LXL04_025853 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_025853

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 117663759-117672721 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3411 bp · LXL04_025853|LXL04_025853|OH1004|cDNA

ATGGAAGTTCACTCTCCTAGTTTGCTCGGACGATGTTCGTCTTTCTTCGAAGCCTTGTCATCATGGGAAGAAAAACAAGATACCCTAATCACCGTAAATGCTTGTCGGCCAGGGTGGGGGGTATTTGACACATTATTTAACGTATTAGTGGAATTAGGGAAATTTGAAGAAGCAAATGAGTGtttttcaagaatgaaatcaCACAAAGTCCTCCCAAAAGCACGTTCTTGTAATTCATTTCTTGGTATATTAACAAAAAT...

CDS

下载 CDS FASTA

3411 bp · LXL04_025853|LXL04_025853|OH1004|CDS

ATGGAAGTTCACTCTCCTAGTTTGCTCGGACGATGTTCGTCTTTCTTCGAAGCCTTGTCATCATGGGAAGAAAAACAAGATACCCTAATCACCGTAAATGCTTGTCGGCCAGGGTGGGGGGTATTTGACACATTATTTAACGTATTAGTGGAATTAGGGAAATTTGAAGAAGCAAATGAGTGTTTTTCAAGAATGAAATCACACAAAGTCCTCCCAAAAGCACGTTCTTGTAATTCATTTCTTGGTATATTAACAAAAAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1136 aa · LXL04_025853|LXL04_025853|OH1004|PROTEIN

MEVHSPSLLGRCSSFFEALSSWEEKQDTLITVNACRPGWGVFDTLFNVLVELGKFEEANECFSRMKSHKVLPKARSCNSFLGILTKIGKGDFSKKFFKDMIIAGIKPSVFTYNIMIDYLCKIGDIDGAQRFYTEMKTLGITPDIVTYNSLIDGYGKNGKLSESICIYNDMKNLHCYPDVITYNALINCFCKFGQMPKAFEFLHFMKKSGLKPNVVTYTTFIDAFCKEGMMQEALKFFMDMRRVGLIPNEFTYTSLIDANC...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_025853`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_025853

位置 Chr05:117663759-117672721 (-)

描述 Similar to At2g02150: Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At2g02150

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g02150`	推定含五聚重复序列蛋白 At2g02150。	暂无已核实直接文献
`At2g02148`	未表征蛋白At2g02148。	暂无已核实直接文献
`At2g01740`	含有五三基重复的蛋白 At2g01740。	暂无已核实直接文献
`At1g05670`	含五重复序列蛋白 At1g05670，线粒体。	暂无已核实直接文献
`At5g01110`	含五聚体肽重复的蛋白 At5g01110。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_025853 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0090615 mitochondrial mRNA processing 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0036002 pre-mRNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G01740

ath:AT2G02148

ath:AT2G02150

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.373

排名 1 · LXL04_025853 · OH-1004

细胞质0.297

排名 2 · LXL04_025853 · OH-1004

线粒体0.116

排名 3 · LXL04_025853 · OH-1004

质体0.088

排名 4 · LXL04_025853 · OH-1004

细胞膜0.086

排名 5 · LXL04_025853 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF29070.1MSC6_N47-133 aa

PF13041.13PPR_274-121 aa

PF17177.11PPR_long95-220 aa

PF13812.13PPR_397-157 aa

PF12854.14PPR_1104-136 aa

PF13041.13PPR_2107-153 aa

PF01535.27PPR110-140 aa

PF29070.1MSC6_N132-236 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_025853	`PF29070.1`	MSC6_N	47	133	2.1e-29	103.5
LXL04_025853	`PF13041.13`	PPR_2	74	121	1.1e-166	541.6
LXL04_025853	`PF17177.11`	PPR_long	95	220	6.3e-39	134.3
LXL04_025853	`PF13812.13`	PPR_3	97	157	1.7e-70	233.7
LXL04_025853	`PF12854.14`	PPR_1	104	136	6.7e-123	400.8
LXL04_025853	`PF13041.13`	PPR_2	107	153	1.1e-166	541.6
LXL04_025853	`PF01535.27`	PPR	110	140	9.6e-113	361.6
LXL04_025853	`PF29070.1`	MSC6_N	132	236	2.1e-29	103.5
LXL04_025853	`PF13812.13`	PPR_3	133	189	1.7e-70	233.7
LXL04_025853	`PF12854.14`	PPR_1	139	170	6.7e-123	400.8
LXL04_025853	`PF13041.13`	PPR_2	142	191	1.1e-166	541.6
LXL04_025853	`PF01535.27`	PPR	145	174	9.6e-113	361.6
LXL04_025853	`PF17177.11`	PPR_long	162	263	6.3e-39	134.3
LXL04_025853	`PF12854.14`	PPR_1	175	206	6.7e-123	400.8
LXL04_025853	`PF13041.13`	PPR_2	177	226	1.1e-166	541.6
LXL04_025853	`PF01535.27`	PPR	180	210	9.6e-113	361.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`P0C894`	拟南芥	Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At2g02150	53.251%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q56XX3`	拟南芥	Uncharacterized protein At2g02148	56.347%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9ZUA2`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g01740	36.081%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q0WVK7`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g05670, mitochondrial	32.836%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9LFC5`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g01110	29.982%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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