LXL04_023932 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_023932

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 74746284-74749167 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1503 bp · LXL04_023932|LXL04_023932|OH1004|cDNA

ATGGAGAGCTCTACATCTCGAACGATCTTCCAAGACATCAGCTCCAGAGAGCTCAATGGTTTCAGAGTACGAAAACGGCCGTGTTTCGCTGACGATTCTTCCAAGTTTAGTGAAATCGGAGCTTTTGAATTTGTACACGACAACAGTGCTACTCCTCCAATGGCTTTATCATTCTGCAAGACAAACAGAAACGCTCACATTGTTGCTGTTACTGGTGAAGACGGATATGTTAGCTTATACAATACTCGCTTGAAACTTCC...

CDS

下载 CDS FASTA

1503 bp · LXL04_023932|LXL04_023932|OH1004|CDS

ATGGAGAGCTCTACATCTCGAACGATCTTCCAAGACATCAGCTCCAGAGAGCTCAATGGTTTCAGAGTACGAAAACGGCCGTGTTTCGCTGACGATTCTTCCAAGTTTAGTGAAATCGGAGCTTTTGAATTTGTACACGACAACAGTGCTACTCCTCCAATGGCTTTATCATTCTGCAAGACAAACAGAAACGCTCACATTGTTGCTGTTACTGGTGAAGACGGATATGTTAGCTTATACAATACTCGCTTGAAACTTCC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

500 aa · LXL04_023932|LXL04_023932|OH1004|PROTEIN

MESSTSRTIFQDISSRELNGFRVRKRPCFADDSSKFSEIGAFEFVHDNSATPPMALSFCKTNRNAHIVAVTGEDGYVSLYNTRLKLPFSATHESNADKARVSEWLAHDNAIFDVCWIKDDTHLLTACGDHSVKLWDTQEQKCIGALIGHTGSVKSISAHPVNNDIIVSGSRDGSFALWDLRNSKRRRSHFSTSPIDIVRGANSLNLKTRGRHGKGAAISITSVLYLKDEVTIATAGAADSIIKFWDTRNLKASITQTIAQ...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_023932`
TK1151 ID	TkA01G467150
OH-1004 ID	LXL04_023932
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	97.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`LXL04_023932`
位置	Chr05:74746284-74749167 (+)
描述	Similar to dtl-a: Denticleless protein homolog A
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_023932` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0000209 protein polyubiquitination 生物过程 GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程 GO:0006513 protein monoubiquitination 生物过程 GO:0006974 DNA damage response 生物过程 GO:0007095 mitotic G2 DNA damage checkpoint signaling 生物过程 GO:0009411 response to UV 生物过程 GO:0009896 positive regulation of catabolic process 生物过程 GO:0010971 positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle 生物过程 GO:0019985 translesion synthesis 生物过程 GO:0043161 proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程 GO:0045732 positive regulation of protein catabolic process 生物过程 GO:0048511 rhythmic process 生物过程
KEGG 基因交叉引用	gga:421373 mmu:76843 xla:444035 xtr:395039 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.902

排名 1 · LXL04_023932 · OH-1004

细胞质0.180

排名 2 · LXL04_023932 · OH-1004

细胞膜0.023

排名 3 · LXL04_023932 · OH-1004

线粒体0.020

排名 4 · LXL04_023932 · OH-1004

溶酶体／液泡0.010

排名 5 · LXL04_023932 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF24782.3WD40_MABP1-WDR62_2nd42-180 aa

PF24814.2WD40_Prp1951-185 aa

PF23409.2Beta-prop_EML54-258 aa

PF25175.2Beta-prop_WDR555-186 aa

PF25391.2WD40_Gbeta59-189 aa

PF24105.2Beta-prop_CAF1B_HIR160-185 aa

PF29037.1DSE1_N61-207 aa

PF23775.2Beta-prop_RIG_2nd62-170 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_023932	`PF24782.3`	WD40_MABP1-WDR62_2nd	42	180	1.3e-11	44.8
LXL04_023932	`PF24814.2`	WD40_Prp19	51	185	2.9e-28	99.5
LXL04_023932	`PF23409.2`	Beta-prop_EML	54	258	2e-12	47.9
LXL04_023932	`PF25175.2`	Beta-prop_WDR5	55	186	8e-34	118.0
LXL04_023932	`PF25391.2`	WD40_Gbeta	59	189	1.1e-19	71.4
LXL04_023932	`PF24105.2`	Beta-prop_CAF1B_HIR1	60	185	2.7e-16	60.3
LXL04_023932	`PF29037.1`	DSE1_N	61	207	2.1e-17	64.0
LXL04_023932	`PF23775.2`	Beta-prop_RIG_2nd	62	170	1.3e-10	41.9
LXL04_023932	`PF24796.2`	WDR55	66	185	5.4e-15	55.9
LXL04_023932	`PF25174.2`	Beta-prop_THOC3	96	144	6.1e-27	95.0
LXL04_023932	`PF24807.2`	WD40_CDC20-Fz	97	186	9.5e-26	91.5
LXL04_023932	`PF23761.2`	Beta-prop_DCAF4	97	190	3.5e-09	36.7
LXL04_023932	`PF00400.39`	WD40	104	136	2e-27	95.1
LXL04_023932	`PF25172.2`	Beta-prop_WDR3_2nd	105	179	6.1e-17	62.5
LXL04_023932	`PF25173.2`	Beta-prop_WDR3_1st	106	180	7.2e-29	101.5
LXL04_023932	`PF25047.1`	Beta-prop_TEP1_2nd	106	211	8.2e-16	58.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

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