LXL04_024100 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_024100

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 81094871-81098842 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1296 bp · LXL04_024100|LXL04_024100|OH1004|cDNA

ATGGAGGGACAAAAGCAGGACGATTACTCGGTTACAATACCTCTACTGCTTGCCAATGGAAAGGAAACAAAGGCGGATGACCAGCAAATcgccgccgccgccgccgccgccaCTTCTACCGGCACTTCCTCCTTCTTCAACACATGTTTCAATGGTCTCAATGCTCTTTCAGGAGTTGGGATTTTATCAGTTCCATACGCGTTAGCATCAGGAGGGTGGTTAAGTTTAATATTACTTTTCACAATAGCGTTCTCGACTTT...

CDS

下载 CDS FASTA

1296 bp · LXL04_024100|LXL04_024100|OH1004|CDS

ATGGAGGGACAAAAGCAGGACGATTACTCGGTTACAATACCTCTACTGCTTGCCAATGGAAAGGAAACAAAGGCGGATGACCAGCAAATCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCACTTCTACCGGCACTTCCTCCTTCTTCAACACATGTTTCAATGGTCTCAATGCTCTTTCAGGAGTTGGGATTTTATCAGTTCCATACGCGTTAGCATCAGGAGGGTGGTTAAGTTTAATATTACTTTTCACAATAGCGTTCTCGACTTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

431 aa · LXL04_024100|LXL04_024100|OH1004|PROTEIN

MEGQKQDDYSVTIPLLLANGKETKADDQQIAAAAAAATSTGTSSFFNTCFNGLNALSGVGILSVPYALASGGWLSLILLFTIAFSTFYTGLLIQRCMNKDTTIKNYPDIGHRAFGKTGRIIVSVTMNIELYLVATGFLILEGDNLSNLLPDVGLDFYGVHLGGKESFVVIVAAIILPTIWLNNMSILSYISASGVLASLIILGSILWVGEFDGVGFREKGKVVNWKGMPSAISLYAFCYCAHPVFPTLYTSMKDRRQFKK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_024100`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_024100

位置 Chr05:81094871-81098842 (+)

描述 Similar to AVT1J: Amino acid transporter AVT1J

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g15240`	氨基酸转运蛋白 AVT1J。	暂无已核实直接文献
`At3g28960`	氨基酸转运蛋白 AVT1I。	暂无已核实直接文献
`At3g54830`	氨基酸转运蛋白 AVT1B。	暂无已核实直接文献
`At2g39130`	氨基酸转运蛋白AVT1C。	暂无已核实直接文献
`At2g41190`	氨基酸转运蛋白AVT1A。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_024100 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0003333 amino acid transmembrane transport 生物过程

GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0031090 organelle membrane 细胞组分

GO:0015171 amino acid transmembrane transporter activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G39130

ath:AT2G41190

ath:AT3G28960

ath:AT3G54830

ath:AT5G15240

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.441

排名 1 · LXL04_024100 · OH-1004

溶酶体／液泡0.338

排名 2 · LXL04_024100 · OH-1004

内质网0.119

排名 3 · LXL04_024100 · OH-1004

细胞质0.101

排名 4 · LXL04_024100 · OH-1004

高尔基体0.069

排名 5 · LXL04_024100 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01490.25Aa_trans42-423 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_024100	`PF01490.25`	Aa_trans	42	423	1.6e-65	222.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LXF8`	拟南芥	Amino acid transporter AVT1J	61.823%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`F4J1Q9`	拟南芥	Amino acid transporter AVT1I	60.494%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`F4JE35`	拟南芥	Amino acid transporter AVT1B	45.939%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`F4IUW3`	拟南芥	Amino acid transporter AVT1C	42.402%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`O80668`	拟南芥	Amino acid transporter AVT1A	40.826%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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