LXL04_022738 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_022738

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 7235704-7239508 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2262 bp · LXL04_022738|LXL04_022738|OH1004|cDNA

ATGGTAACTAATTTGAACTCAACGACAAGCTGTTTTAACCTTGTGACGATTTACAGATTTCACACCGTGTATGTCTTCGCATGTGACTTTTGTCAGTTTCTCTGCAAAACATTTCAAATTCTCTCTCAAAAACCACACTCATTCCCTTCTTCACTTCATCTTCAAACTCCCAAAACCACAAATCCTTCCCTCAAAAACACCATGAAAACACTTCTTCTCGccgttcttcttcttttcgCTCACTCATTACAAACCCTAGC...

CDS

下载 CDS FASTA

2262 bp · LXL04_022738|LXL04_022738|OH1004|CDS

ATGGTAACTAATTTGAACTCAACGACAAGCTGTTTTAACCTTGTGACGATTTACAGATTTCACACCGTGTATGTCTTCGCATGTGACTTTTGTCAGTTTCTCTGCAAAACATTTCAAATTCTCTCTCAAAAACCACACTCATTCCCTTCTTCACTTCATCTTCAAACTCCCAAAACCACAAATCCTTCCCTCAAAAACACCATGAAAACACTTCTTCTCGCCGTTCTTCTTCTTTTCGCTCACTCATTACAAACCCTAGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

753 aa · LXL04_022738|LXL04_022738|OH1004|PROTEIN

MVTNLNSTTSCFNLVTIYRFHTVYVFACDFCQFLCKTFQILSQKPHSFPSSLHLQTPKTTNPSLKNTMKTLLLAVLLLFAHSLQTLAKTQETPTSELPALIKIKSILDPNGETLTSWSPNAASYCDGTFEGVACDELGKVMNISLQGKGLFGQIPPEIGQLKSLSGLYLHFNGLKGEIPKEIAELTQLTDLYLNVNNLSGEIPPELEKMENLRVLQLCYNQLTGSLPTQLGSLKKLNVLAVQYNQLTGAIPATLGNLGTL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_022738`
TK1151 ID	TkA06G456820
OH-1004 ID	LXL04_022738
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.100
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 99.203 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_022738

位置 Chr05:7235704-7239508 (-)

描述 Similar to NIK2: Protein NSP-INTERACTING KINASE 2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g25560`	受体激酶，与其他CIK（如CIK1、CIK2、CIK3、CIK5和CIK6）冗余作用，作为CLV1、CLV2/CRN和RPK2的共受体，并且需要通过磷酸化介导CLAVATA家族肽（如CLV3、CLE25、CLE26和CLE45）信号；该信号调控原韧皮部分化及维持茎尖分生组织（SAM）和根尖分生组织（RAM）的稳态，并作用于BRX和OPS下游。	暂无已核实直接文献
`At5g07280`	具有丝氨酸／苏氨酸蛋白激酶活性的受体，决定雄性孢原细胞起始细胞的正确数量，并进一步决定绒毡层和中间层细胞的特性。	暂无已核实直接文献
`At5g63930`	可能是富含亮氨酸重复的受体样蛋白激酶 At5g63930。	暂无已核实直接文献
`At3g56100`	能磷酸化 AGL24。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os02g0283800`	可能通过油菜素甾醇（BR）信号通路参与调控植物生长。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_022738 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0007165 signal transduction 生物过程

GO:0009556 microsporogenesis 生物过程

GO:0010234 anther wall tapetum cell fate specification 生物过程

GO:0035556 intracellular signal transduction 生物过程

GO:0046777 protein autophosphorylation 生物过程

GO:0048638 regulation of developmental growth 生物过程

GO:1901653 cellular response to peptide 生物过程

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0004674 protein serine/threonine kinase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G25560

ath:AT3G56100

ath:AT5G07280

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.859

排名 1 · LXL04_022738 · OH-1004

内质网0.087

排名 2 · LXL04_022738 · OH-1004

细胞质0.073

排名 3 · LXL04_022738 · OH-1004

细胞核0.057

排名 4 · LXL04_022738 · OH-1004

溶酶体／液泡0.023

排名 5 · LXL04_022738 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF08263.18LRRNT_295-135 aa

PF23598.2LRR_14151-265 aa

PF13855.13LRR_8211-270 aa

PF00069.32Pkinase478-738 aa

PF07714.24PK_Tyr_Ser-Thr480-743 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_022738	`PF08263.18`	LRRNT_2	95	135	1.6e-06	29.0
LXL04_022738	`PF23598.2`	LRR_14	151	265	2.7e-12	46.8
LXL04_022738	`PF13855.13`	LRR_8	211	270	1.7e-11	44.4
LXL04_022738	`PF00069.32`	Pkinase	478	738	3.9e-25	89.5
LXL04_022738	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	480	743	1.6e-36	126.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8RY65`	拟南芥	Protein CLAVATA3 INSENSITIVE RECEPTOR KINASE 6	28.186%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9LYN8`	拟南芥	Leucine-rich repeat receptor protein kinase EMS1	29.335%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9LVP0`	拟南芥	Probable leucine-rich repeat receptor-like protein kinase At5g63930	29.447%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`C0LGP9`	拟南芥	Probable leucine-rich repeat receptor-like protein kinase IMK3	27.840%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q6K4T4`	水稻	LRR receptor kinase SERK2	26.437%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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