LXL04_021845 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_021845

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 138534869-138542893 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3339 bp · LXL04_021845|LXL04_021845|OH1004|cDNA

ATGTTTGCTAAATTATTTCACAAAACTCCGCAGCAACAATCATCACCGGAGGATGATGATCCAAAATTGAAAGACTTTGAACCCCGCATTGTTGTTCATTATGGTATCCCAACTACTTCATCAATCCTGGCCTTTGATCCTCTTCAGCATTTACTAGCTATAGGCACACTGGATGGAAGAATAAAGGTGATTGGTGGTGATAACATTGAATGCATTTTAATATCTCCAAAACCAATACCCCTGAAAAACCTAGAGTTTTT...

CDS

下载 CDS FASTA

3339 bp · LXL04_021845|LXL04_021845|OH1004|CDS

ATGTTTGCTAAATTATTTCACAAAACTCCGCAGCAACAATCATCACCGGAGGATGATGATCCAAAATTGAAAGACTTTGAACCCCGCATTGTTGTTCATTATGGTATCCCAACTACTTCATCAATCCTGGCCTTTGATCCTCTTCAGCATTTACTAGCTATAGGCACACTGGATGGAAGAATAAAGGTGATTGGTGGTGATAACATTGAATGCATTTTAATATCTCCAAAACCAATACCCCTGAAAAACCTAGAGTTTTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1112 aa · LXL04_021845|LXL04_021845|OH1004|PROTEIN

MFAKLFHKTPQQQSSPEDDDPKLKDFEPRIVVHYGIPTTSSILAFDPLQHLLAIGTLDGRIKVIGGDNIECILISPKPIPLKNLEFFQNQGFLVSVSNENDIQVWDLEKRRLAANLQWGSNISAFSVVCGTNYMYVGDEYGYLSVLKYDFEEGSIQPMPYQIPPDLISDEGGVQIPDHQSVVGLLAQPCSSGKRVLIAYQNGLMFLWDVSEDKAILIRGPKDLQLKDEIVIRSTGEIKRETINNKPDEEQQTEKEISALC...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_021845`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`LXL04_021845`
位置	Chr04:138534869-138542893 (+)
描述	Similar to STXBP5L: Syntaxin-binding protein 5-like
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_021845` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0006887 exocytosis 生物过程 GO:0006893 Golgi to plasma membrane transport 生物过程 GO:0015031 protein transport 生物过程 GO:0017157 regulation of exocytosis 生物过程 GO:0042593 glucose homeostasis 生物过程 GO:0045921 positive regulation of exocytosis 生物过程 GO:0050714 positive regulation of protein secretion 生物过程 GO:0005737 cytoplasm 细胞组分 GO:0005829 cytosol 细胞组分 GO:0005886 plasma membrane 细胞组分 GO:0005892 acetylcholine-gated channel complex 细胞组分 GO:0030141 secretory granule 细胞组分
KEGG 基因交叉引用	hsa:134957 hsa:9515 mmu:207227 rno:81022 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.560

排名 1 · LXL04_021845 · OH-1004

细胞核0.235

排名 2 · LXL04_021845 · OH-1004

高尔基体0.166

排名 3 · LXL04_021845 · OH-1004

溶酶体／液泡0.149

排名 4 · LXL04_021845 · OH-1004

细胞膜0.143

排名 5 · LXL04_021845 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF25173.2Beta-prop_WDR3_1st41-128 aa

PF23381.2Beta-prop_IFT122_1st42-147 aa

PF24796.2WDR5543-145 aa

PF23381.2Beta-prop_IFT122_1st243-309 aa

PF00957.28Synaptobrevin1067-1109 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_021845	`PF25173.2`	Beta-prop_WDR3_1st	41	128	1.2e-16	61.6
LXL04_021845	`PF23381.2`	Beta-prop_IFT122_1st	42	147	6.8e-17	62.4
LXL04_021845	`PF24796.2`	WDR55	43	145	3.4e-09	36.9
LXL04_021845	`PF23381.2`	Beta-prop_IFT122_1st	243	309	6.8e-17	62.4
LXL04_021845	`PF00957.28`	Synaptobrevin	1067	1109	4.5e-06	27.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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