LXL04_024103 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_024103

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 81190165-81191862 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

867 bp · LXL04_024103|LXL04_024103|OH1004|cDNA

ATGGACTCTTCATCCGTTCCAAATCGTCTCGATATATTCGAGATTTACCGGCGCTATTGCGAAATCACATCAGACGCATATAATTTTGAAGGAGATGGTTACAGACCAGCCAATGAGTCAAAAAAAGCTAAATTATACAGAGATGCCTTATCCCAGCTCCTACAACTCATCGAGTCAAGAGTGGACAAAAGGATGCCAATACTTGAACAAATCCCTGTGCTCATGTCAAGGCTTCATTTAATGGTAGACTCATGTGAATT...

CDS

下载 CDS FASTA

867 bp · LXL04_024103|LXL04_024103|OH1004|CDS

ATGGACTCTTCATCCGTTCCAAATCGTCTCGATATATTCGAGATTTACCGGCGCTATTGCGAAATCACATCAGACGCATATAATTTTGAAGGAGATGGTTACAGACCAGCCAATGAGTCAAAAAAAGCTAAATTATACAGAGATGCCTTATCCCAGCTCCTACAACTCATCGAGTCAAGAGTGGACAAAAGGATGCCAATACTTGAACAAATCCCTGTGCTCATGTCAAGGCTTCATTTAATGGTAGACTCATGTGAATT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

288 aa · LXL04_024103|LXL04_024103|OH1004|PROTEIN

MDSSSVPNRLDIFEIYRRYCEITSDAYNFEGDGYRPANESKKAKLYRDALSQLLQLIESRVDKRMPILEQIPVLMSRLHLMVDSCEFSRFYNFMFFICRENGQRNITVSRAIMAWKLVLSGRFRLLNQWCSFVEKNQKHNISEDTWRQVLAFSRCVHENLEGYDPEGAWPVLIDEFVEHMYIINGSEDARGFTCSCDSETETIVDSVPGLKNLPGVKRKLGEELLQFGDSKSNMNLKRMREGCVLSSSSNSGSPSCGVEG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_024103`
TK1151 ID	TkA06G177290
OH-1004 ID	LXL04_024103
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_024103

位置 Chr05:81190165-81191862 (-)

描述 Similar to CG7427: DCN1-like protein

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g28970`	可能通过将 NEDD8 从 N 端乙酰化的 NEDD8 连接 E2 酶转移到不同的 cullin C 端结构域-RBX 复合物，从而促进所有 cullin 的 neddylation；cullin 的 neddylation 在 SCF 型复合物活性调控中起关键作用（通过相似性推测）。	Genetic characterization of mutants resistant to the antiauxin p-chlorophenoxyisobutyric acid reveals that AAR3, a gene encoding a DCN1-like protein, regulates responses to the synthetic auxin 2,4-dichlorophenoxyacetic acid in Arabidopsis roots.2007 · DOI: 10.1104/pp.107.104844

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_024103 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009734 auxin-activated signaling pathway 生物过程

GO:0035212 cell competition in a multicellular organism 生物过程

GO:0045116 protein neddylation 生物过程

GO:2000434 regulation of protein neddylation 生物过程

GO:2000436 positive regulation of protein neddylation 生物过程

GO:0000151 ubiquitin ligase complex 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0031624 ubiquitin conjugating enzyme binding 分子功能

GO:0032182 ubiquitin-like protein binding 分子功能

GO:0097602 cullin family protein binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G28970

dme:Dmel_CG7427

gga:424963

hsa:55208

mmu:102323

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.488

排名 1 · LXL04_024103 · OH-1004

细胞核0.462

排名 2 · LXL04_024103 · OH-1004

细胞膜0.109

排名 3 · LXL04_024103 · OH-1004

线粒体0.059

排名 4 · LXL04_024103 · OH-1004

高尔基体0.057

排名 5 · LXL04_024103 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03556.22Cullin_binding83-179 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_024103	`PF03556.22`	Cullin_binding	83	179	8.7e-31	107.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9MBG8`	拟南芥	Defective in cullin neddylation protein AAR3	51.689%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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