport 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0034702 monoatomic ion channel complex 细胞组分

GO:0005242 inward rectifier potassium channel activity 分子功能

GO:0005249 voltage-gated potassium channel activity 分子功能

GO:0042802 identical protein binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G32650

ath:AT5G46240

dosa:Os01g0648000

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.565

排名 1 · LXL04_025862 · OH-1004

细胞质0.179

排名 2 · LXL04_025862 · OH-1004

内质网0.142

排名 3 · LXL04_025862 · OH-1004

溶酶体／液泡0.132

排名 4 · LXL04_025862 · OH-1004

高尔基体0.090

排名 5 · LXL04_025862 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00520.38Ion_trans62-307 aa

PF07885.23Ion_trans_2237-304 aa

PF00027.36cNMP_binding396-478 aa

PF11834.14KHA552-620 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_025862	`PF00520.38`	Ion_trans	62	307	2.5e-39	135.6
LXL04_025862	`PF07885.23`	Ion_trans_2	237	304	1.6e-13	51.0
LXL04_025862	`PF00027.36`	cNMP_binding	396	478	9.2e-16	58.3
LXL04_025862	`PF11834.14`	KHA	552	620	4.9e-22	78.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`P92960`	拟南芥	Potassium channel KAT3	56.542%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q39128`	拟南芥	Potassium channel KAT1	42.337%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`A2ZX97`	水稻	Potassium channel KAT6	50.656%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q652U9`	水稻	Potassium channel KAT4	49.167%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q0JKV1`	水稻	Potassium channel AKT1	51.767%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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