LXL04_021983 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_021983

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 141838705-141839389 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

324 bp · LXL04_021983|LXL04_021983|OH1004|cDNA

TTGTTTGCTCAATTGAAGGATCTTAAAGCTGAGCTCGCTCTTCTCCGTGTCGCTAAAGTCACCGGCGGTGCTCCCAACAAGCTCTCCAAAATTGAAGTTGTGAGGACATCAATTGCACAGGTGTTGACTGTTATTTCACAGACACAGAAAGCCAAGCTCAGGGAAGCTTACAAGAACAAGAAGTACTTACCTCTTGATTTGCGTCCCAAGAAGACCAGAGCCATTCGCAGGCGTTTAACTAAGCACCAGGTATCTTTGAA...

CDS

下载 CDS FASTA

324 bp · LXL04_021983|LXL04_021983|OH1004|CDS

TTGTTTGCTCAATTGAAGGATCTTAAAGCTGAGCTCGCTCTTCTCCGTGTCGCTAAAGTCACCGGCGGTGCTCCCAACAAGCTCTCCAAAATTGAAGTTGTGAGGACATCAATTGCACAGGTGTTGACTGTTATTTCACAGACACAGAAAGCCAAGCTCAGGGAAGCTTACAAGAACAAGAAGTACTTACCTCTTGATTTGCGTCCCAAGAAGACCAGAGCCATTCGCAGGCGTTTAACTAAGCACCAGGTATCTTTGAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

107 aa · LXL04_021983|LXL04_021983|OH1004|PROTEIN

MFAQLKDLKAELALLRVAKVTGGAPNKLSKIEVVRTSIAQVLTVISQTQKAKLREAYKNKKYLPLDLRPKKTRAIRRRLTKHQVSLKTEREKKKEKYFPLRKYAIKV

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_021983`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_021983

位置 Chr04:141838705-141839389 (+)

描述暂无功能描述

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g39390`	大核糖体亚基蛋白 uL29y。	暂无已核实直接文献
`At5g02610`	大核糖体亚基蛋白 uL29w。	暂无已核实直接文献
`At3g09500`	大核糖体亚基蛋白 uL29z。	暂无已核实直接文献
`At3g55170`	大核糖体亚基蛋白 uL29x。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_021983 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000463 maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) 生物过程

GO:0006412 translation 生物过程

GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分

GO:0005730 nucleolus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009506 plasmodesma 细胞组分

GO:0022625 cytosolic large ribosomal subunit 细胞组分

GO:0022626 cytosolic ribosome 细胞组分

GO:0003729 mRNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G39390

ath:AT3G09500

ath:AT3G55170

ath:AT5G02610

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.887

排名 1 · LXL04_021983 · OH-1004

细胞核0.194

排名 2 · LXL04_021983 · OH-1004

内质网0.073

排名 3 · LXL04_021983 · OH-1004

线粒体0.024

排名 4 · LXL04_021983 · OH-1004

质体0.012

排名 5 · LXL04_021983 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00831.29Ribosomal_L293-47 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_021983	`PF00831.29`	Ribosomal_L29	3	47	1.6e-11	44.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O80626`	拟南芥	Large ribosomal subunit protein uL29y	86.916%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9LZ41`	拟南芥	Large ribosomal subunit protein uL29w	89.423%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9SF53`	拟南芥	Large ribosomal subunit protein uL29z	89.423%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9M3D2`	拟南芥	Large ribosomal subunit protein uL29x	85.047%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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