LXL04_024560 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_024560

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 93781471-93785037 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1890 bp · LXL04_024560|LXL04_024560|OH1004|cDNA

ATGTGGCGGTGCCTGTCGCGTGGCCTTCGCATTCCATCTCGGAGATCCATCTCCGGCAGCTCCATTTCACACAAATTCTTTTCTTCACAATCGAATACAGGAGGGTCATCGTATACAATCGTAGATCATACATATGACGCGGTCGTCGTCGGGGCAGGCGGTGCTGGACTTCGAGCTGCAATAGGGCTATCGGAGCATGGATTCAATACTGCTTGCATTACAAAGCTTTTCCCAACACGTTCACACACCGTTGCTGCTCA...

CDS

下载 CDS FASTA

1890 bp · LXL04_024560|LXL04_024560|OH1004|CDS

ATGTGGCGGTGCCTGTCGCGTGGCCTTCGCATTCCATCTCGGAGATCCATCTCCGGCAGCTCCATTTCACACAAATTCTTTTCTTCACAATCGAATACAGGAGGGTCATCGTATACAATCGTAGATCATACATATGACGCGGTCGTCGTCGGGGCAGGCGGTGCTGGACTTCGAGCTGCAATAGGGCTATCGGAGCATGGATTCAATACTGCTTGCATTACAAAGCTTTTCCCAACACGTTCACACACCGTTGCTGCTCA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

629 aa · LXL04_024560|LXL04_024560|OH1004|PROTEIN

MWRCLSRGLRIPSRRSISGSSISHKFFSSQSNTGGSSYTIVDHTYDAVVVGAGGAGLRAAIGLSEHGFNTACITKLFPTRSHTVAAQGGINAALGNMSEDDWRWHMYDTVKGSDWLGDQDAIQYMCREAPKAVIELENYGLPFSRTEEGKIYQRAFGGQSLDFGKGGQAYRCACAADRTGHALLHTLYGQAMKHNTQFFVEYFALDLIMASDGSCQGVIALNMEDGTLHRFRSSSTILATGGYGRAYFSATSAHTCTGDG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_024560`
TK1151 ID	TkA06G131440
OH-1004 ID	LXL04_024560
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	97.200
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 88.760 / OH-1004 73.291 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_024560

位置 Chr05:93781471-93785037 (+)

描述 Similar to SDH1-1: Succinate dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein subunit 1, mitochondrial

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g66760`	琥珀酸脱氢酶（SDH）的黄素蛋白（FP）亚基，参与线粒体电子传递链复合物II，负责将电子从琥珀酸传递给泛醌（辅酶Q）。	暂无已核实直接文献
`At2g18450`	琥珀酸脱氢酶（SDH）的黄素蛋白（FP）亚基，参与线粒体电子传递链复合物II，负责将电子从琥珀酸传递给泛醌（辅酶Q）。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os07g0134800`	琥珀酸脱氢酶（SDH）的黄素蛋白（FP）亚基，参与线粒体电子传递链复合物II，负责将电子从琥珀酸传递给泛醌（辅酶Q）。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_024560 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006099 tricarboxylic acid cycle 生物过程

GO:0006121 mitochondrial electron transport, succinate to ubiquinone 生物过程

GO:0006909 phagocytosis 生物过程

GO:0007005 mitochondrion organization 生物过程

GO:0046956 positive phototaxis 生物过程

GO:0050829 defense response to Gram-negative bacterium 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005743 mitochondrial inner membrane 细胞组分

GO:0009505 plant-type cell wall 细胞组分

GO:0009536 plastid 细胞组分

GO:0045273 respiratory chain complex II (succinate dehydrogenase) 细胞组分

GO:0045335 phagocytic vesicle 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G18450

ath:AT5G66760

ddi:DDB_G0280535

dosa:Os07g0134800

spo:2541690

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.926

排名 1 · LXL04_024560 · OH-1004

细胞质0.074

排名 2 · LXL04_024560 · OH-1004

细胞核0.054

排名 3 · LXL04_024560 · OH-1004

细胞膜0.017

排名 4 · LXL04_024560 · OH-1004

质体0.012

排名 5 · LXL04_024560 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00890.31FAD_binding_246-442 aa

PF02910.26Succ_DH_flav_C497-629 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_024560	`PF00890.31`	FAD_binding_2	46	442	6.3e-125	418.3
LXL04_024560	`PF02910.26`	Succ_DH_flav_C	497	629	3.7e-48	163.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O82663`	拟南芥	Succinate dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein subunit 1, mitochondrial	91.811%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9ZPX5`	拟南芥	Succinate dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein subunit 2, mitochondrial	87.539%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q6ZDY8`	水稻	Succinate dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein subunit, mitochondrial	90.317%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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