LXL04_025103 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_025103

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 105991009-105994108 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1896 bp · LXL04_025103|LXL04_025103|OH1004|cDNA

ATGGCGATCGAATGTCTAGTTCTAGGCGCAGGACAAGAGGTAGGGAAGAGCTGCGTTATAGTATCTATTCACAGAAAAAGGATCATGTTCGATTGTGGGATGCACATGGGTTACTCCGATCACCGCCGTTACCCTGATTTCTCTCTCATTTCACAATCCGGCGACTTCAATGCCGCCCTTTCATGCATCATTATCACTCACTTTCACTTGGATCATATCGGTGCTCTTCCGTACTTCACTGAAGTTTGTGGTTACACCGG...

CDS

下载 CDS FASTA

1896 bp · LXL04_025103|LXL04_025103|OH1004|CDS

ATGGCGATCGAATGTCTAGTTCTAGGCGCAGGACAAGAGGTAGGGAAGAGCTGCGTTATAGTATCTATTCACAGAAAAAGGATCATGTTCGATTGTGGGATGCACATGGGTTACTCCGATCACCGCCGTTACCCTGATTTCTCTCTCATTTCACAATCCGGCGACTTCAATGCCGCCCTTTCATGCATCATTATCACTCACTTTCACTTGGATCATATCGGTGCTCTTCCGTACTTCACTGAAGTTTGTGGTTACACCGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

632 aa · LXL04_025103|LXL04_025103|OH1004|PROTEIN

MAIECLVLGAGQEVGKSCVIVSIHRKRIMFDCGMHMGYSDHRRYPDFSLISQSGDFNAALSCIIITHFHLDHIGALPYFTEVCGYTGPIYMTYPTKALAPLMLEDYRKVMVGRGEEQQFTHENILDCMKKVTAVGLKQNVQVDKDLQIRAYYAGHVLGAAMFYACVEDSGIVYTGDYNMTPDRHLGAAQIDRLQLDLLITESTYATTIRDSKYAREREFLKAVHKCVANGGKVLIPTFALGRAQELCILLDDYWERMNLK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_025103`
TK1151 ID	TkAUNG024010
OH-1004 ID	LXL04_025103
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	99.300
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 97.738 / OH-1004 95.728 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_025103

位置 Chr05:105991009-105994108 (-)

描述暂无功能描述

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g01730`	切割和多聚腺苷酸化特异因子（CPSF）复合体的组成部分，在前mRNA 3'端形成中起关键作用，识别AAUAAA信号序列，并与多聚腺苷酸聚合酶及其他因子相互作用，从而实现3'端切割和多聚腺苷酸添加。	Unique features of plant cleavage and polyadenylation specificity factor revealed by proteomic studies.2009 · DOI: 10.1104/pp.109.142729

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_025103 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006366 transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0006368 transcription elongation by RNA polymerase II 生物过程

GO:0006397 mRNA processing 生物过程

GO:0010197 polar nucleus fusion 生物过程

GO:0016180 snRNA processing 生物过程

GO:0034243 regulation of transcription elongation by RNA polymerase II 生物过程

GO:0034472 snRNA 3'-end processing 生物过程

GO:0160240 RNA polymerase II transcription initiation surveillance 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G01730

ddi:DDB_G0278189

gga:419418

mmu:71957

rno:298688

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.669

排名 1 · LXL04_025103 · OH-1004

细胞质0.370

排名 2 · LXL04_025103 · OH-1004

线粒体0.067

排名 3 · LXL04_025103 · OH-1004

细胞膜0.034

排名 4 · LXL04_025103 · OH-1004

内质网0.029

排名 5 · LXL04_025103 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00753.34Lactamase_B16-182 aa

PF23023.2Anti-Pycsar_Apyc117-183 aa

PF16661.12Lactamase_B_621-190 aa

PF10996.15Beta-Casp243-361 aa

PF07521.18RMMBL377-435 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_025103	`PF00753.34`	Lactamase_B	16	182	1.7e-11	45.1
LXL04_025103	`PF23023.2`	Anti-Pycsar_Apyc1	17	183	2.4e-08	34.8
LXL04_025103	`PF16661.12`	Lactamase_B_6	21	190	1.3e-18	67.8
LXL04_025103	`PF10996.15`	Beta-Casp	243	361	6.7e-27	95.2
LXL04_025103	`PF07521.18`	RMMBL	377	435	1.8e-16	60.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8GUU3`	拟南芥	Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 3-II	65.954%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情