LXL04_021591 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_021591

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 132959616-132963452 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1905 bp · LXL04_021591|LXL04_021591|OH1004|cDNA

ATGTGGAACGATGTCGCAAAATCAACACTCTGGTTTGGGTTCGGTTCACTCTGTTTCTTATCTTCATGTTTCTCAACGGGAATTAGCTTTAGCATGTTTTCTGTGATATCCCACCTCAGCCTACTGTGTTTGGGCGTTTCATTCTTCTCAAACTCCATTGCCCAAAGTTCAGAAAGCAAGAAAAAGCGTAAGCTTAAAGAAGACGACATTCTAAAAGCTGCTAGGGTTATACTTCCCGCATTGAATTTTGTAATTTCAAA...

CDS

下载 CDS FASTA

1905 bp · LXL04_021591|LXL04_021591|OH1004|CDS

ATGTGGAACGATGTCGCAAAATCAACACTCTGGTTTGGGTTCGGTTCACTCTGTTTCTTATCTTCATGTTTCTCAACGGGAATTAGCTTTAGCATGTTTTCTGTGATATCCCACCTCAGCCTACTGTGTTTGGGCGTTTCATTCTTCTCAAACTCCATTGCCCAAAGTTCAGAAAGCAAGAAAAAGCGTAAGCTTAAAGAAGACGACATTCTAAAAGCTGCTAGGGTTATACTTCCCGCATTGAATTTTGTAATTTCAAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

634 aa · LXL04_021591|LXL04_021591|OH1004|PROTEIN

MWNDVAKSTLWFGFGSLCFLSSCFSTGISFSMFSVISHLSLLCLGVSFFSNSIAQSSESKKKRKLKEDDILKAARVILPALNFVISKAREVFSGEPSMTLKVAPFLLLGFDYGHIVTFKRLCALGFFIGFTGPKLYSLYSIQIHKRSERLKKRILEAWGGCSHKKIVAGSVVTAFWNLTSIKTRIFAAFICVVIFRRYRQQSISSDMDLFFWLQLYTLFIGADMRYHLMLFIEEFKKEFGQFDRSGFYRQQRKRKQDKIL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_021591`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_021591

位置 Chr04:132959616-132963452 (+)

描述 Similar to SFH6: Phosphatidylinositol/phosphatidylcholine transfer protein SFH6

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g39170`	对从高尔基复合体运输分泌蛋白至关重要。	暂无已核实直接文献
`At2g21520`	对从高尔基复合体运输分泌蛋白至关重要。	暂无已核实直接文献
`At1g19650`	对从高尔基复合体运输分泌蛋白至关重要。	暂无已核实直接文献
`At1g75370`	对从高尔基复合体运输分泌蛋白至关重要。	暂无已核实直接文献
`At4g36490`	对高尔基复合体分泌蛋白的运输是必需的（通过相似性推测）。	Identification of two phosphatidylinositol/phosphatidylcholine transfer protein genes that are predominately transcribed in the flowers of Arabidopsis thaliana.2007 · DOI: 10.1016/j.jplph.2006.03.014

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_021591 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006892 post-Golgi vesicle-mediated transport 生物过程

GO:0015031 protein transport 生物过程

GO:0000139 Golgi membrane 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分

GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009506 plasmodesma 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0008526 phosphatidylinositol transfer activity 分子功能

GO:0070300 phosphatidic acid binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G19650

ath:AT1G75370

ath:AT2G21520

ath:AT4G36490

ath:AT4G39170

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.500

排名 1 · LXL04_021591 · OH-1004

细胞核0.184

排名 2 · LXL04_021591 · OH-1004

细胞质0.124

排名 3 · LXL04_021591 · OH-1004

高尔基体0.123

排名 4 · LXL04_021591 · OH-1004

细胞膜0.093

排名 5 · LXL04_021591 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02453.24Reticulon1-146 aa

PF00650.26CRAL_TRIO275-368 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_021591	`PF02453.24`	Reticulon	1	146	3.4e-24	86.2
LXL04_021591	`PF00650.26`	CRAL_TRIO	275	368	3e-19	70.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4JVA6`	拟南芥	Phosphatidylinositol/phosphatidylcholine transfer protein SFH6	61.290%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`F4IHJ0`	拟南芥	Phosphatidylinositol/phosphatidylcholine transfer protein SFH8	57.812%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`F4HP88`	拟南芥	Phosphatidylinositol/phosphatidylcholine transfer protein SFH4	48.413%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q8GXC6`	拟南芥	Phosphatidylinositol/phosphatidylcholine transfer protein SFH5	49.081%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q94A34`	拟南芥	Phosphatidylinositol/phosphatidylcholine transfer protein SFH12	45.730%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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